一、EXPRESSED SEQUENCE TAGS(EST)（论文文献综述）
张宗瑜[1]（2020）在《老芒麦高密度遗传图谱构建及落粒相关基因QTL定位》文中研究表明老芒麦（Elymus sibiricus L.）是禾本科披碱草属多年生优良牧草,具有草产量高、品质好、耐寒、耐旱等优良特性,广泛应用于我国高山草原的放牧、人工草地建植、生态环境恢复等。但老芒麦较高的落粒性大大降低了牧草种子产量,对新品种选育、推广利用带来不利影响。有关牧草落粒的遗传学基础,是国内外研究不多且亟待加强的研究领域。为此,本研究在开发老芒麦特异性EST-SSR标记、分析不同落粒种质材料的遗传多样性基础上,构建了老芒麦的遗传作图群体,并利用SLAF（specific length amplified fragment）技术构建了老芒麦首张遗传连锁图谱,相继结合QTL和GWAS（genome-wide association study）分析方法定位了落粒候选基因。旨在为解析老芒麦落粒遗传机制、加快老芒麦落粒分子遗传改良和培育低落粒老芒麦新品种提供基础科学依据。获得主要研究结果如下。1、进行了老芒麦特异性EST-SSR分子标记开发及通用性研究。从老芒麦转录组测序获得的6,685个unigene中,分析识别了8,871个潜在EST-SSR位点,进一步开发了200对EST-SSR分子标记。PCR扩增产物测序验证显示,等位基因的测序结果与原始引物SSR位点同源,有43.5%的标记在17个披碱草属物种间通用性良好。利用30对多态性标记对17个披碱草属95份种质的480个单株进行的遗传多样性和进化分析显示,基于基因组构成和地理起源将参试披碱草属种质聚为三大类。本研究结果为披碱草属物种遗传多样性评价提供了引物来源。2、采用40对EST-SSR标记对36份老芒麦种质进行遗传多样性评价,并且在田间测定了老芒麦的落粒性。结果显示老芒麦分子遗传多样性和落粒性变异均较为丰富。筛选出落粒性状差异较大、遗传背景较远的高落粒基因型Y1005和低落粒基因型ZhN06作为亲本杂交构建F1群体。对F1群体的7份材料进行遗传多样性和表型变异分析,发现了落粒、叶片、茎节、穗长及芒长等性状表现出超亲杂种优势。遗传多样性分析显示母本（ZhN06）与子代群体的共有条带多于父本（Y1005）,显示其遗传力水平较高。通过分子标记鉴定和低落粒子代选择,将F1-7单株自交构建了包含200份单株的F2作图群体。3、利用SLAF简化基因组测序技术对F2群体测序,构建了首张老芒麦高密度遗传图谱,图谱总长1,866.35cM,14个连锁群含1,971个标记。连锁群长度范围在87.67cM（LG7）和183.45cM（LG1）之间,标记平均距离为1.66cM。比较基因组发现老芒麦与小麦和大麦分别有79%（1,556）和70%（1,380）的同源标记。连续三年观测了穗长、小花数、落粒率、芒长、种子宽、千粒重等种子相关性状,并进行了QTL鉴定,在14个连锁群上共检测到29个QTL位点,在第2、3、6和11号连锁群上共检测到6个落粒性QTL。通过与小麦和大麦基因组比对注释发现了30个落粒候选基因,这些基因分别与植物激素信号调控（15个）、转录因子（7个）、水解酶活性（6个）及木质素合成（2个）等相关。4、采用SLAF技术对包含213份种质的老芒麦关联群体进行了测序,结合落粒等15个表型性状进行全基因组关联分析。SNP连锁不平衡分析结果显示,老芒麦LD（linkage disequilibrium）衰减较快,衰减距离为0.291kb,供试材料亲缘关系较弱,适用于全基因组关联分析。连续两年在田间对落粒率等关键表型性状观测表明,不同性状间存在较大的遗传变异,平均变异系数为30.49%,其中落粒率遗传力为85.13%。关联分析共检测到41个与落粒相关的显着性位点,平均解释26.3%的表型变异。在这些位点上注释到14个落粒相关候选基因,主要与半乳糖醛酸酶、水解酶、细胞分裂素葡萄糖基转移酶等调控相关。此外,在种子和产量相关性状中分别检测到66个和1,715个显着性位点,分别注释到与种子性状相关的候选基因31个,与产量性状相关的候选基因110个。
蒋雨函[2]（2017）在《长白山药用真菌鸡爪苓菌核cDNA文库构建及EST序列分析》文中研究表明鸡爪苓[Polyporus umbellatus（Pers.）Fries]是我国长白山区特有的猪苓种质资源,具有一定的药用价值。鸡爪苓的生活史经历菌丝体-菌核-子实体3个重要时期。本论文研究鸡爪苓菌核表达序列标签（EST）,为深入研究该珍稀药用真菌的生长发育、代谢调控以及优质种质资源的开发、利用与保护提供理论基础。以采自吉林省蛟河市天南乡解放村的鸡爪苓菌核为原始材料,通过Trizol改良法提取总 RNA,产量为 6.24μg;SMARTTM cDNA Library Construction Kit试剂盒构建cDNA文库,原始文库的滴度3.4×106pfu/mL,重组率为93.68%,扩增文库滴度为1.304×1010pfu/mL,文库容量约为3.13×1012pfu;随机筛选500个单独克隆进行单方向测序,获得455条有效的EST序列,经聚类分析得到单基因簇共349条,文库冗余度为23%;参照拟南芥功能分类标准,将BLAST x比对结果中具有已知功能的78条单基因簇分成9类,分别是代谢、能量、转录、蛋白质合成、细胞结构、胞内运输、信号转导、抗性防御及未确定分类;仅有183条获得1条或1条以上GO术语,其中细胞组分包括7个部分,分子功能包括5个部分,生物学过程包括16个部分;发现12条全长的ESTs序列,均含有开放阅读框和蛋白质保守结构域,预测其编码的蛋白质并进行生物学信息分析。结果表明,成功提取鸡爪苓菌核总RNA,并构建了高质量cDNA文库,EST测序分析鸡爪苓菌核形成及发育过程中的功能基因,并为目的基因的特异性克隆奠定理论基础。
冯雅岚[3]（2015）在《小麦春化响应转录组及相关基因功能分析》文中指出春化是小麦生长发育过程中重要的调控环节,通过低温春化过程可以有效调控小麦幼穗的发育及分化进程,进而直接影响到小麦的抗冻能力和籽粒产量与品质。因此,开展小麦春化分子调控机制的研究对于小麦抗冻和高产分子育种研究均具有重要意义。本研究在前期研究的基础上,利用Illumina高通量测序技术,系统分析了小麦对春化响应的转录组及其在春化过程中的差异表达谱,并对与春化调控密切相关的候选基因进行了初步的功能鉴定,主要研究结果如下:1、春化响应的转录组及差异表达谱分析以春性品种辽春10号和冬性品种京841作为试验材料,利用Illumina高通量第二代测序技术进行了深度测序分析,得到了69,751,192 raw reads和5,787,106,380（5.78Gb）核苷酸。基于序列同源性,138,062个序列分为61个功能集合,56,868个组装序列归属于25个COG聚类。从辽春10号和京841春化、未春化幼芽,春化、未春化二棱期的样品中构建了8个DGEs,获得了一批差异表达的基因。利用qRT‐PCR技术,对部分差异表达基因的表达模式进行了验证分析,包括9个转录因子、7个甲基化相关基因、2个开花调控相关基因、2个春化相关基因、1个低温响应基因、1个脱水素基因、1个冰晶重结晶抑制蛋白和1个ABA相关基因。表达特性分析显示,qRT‐PCR的分析结果与DGE获得的表达模式相一致,进一步证实通过高通量技术获得的基因差异表达数据真实可靠。2、春化响应候选基因的筛选及其时空表达模式分析通过对J-NV&J-V和LC-NV&LC-V的比较,得到京841特异表达基因29498个,根据功能注释,筛选出8类共计639个与春化响应相关的候选基因;分别从这8类中挑选差异倍数较高的基因,共计17个,对其在春化过程中的的表达模式进行了分析,包括6个转录因子、3个甲基化相关基因、2个开花调控相关基因、2个春化相关基因、1个低温响应基因、1个脱水素基因、1个冰晶重结晶抑制蛋白和1个ABA相关基因。从这17个基因中挑选下调差异倍数10倍以上且长度大于1000bp的基因,共计6个,分别是CL8746.Contig1（TF:B-box transcription factor）、CL18846.Contig2（TF:zinc finger protein）、Unigene10196（TF）、CL12788.Contig3（TF:zinc finger protein）、CL14010.Contig2（vernalization）、Unigene16777（methylation）,另从J-NV&J-V的差异基因中挑选出1个差异倍数10倍以上,长度超过1000bp的基因CL176.Contig1（CDT1-like protein）在京841中进行cDNA克隆及序列分析。筛选的7个基因涉及信号转导、细胞生长周期、衰老及防御相关、DNA甲基化和有丝分裂,这些过程可能与春化响应有密切的联系。对7个基因在春化过程中的动态表达模式进行了分析,7个基因总体表达趋势均为下调,但CL8746.Contig1在春化第6天上调表达,随后下调;Unigene16777和CL176.Contig1表现出波动下调;其余基因均表现出持续下调。上述研究结果显示,这些候选基因在春化响应过程中发挥重要的调控功能,可能涉及到多个不同的基因表达调控途径。3、重点候选基因的功能鉴定利用病毒诱导的基因沉默（VIGS）技术,以大麦条纹花叶病毒（BMSV）为载体,建立了以京841为实验材料的小麦VIGS基因功能鉴定技术体系。在此基础上,对春化响应的7个候选基因的功能进行了验证分析。结果显示,本研究中构建的BSMV重组载体侵染小麦叶片后,对植株的幼穗发育进程有不同程度的影响。空白、阳性和阴性对照之间差异不显着,但与目的基因相比表现出显着的差异。空白对照从出苗到二棱期需要85.0天,而BSMV重组载体接种的植株最长仅需66.5天,最短为59.8天,大大缩短了出苗到二棱期的生育进程。上述研究显示,7个候选基因在小麦开花调控过程中具有开花抑制效应,关于其在小麦春化过程中的具体生物学功能仍有待进一步研究。4、春化基因VRN1和VER2的克隆及表达特性分析VRN1和VER2是已知的春化基因,本研究中筛选的两个基因CL19305.Contig2和CL14010.Contig2分别与VRN1和VER2 100%相似。本研究以8个不同发育特性小麦品种cDNA为模板,克隆VRN-A1和VER2基因的完整ORF,并分析其序列特性,结果表明,这两个基因在8个品种中的序列高度相似。利用qRT-PCR进行春化过程中动态表达模式的分析,冬性品种VRN1基因在春化前期表达量极低,随着春化时间延长呈波动上调的趋势,且VRN1表达水平上调所需的时间与小麦品种不同类型所需的春化时间相一致,可能正是VRN1表达水平上调促进了冬性品种发育进程的加快,得以正常抽穗开花。而在春性品种中,VRN1在春化起始阶段开始表达,随着春化时间的延长波动上调。VER2基因在8个品种春化过程中的表达模式差异较大。春性品种中受到春化作用的诱导波动上调表达,而在冬性品种中,被春化作用所抑制波动下调表达。在春化和未春化处理的辽春10号和京841的不同时期,VER2的表达呈现波动下调的趋势。
平军娇[4]（2012）在《基于千里光全长cDNA文库的表达序列标签（ESTs）与Hsp90-3生物信息学分析》文中研究指明目的：构建千里光叶片组织全长cDNA文库,并对该文库进行随机克隆测序及分析,部分基因进行生物信息学研究,以期了解千里光的功能基因组学信息,并为EST-SSRs （simple sequence repeats,简单序列重复）引物的开发及ESTs（expressed sequence tags,表达序列标签）图谱构建提供基础资料。方法：采用Trizol法提取千里光新鲜叶片组织中的总RNA,通过SMART （Switching Mechanism At5’end of RNA Transcript）技术构建全长cDNA文库；分析文库滴度、库容、重组率、全长率及冗余率,随机选择600个单克隆进行全长cDNA测序；利用NCBI的Blast进行核苷酸序列比对,利用DNAMAN、Expasy Protparam、PROSITE、ProScale、 CPHmodels-3.0、Swiss-model等软件对目的蛋白进行生物信息学分析。结果：（1）经检测原始文库的库容为4.3×106cfu,文库滴度为1.3×106cfu/mL,插入片段大小平均1.5kb,文库重组率96.35%,冗余率10.88%,全长率为64.00%,满足全长cDNA文库质量要求。（2）测序得到244条高质量ESTs,含有244条独立基因（unigenes）。Blast比对后得出133条序列没有注解,80条序列与GenBank上公布的序列有较高同源性。测序得到的524条高质量cDNA序列中,含有467条unigenes,其中5条序列与千里光次生代谢产物的合成、运输与代谢有关。（3）通过单克隆全长测序得到了千里光Hsp90-3（Heat shock proteins90-3,热激蛋白90-3）的全长基因,采用生物学软件对序列进行生物信息学分析和功能预测,结果表明,该基因编码699个氨基酸的多肽,与拟南芥Hsp90-3（登录号：NP200412.1）的同源性最高,为93.71%；预测蛋白质的分子量为79.78kDa,理论等电点为5.08。信号序列分析结果发现,该蛋白主要定位于细胞的细胞核、过氧化物酶体、叶绿体类囊体膜及叶绿体基质中。结论：（1）SMART技术能有效构建高质量全长cDNA文库,该文库可用于千里光功能基因组鉴定、新基因筛选及次生代谢产物生物合成的表达调控研究。（2）通过对得到的千里光的功能基因进行分析及预测,结果表明所获得的千里光的功能基因多表现与千里光生理特征或合成相关的各种代谢酶以及抗逆性等方面。（3）千里光Hsp90-3结构与功能分析发现,该蛋白有3个结构域及一个连接区,推测该蛋白在真核细胞的信号转导、转录调控及胁迫表达等过程中发挥重要功能。
姜立娜[5]（2012）在《萝卜肉质根形成性状的分子生物学基础》文中研究表明萝卜（Raphanus sativus L.）是十字花科萝卜属一、二年生根菜类蔬菜作物,在我国的种植面积位居前列,是出口创汇的主要蔬菜品种。萝卜的主要产品器官是肉质根,其发育的好坏直接关系到萝卜的品质和产量。肉质根的形成膨大是个复杂的形态建成过程,但目前对其形成的研究多是集中于解剖结构、形态学描述和生理生化机制方面,而对萝卜肉质根形成的分子生物学基础研究还较少。本研究利用双向电泳技术、mRNA差异显示技术和构建cDNA文库技术分析肉质根不同发育时期蛋白质组变化、差异表达基因的表达情况以及分析肉质根不同发育时期的表达谱,研究结果将有助于从不同水平上分析萝卜肉质根形成的分子生物学特征,为萝卜品质与产量的遗传改良提供一定的理论依据。主要研究结果如下：1.以’NAU-ZQH’为材料,采用改良的三氯乙酸-丙酮-酚提取法分别提取破肚期、叶片生长盛期、膨大期萝卜肉质根总蛋白,进行双向电泳并用软件PDQuest8.0对电泳图谱进行分析。结果表明,在肉质根发育不同时期有25个蛋白点表现出明显差异,其中6个蛋白质点从破肚期开始表现为下调、13个蛋白质点表现为上调、3个蛋白质点仅在肉质根膨大盛期才出现、3个蛋白质点先下调后上调。对其中18个有代表性的、可靠的差异蛋白点进行MALDI-TOF/TOF质谱分析,成功鉴定出17个差异蛋白。生物信息学分析表明,它们参与到糖和能量代谢、蛋白质合成和代谢以及稳定、信号转导、抗性与调控相关等生命过程。利用RT-PCR技术对相应差异蛋白基因的表达情况进行了分析,结果显示有11个差异蛋白的变化趋势与其对应的基因转录水平变化相一致,有4个表现为不一致。2.利用]nRNA差异显示技术分析肉质根不同发育时期的差异基因表达情况,用3条锚定引物与78条随机引物共234个组合进行扩增。经过二次扩增验证,成功分离到50条cDNA差异片段。将差异片段回收测序,结果显示,这些差异片段分别参与了转录调控、信号转导、普通新陈代谢、转运通道、防卫与胁迫反应、蛋白质代谢等功能,如NADH脱氢酶亚基、TIFY、翻译调控蛋白、钙依赖蛋白激酶29、18S核糖体RNA、水通道蛋白等,表明萝卜肉质根的发育是一个复杂的过程,涉及到多种代谢途径与抗逆反应的协同调控。3.以不同发育阶段的肉质根为材料,成功构建了萝卜肉质根全长cDNA文库。对该cDNA文库测序获得8,807条高质量的EST序列,拼接后产生5088个unigenes（包括1,510个contig和3,578个sigleton）,长度在100－1,592bp之间,平均长度为545bp。基于相似性比对,分别有4,684（92.1%）、4,512（88.7%）和3,168（62.3%）个unigene与Nt、Nr、SWISSPORT数据库的序列有相似性。进一步按照COG（Cluster of Orthologous Groups of proteins）功能分类,有1,475个unigene被分为24类,其中所占比例最大的是预测仅有全局功能（268,20.3%）,其次是翻译后修饰、蛋白质折叠及伴侣蛋白分子（162,12.27%）,其他的参与能量、氨基酸、核苷酸等的运输和代谢,以及防御机制、细胞结构与运动等功能。KEGG （Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）注释结果表明,有4,490个unigene被归为145条KEGG pathway,其中与代谢途径相关的unigenes序列最多,包括碳水化合物代谢、氨基酸代谢以及次级代谢物的生物合成等。4.通过Solexa高通量测序的方法分析肉质根不同发育时期的表达谱,构建了两个Solexa文库。测序结果产生了大量标签,在两个文库中分别产生了254,922个和145,414个清晰标签。通过与已知数据库进行比对,分别有53,941个和35,435个清晰标签能够匹配到参考基因上,所占的比例分别为21.16%和24.37%。按照筛选差异基因的标准,找到了166个上调基因和292个下调的基因。COG功能分类分析表明,这些差异基因共分为17个类别,主要是参与代谢（35.6%）、细胞过程和信号（28.0%）。KEGG pathway分析显示,其参与了63个pathway。随机筛选20个差异基因采用RT-PCR方法验证,证明试验结果与测序结果基本一致,证实了本试验测序数据的可靠性。5.基于构建的cDNA文库,在5,088条unigene上检测到了179个SSR,分布于176条unigene上。萝卜EST-SSR的重复类型比较丰富,从二核苷酸到六核苷酸都存在,其中二核苷酸所占全部SSR比例最大（50.8%）,其次是三核苷酸（29.6%）其他类型所占比例较小。在萝卜的EST-SSR中,共观察到55种重复基元类型,其中在二核苷酸重复基元中,GA/TC （50.55%）和AG/CT （45.55%）是最主要的类型；在三核苷酸重复基元中,GAA/TTC位居首位,占24.53%,其次是TCA/TGA （9.43%）, AAG/CTT （9.43%）和ACA/TGT （9.43%）。基于检测到的EST-SSR,共设计了125对引物,并有110对得到扩增产物。筛选其中28对引物对32个萝卜品种进行遗传多样性分析,结果显示等位基因数从2到7不等,平均为3.5；PIC（polymorphism information content）值平均为0.5。32个萝卜品种在遗传相似系数0.62处分为三大组,主要与萝卜品种皮色及根形等性状相关联。利用这28对引物在十字花科3个属的12个作物上进行SSR通用性的验证,结果显示有18对引物可以在这12个作物上得到扩增产物,通用性达到64.2%。测序结果表明,等位基因的多样性主要表现在重复基元数目上的差异。结果表明新开发的EST-SSR标记可以作为萝卜种质鉴定和遗传改良的一种有力的工具。6.根据文库中鉴定到的蔗糖磷酸合成酶基因（SPS）片段,利用同源克隆技术分离到该基因的全长,命名为RsSPS1.其编码区基因组序列长度为4,945bp,包括13个外显子和12个内含子；cDNA长度为3,261bp,‘开放阅读框（ORF）为3,135bp,推导编码1,044个氨基酸,含有GT1-Sucrose-synthase功能域。ORF序列与拟南芥ATSPS1（GenBank accession No.AY039911）同源性达到91%。系统发育树分析显示,RsSPSl与拟南芥ATSPS1聚为一组,亲缘关系很近。半定量RT-PCR与实时定量RT-PCR分析表明,该基因在肉质根发育的不同时期不同部位中都有表达,但表达量有明显差异,在膨大后期木质部中表达量明显高于其他时期和部位。
吕桂云[6]（2010）在《西瓜与枯萎病菌互作的组织学和转录组学初步分析》文中认为西瓜（Citrullus lanatus （Thunb.）Matsum & Nadai）是世界第五大水果,我国西瓜的栽培面积、总产量与人均消费量均居世界首位（FAO,2007）,在我国高效农业中占有重要地位。西瓜枯萎病是由半知菌亚门镰孢属尖孢镰刀菌（Fusarium oxysporum f.sp. niveurn）寄生引起的一种真菌土传病害,是世界范围内导致西瓜产量和品质降低的最严重障碍。明确枯萎病菌与寄主植物之间的互作机理,揭示其相互作用的分子机制,可为西瓜抗枯萎病育种和病害防治奠定理论基础。尖孢镰刀菌在拟南芥、番茄、香蕉等作物上已开展了抗病防卫反应的分子机制研究,但目前有关西瓜与枯萎病菌互作的分子机理的研究尚属空白。本研究试图从组织学与转录组学二个角度系统研究西瓜与尖孢镰刀菌相互作用的机理,探索建立西瓜防御病菌的作用模型,为西瓜抗病育种与防病提供新的技术指导。本研究利用绿色荧光蛋白（GFP）作为标记,研究枯萎病菌在西瓜抗、感寄主根系中侵染和定殖动态,从组织学的角度来阐释西瓜与枯萎病菌亲和互作和非亲和互作的差异。以抗枯萎病3个生理小种西瓜野生种PI296341-FR为材料,利用抑制差减杂交技术（SSH）,构建了尖孢镰刀菌诱导抗病种质PI296341-FR防卫反应的cDNA文库,并利用一定规模的表达序列标签（EST）序列分析和微阵列芯片（microarray）技术构建了抗病防卫反应相关基因的表达谱,揭示出西瓜与枯萎病菌非亲和互作中所涉及的基因种类、数量和功能,初步推断出西瓜与枯萎病菌非亲和互作的分子机制。其主要研究结果如下:1.以农杆菌AGL1为介导,将带有潮霉素抗性基因pCH-sGFP质粒转化到西瓜枯萎病菌（Fusarium oxysporum f.sp. niveurn）中,成功获得了能稳定持续表达绿色荧光蛋白的枯萎病菌的突变株,对转化子进行抗性鉴定表明,组成型表达sGFP不影响枯萎病菌的致病力。2.利用激光共聚焦显微镜观察病原菌在西瓜根系的附着、侵染和定殖等过程。根系表面的孢子在接种当天,就开始萌发,菌丝沿着根系表面的纵轴方向伸长,在内部是沿着细胞间隙或细胞间的凹槽生长,菌丝在接种后的第5d就能达到维管束,在侵染后期,产生的分生孢子能再次萌发,形成二次侵染和侵染的继续扩展,最后菌丝完全充满根系组织,并伴随根系组织的瓦解,菌丝完成其定殖的过程。在抗、感品种中侧根侵染中,基本无差异,但在抗病西瓜品种的根系主根中,与感病品种存在差异,再生的孢子不萌发,侵染过程的滞后和侵染程度比较轻,说明西瓜的抗病表现在抗定殖,而不是抗侵入。根系的自然开口和伤口是病原菌优先侵染的位点,但不是枯萎病菌侵染根系所必须的,病菌可以通过形成类似附着胞的侵染结构直接侵入根系表皮的细胞。3.用SSH方法构建枯萎病菌诱导下的西瓜根系不同时间点（4h,8h,12h,24h,48h,72h,120h,192h,264h）的cDNA文库,对其中获得3895条高质量的表达序列标签（EST）序列进行分析。序列拼接后获得1756条unigene,经过注释和分析,发现可能参与西瓜与枯萎病菌非亲和互作的转录因子、激酶和防卫基因,及茉莉酸和木质素生物合成途径等。在西瓜与枯萎病菌互作的SSH-cDNA文库中,与抗病防御相关基因约占36.3%,初步了解了西瓜与枯萎病菌非亲和互作过程中基因表达信息。4.本研究利用自己定制代表8000多个转录本的Agilent公司寡核苷酸的西瓜表达谱芯片,分析西瓜与枯萎病菌非亲和互作在0.5dpi,1dpi,3dpi,5dpi,8dpi中基因差异表达的情况,共筛选出679个上调基因和708个下调基因。包括转录因子、信号/调节基因、转运蛋白基因、细胞壁修饰基因、氧爆发相关的基因和防卫基因等。分析表明不同时间点特异表达的基因代表此时期的特定的反应通路,早期多是调控类的基因如转录因子、蛋白激酶等信号调控基因,在接种后期5dpi-8dpi多是些有实际作用的代谢途径中的蛋白和酶,且基因的表达多是瞬时的,很少是持续性。亲和互作和非亲和互作的QRT-PCR实验,进一步验证了JA和木质素生物合成途径参与了西瓜与枯萎病菌的互作过程,JA在西瓜与枯萎病菌互作早期起作用,木质素则相对在晚期。5.在EST序列分析基础上,利用本实验室已获得的西瓜全基因组测序和多个基因型重测序的数据,对电子克隆ClMYB和ClPR5基因的cDNA序列,进行与西瓜基因组序列比对和SNP位点的查找,ClPR5基因在多份材料中高度保守,在重测序的抗、感材料中没有氨基酸的变化;而ClMYB基因存在一个与抗、感表型大体一致的SNP位点,还需要在更多抗、感材料中进行验证。本论文在组织学和转录组学水平上,对西瓜与枯萎病菌非亲和互作进行了分析。并利用基因组测序的数据,对筛选出基因进行了分析。
王晓娜,卢欣石[7]（2010）在《表达序列标签的应用现状及分析方法研究》文中研究说明表达序列标签是由大规模随机挑取的cDNA克隆测序得到的组织或细胞基因组的表达序列标签。1个表达序列标签（EST）代表生物某一时期的某种组织或细胞的1个表达基因。数量迅速增加的表达序列标签已经成为开发分子标记的重要资源。介绍了EST原理、基因表达分析的方法比较、基因测序聚类分析的3个数据库比较及详细方法,表明EST在发现新基因及基因组研究中的应用具有良好的前景。
陈卓,刘杰,钱万强,孙杰,沈继红,林学政,王能飞[8]（2009）在《表达序列标签（EST）分析及藻类EST文库的研究进展》文中认为随着生物信息学的发展,表达序列标签（EST）在基因组作图、克隆基因、新基因的识别、蛋白质组研究等方面具有重要作用。笔者简要介绍了EST技术的原理及其在构建遗传图谱、分离与鉴定新基因等方面的应用。综述了藻类EST文库的研究现状,并对EST的应用前景进行了展望。
李永红,何德[9]（2008）在《木本植物EST研究进展综述》文中研究指明木本植物由于生长周期长、高度杂合、遗传负荷大等生物学特性,限制了人们对其的深入研究,导致木本植物的研究起步较晚,进展缓慢。EST（表达序列标签）技术的产生和不断完善为木本植物的研究带来了新的思路,这个强有力的工具以其快速、高效、大规模、信息含量大、通用性好等优点将迅速推动木本植物研究工作的进行。本文主要介绍了EST技术在木本植物的遗传学图谱构建、分离与鉴定新基因、蛋白质组研究、比较基因组学研究、DNA芯片的制备等方面推动木本植物的分子遗传育种和改良、抗逆性、次生生长和木材形成、种质资源分析、系统演化、群体遗传多样性等研究的情况,并对EST在木本植物研究中存在的问题及应用前景进行了分析。
郑明刚[10]（2007）在《皱纹盘鲍表达序列标签及免疫相关基因的克隆与表达研究》文中指出本论文以皱纹盘鲍为研究对象,构建了其肝、肾组织的cDNA文库,并对文库进行了一定规模的测序。利用EST提示的信息成功克隆了与免疫相关的三个基因,神经肽Y受体、半乳糖凝集素和同种异体移植炎症因子-1。此外,还从EST序列中开发了15个微卫星标记,并利用这些标记对皱纹盘鲍两个养殖群体的多样性进行了分析。现将结果摘要如下:（1）以皱纹盘鲍的肝、肾组织为材料,构建了cDNA文库。经测定,库容为5.24×105 cfu/mL、插入片段大小为0.82.5 Kb。挑取文库中1445个重组克隆进行序列测定,得到了1282条高质量的EST。聚类分析得到了876个基因聚类,同源性对比发现有393个获得了功能提示,占总数的45%,其中与免疫相关的基因聚类有63个。（2）根据EST提供的信息,采用RACE技术成功克隆了神经肽Y受体基因的全长cDNA序列。该序列全长1534 bp,包含一个59 bp的5′-UTR和396 bp的3′-UTR,开放阅读框长1053 bp,编码350个氨基酸。生物信息学分析发现,此NPY受体具有7个α跨膜螺旋,N端在胞外,被糖基化,C端在胞内,被磷酸化,在ILG-NI处有典型的信号肽裂解位点,裂解后释放了一个具有309个氨基酸的成熟多肽。RT-PCR研究显示该NPY受体在不同组织中的表达有明显的差异,用鳗弧菌进行刺激,发现NPY受体在鳃和肝脏中的表达量有明显的上升。（3）成功克隆了半乳糖凝集素（Galectin）的全长cDNA序列。该序列全长2889bp,包含一个84 bp的5′-UTR和1868bp的3′-UTR,开放阅读框长921bp,编码307个氨基酸。生物信息学分析发现Galectin具有两个功能域,与哺乳动物具有很高的同源性。鳗弧菌刺激后,Galectin在肝脏中的增加量最大。不同时间的刺激结果显示,肝脏在12 h表达量达最高,24 h恢复至正常水平。（4）成功克隆了同种异体移植炎症因子-1（AIF-1）的全长序列。该序列全长1302bp,包含一个42 bp的5’-UTR和804 bp的3’-UTR,开放阅读框长456bp,编码151个氨基酸。分析发现该基因具有一个EF-手形功能域,该功能域可以和Ca2+结合而被活化。差异表达显示,皱纹盘鲍AIF-1在鳃和肝脏中都有很高的表达量。不同时间的刺激结果显示,肝脏在8 h后表达量达最高值,24 h恢复至正常水平。（5）通过Tandem repeats finder软件在获得的EST中查找微卫星位点,使用Primer Premier 5.0软件设计了41对引物。试验证明,41对引物中的15对引物可以得到扩增产物且具有多态性。利用这些标记对两个皱纹盘鲍养殖群体的多样性进行了分析,结果显示两群体平均等位基因数为2.0-13.5,平均观测杂和度为0.1635-0.9845,平均期望杂和度为0.317-0.8975。除位点Co119和Ca481外,其余位点都表现出了较高的杂和度和多态性,表明这些位点具有较高的多态信息含量,可以在皱纹盘鲍的群体遗传研究上进行应用。
二、EXPRESSED SEQUENCE TAGS(EST)（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、EXPRESSED SEQUENCE TAGS(EST)（论文提纲范文）
（1）老芒麦高密度遗传图谱构建及落粒相关基因QTL定位（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 第一章 引言 |
| 第二章 国内外研究进展 |
| 2.1 遗传多样性及DNA分子标记研究进展 |
| 2.1.1 遗传多样性概述及研究方法 |
| 2.1.2 DNA分子标记的类型 |
| 2.1.3 DNA分子标记的应用 |
| 2.1.4 披碱草属植物遗传进化研究 |
| 2.1.5 老芒麦遗传多样性研究 |
| 2.2 DNA测序技术原理及研究进展 |
| 2.3 遗传图谱构建及QLT定位 |
| 2.3.1 遗传作图原理与方法 |
| 2.3.2 QTL作图原理与方法 |
| 2.3.3 牧草遗传连锁图谱构建及重要农艺性状QTL定位研究进展 |
| 2.4 全基因组关联分析 |
| 2.4.1 关联分析的基础、优势和策略 |
| 2.4.2 牧草重要农艺性状全基因组关联分析研究进展 |
| 2.5 落粒性状及禾本科牧草落粒研究进展 |
| 2.5.1 植物器官脱落的解剖学基础 |
| 2.5.2 植物器官脱落的生理基础 |
| 2.5.3 落粒基因研究进展 |
| 2.5.4 禾本科牧草落粒研究进展 |
| 2.6 老芒麦育种研究概况 |
| 2.7 本研究的目的意义及技术路线 |
| 2.7.1 目的及意义 |
| 2.7.2 技术路线 |
| 第三章 老芒麦EST-SSR分子标记开发与应用 |
| 3.1 前言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 供试材料 |
| 3.2.2 EST-SSR分子标记识别 |
| 3.2.3 DNA提取及浓度检测 |
| 3.2.4 PCR扩增及凝胶电泳 |
| 3.2.5 PCR扩增产物序列验证 |
| 3.2.6 数据处理 |
| 3.3 结果 |
| 3.3.1 EST-SSR的频率及分布 |
| 3.3.2 引物通用性及多态性分析 |
| 3.3.3 PCR产物验证 |
| 3.3.4 披碱草属遗传多样性分析 |
| 3.3.5 披碱草属遗传结构和遗传进化分析 |
| 3.4 讨论 |
| 3.4.1 基于转录组测序的老芒麦EST-SSR分子标记开发 |
| 3.4.2 披碱草属不同基因组材料的遗传进化关系 |
| 3.4.3 种质资源保存策略 |
| 第四章 老芒麦种质资源遗传多样性评价与作图群体构建 |
| 4.1 前言 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.2.1 供试材料 |
| 4.2.2 试验地概况 |
| 4.2.3 表型观测项目及方法 |
| 4.2.4 DNA提取及PCR扩增 |
| 4.2.5 数据处理 |
| 4.3 结果 |
| 4.3.1 老芒麦种质资源落粒性评价 |
| 4.3.2 EST-SSR标记多态性及老芒麦遗传多样性分析 |
| 4.3.3 遗传图谱作图亲本选择 |
| 4.3.4 F_1群体构建及其遗传和表型变异评价 |
| 4.4 讨论 |
| 4.4.1 老芒麦遗传多样性 |
| 4.4.2 老芒麦落粒性遗传改良 |
| 第五章 老芒麦高密度遗传图谱构建与落粒QTL定位 |
| 5.1 前言 |
| 5.2 材料与方法 |
| 5.2.1 供试材料 |
| 5.2.2 试验地概况 |
| 5.2.3 表型观测项目及方法 |
| 5.2.4 基因组DNA提取、SLAF文库构建及高通量测序 |
| 5.2.5 高密度遗传图谱构建 |
| 5.2.6 落粒相关性状QTL分析 |
| 5.2.7 候选基因挖掘 |
| 5.3 结果 |
| 5.3.1 测序数据统计与评价 |
| 5.3.2 SLAF标签开发 |
| 5.3.3 遗传图谱构建 |
| 5.3.4 图谱质量评价 |
| 5.3.5 F_2群体表型变异 |
| 5.3.6 QTL作图及比较基因组分析 |
| 5.4 讨论 |
| 5.4.1 基于新一代基因组测序技术构建首张老芒麦高密度遗传图谱 |
| 5.4.2 老芒麦落粒性QLT位点检测 |
| 5.4.3 老芒麦落粒候选基因挖掘 |
| 第六章 老芒麦落粒性全基因组关联分析 |
| 6.1 前言 |
| 6.2 材料与方法 |
| 6.2.1 供试材料 |
| 6.2.2 试验地概况 |
| 6.2.3 表型观测项目及方法 |
| 6.2.4 基因组DNA提取、酶切建库、测序及SLAF标签开发 |
| 6.2.5 遗传进化、亲缘关系及连锁不平衡分析 |
| 6.2.6 全基因组关联分析 |
| 6.2.7 候选基因 |
| 6.3 结果 |
| 6.3.1 实验建库评估及测序数据统计 |
| 6.3.2 SLAF标签开发及SNP信息统计 |
| 6.3.3 连锁不平衡和亲缘关系分析 |
| 6.3.4 遗传进化分析 |
| 6.3.5 表型性状评价及相关性分析 |
| 6.3.6 关联分析 |
| 6.3.6.1 老芒麦落粒性关联分析及候选基因挖掘 |
| 6.3.6.2 老芒麦种子相关性状关联分析及候选基因挖掘 |
| 6.3.6.3 老芒麦产量相关性状关联分析及候选基因挖掘 |
| 6.4 讨论 |
| 6.4.1 连锁不平衡与群体结构 |
| 6.4.2 表型多样性与关联分析 |
| 6.4.3 落粒候选基因挖掘 |
| 第七章 结论与创新点 |
| 7.1 结论 |
| 7.2 主要创新点 |
| 7.3 展望 |
| 参考文献 |
| 附表 |
| 附图 |
| 缩略词表 |
| 在学期间参与的科研项目 |
| 在学期间的研究成果 |
| 在学期间获得的荣誉 |
| 致谢 |
（2）长白山药用真菌鸡爪苓菌核cDNA文库构建及EST序列分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 1 前言 |
| 1.1 鸡爪苓研究概况 |
| 1.1.1 鸡爪苓的称谓及其形态特征 |
| 1.1.2 鸡爪苓的资源分布 |
| 1.1.3 鸡爪苓的分类地位 |
| 1.1.4 鸡爪苓研究的问题与展望 |
| 1.2 cDNA文库简介 |
| 1.3 表达序列标签(EST)的研究进展 |
| 1.3.1 EST的研究概况 |
| 1.3.2 EST技术的原理和方法 |
| 1.3.3 EST的应用 |
| 1.3.4 表达序列标签(EST)分析流程 |
| 1.4 EST序列分析在真菌学研究上的应用 |
| 1.5 研究目的和意义 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 材料 |
| 2.1.1 试验材料 |
| 2.1.2 主要试剂 |
| 2.1.3 菌种与载体 |
| 2.1.4 常用培养基 |
| 2.2 方法 |
| 2.2.1 总RNA的提取及检测 |
| 2.2.2 LD-PCR合成cDNA |
| 2.2.3 SMART cDNA文库的构建 |
| 2.2.4 载体λTriplE×2环化成质粒pTriplE×2 |
| 2.2.5 表达序列标签分析 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 总RNA的提取结果 |
| 3.2 双链cDNA的合成 |
| 3.3 cDNA的分级分离 |
| 3.4 计算原始文库重组率和滴度 |
| 3.5 PCR检测文库插入片段大小 |
| 3.6 计算扩增文库滴度 |
| 3.7 载体λTriplE×2环化成质粒pTriplE×2 |
| 3.8 测序结果 |
| 3.9 EST序列注释 |
| 3.10 Gene ontology基因功能分类 |
| 3.11 开放阅读框(ORF)和蛋白质功能预测 |
| 4 讨论 |
| 4.1 鸡爪苓菌核总RNA提取 |
| 4.2 鸡爪苓菌核cDNA文库构建 |
| 4.3 鸡爪苓菌核ESTs的分析 |
| 4.4 鸡爪苓菌核ESTs基因功能的预测 |
| 5 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 个人简介 |
| 附图 |
（3）小麦春化响应转录组及相关基因功能分析（论文提纲范文）
| 致谢 |
| 摘要 |
| 缩略语表 |
| 第一章 文献综述 |
| 1 前分子生物学时代对开花调控机制的研究 |
| 2 植物开花途径的影响因子 |
| 2.1 光周期 |
| 2.1.1 光周期途径的信号转导 |
| 2.1.2 CO-FT组件及其在开花调控过程中的功能 |
| 2.2 春化作用 |
| 2.2.1 禾谷类作物的春化作用及分子调控机制 |
| 2.2.2 其他植物中参与春化过程的基因调控网络 |
| 2.2.3 环境温度对开花过程的影响 |
| 2.3 植物激素及糖类等信号分子对开花的调控 |
| 2.3.1 赤霉酸GA在植物开花调控过程中的作用 |
| 2.3.2 糖类等信号分子在开花调控过程中的作用 |
| 2.4 开花调控的自主途径 |
| 2.5 植物开花调控途径间的互作 |
| 3 植物转录组研究与基因差异表达分析技术 |
| 3.1 转录组的研究进展 |
| 3.1.1 差异显示RT-PCR |
| 3.1.2 cDNA微阵列和基因表达系列分析(SAGE) |
| 3.1.3 表达序列标签(EST) |
| 3.1.4 大规模高通量测序 |
| 3.2 高通量转录组测序方法 |
| 3.3 RNA-Seq数据分析 |
| 3.4 RNA-Seq在植物中的应用 |
| 4 病毒诱导的基因沉默技术及其应用 |
| 4.1 VIGS(Virus-induced gene silencing)的发现 |
| 4.2 VIGS技术的发展 |
| 4.3 VIGS试验的对照 |
| 4.4 VIGS的优势 |
| 4.5 利用VIGS研究代谢途径或植物发育 |
| 5 本研究的目的和意义 |
| 参考文献 |
| 第二章 春化响应的转录组及表达谱测序 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 试验材料与处理 |
| 1.2 RNA的提取及反转录 |
| 1.3 Solexa测序、组装及功能注释 |
| 1.3.1 Solexa测序 |
| 1.3.2 测序数据的组装 |
| 1.3.3 Unigene功能注释 |
| 1.3.4 Unigene的 GO分类 |
| 1.3.5 Unigene代谢通路分析 |
| 1.3.6 预测编码蛋白框(CDS) |
| 1.4 DGE(digital gene expression)分析 |
| 1.5 信息分析 |
| 1.5.1 基因表达注释 |
| 1.5.2 Unigene表达差异分析 |
| 1.5.3 差异表达基因的筛选 |
| 1.5.4 差异基因表达模式聚类分析 |
| 1.5.5 Gene Ontology功能显着性富集分析 |
| 1.5.6 Pathway显着性富集分析 |
| 1.6 荧光定量PCR验证 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 转录组测序(mRNA-seq),组装,Unigene注释及GO分类 |
| 2.1.1 转录组测序及组装结果 |
| 2.1.2 Unigene注释及GO分类 |
| 2.2 DGE分析 |
| 2.2.1 测序质量评估 |
| 2.2.2 基因表达注释及差异表达基因 |
| 2.2.3 反义链转录分析 |
| 2.2.4 Gene Ontology功能显着性富集分析 |
| 2.3 qRT-PCR对表达谱的验证 |
| 3 结论与讨论 |
| 参考文献 |
| 第三章 小麦春化相关候选基因的表达模式及序列分析 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 试验材料与处理 |
| 1.2 RNA的提取及反转录 |
| 1.3 荧光定量PCR验证 |
| 1.4 筛选基因的cDNA克隆 |
| 1.4.1 PCR反应体系与程序 |
| 1.4.2 PCR产物电泳检测 |
| 1.4.3 目的DNA片段纯化回收 |
| 1.4.4 目的DNA片段的连接与转化 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 DGEs中春化相关基因的筛选 |
| 2.2 春化相关基因的表达模式分析 |
| 2.2.1 开花调控相关基因表达模式分析 |
| 2.2.2 春化基因表达模式分析 |
| 2.2.3 低温响应基因表达模式分析 |
| 2.2.4 脱水素表达模式分析 |
| 2.2.5 冰晶重结晶抑制蛋白表达模式分析 |
| 2.2.6 ABA相关基因表达模式分析 |
| 2.2.7 甲基化相关基因表达模式分析 |
| 2.2.8 转录因子表达模式分析 |
| 2.3 春化相关基因的cDNA克隆及序列分析 |
| 2.3.1 CL8746.Contig1的cDNA克隆 |
| 2.3.2 CL18846.Contig2的cDNA克隆 |
| 2.3.3 Unigene10196的cDNA克隆 |
| 2.3.4 CL12788.Contig3的cDNA克隆 |
| 2.3.5 CL14010.Contig2的cDNA克隆 |
| 2.3.6 Unigene16777的cDNA克隆 |
| 2.3.7 CL176.Contig1的cDNA克隆 |
| 2.4 克隆基因的表达分析 |
| 3 结论与讨论 |
| 参考文献 |
| 第四章 病毒诱导的基因沉默验证候选基因的功能 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 试验材料与处理 |
| 1.2 RNA的提取及反转录 |
| 1.3 荧光定量PCR验证 |
| 1.4 目的基因片段的克隆 |
| 1.5 BSMV质粒及重组载体的构建 |
| 1.5.1 BSMV-γ质粒和目的基因片段的的酶切 |
| 1.5.2 BSMV-γ载体与目的片段的连接 |
| 1.5.3 BSMV重组载体的转化测序 |
| 1.6 BSMV体外转录及接种 |
| 1.6.1 BSMV质粒的提取 |
| 1.6.2 GKP buffer的配制 |
| 1.6.3 BSMV质粒的线性化 |
| 1.6.4 BSMV的体外转录 |
| 1.6.5 接种液的制备及接种 |
| 1.6.6 VIGS的检测 |
| 1.6.7 叶绿素含量测定 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 目的基因片段的克隆 |
| 2.2 目的基因的酶切 |
| 2.3 目的基因的体外转录 |
| 2.4 BSMV:PDS重组载体接种后的表型观察 |
| 2.5 BSMV重组载体接种后目的基因的表达水平检测 |
| 2.5.1 BSMV重组载体接种后PDS基因的表达水平检测 |
| 2.5.2 BSMV重组载体接种后CL12788.Contig3 基因的表达水平检测 |
| 2.5.3 BSMV重组载体接种后CL18846.Contig2 基因的表达水平检测 |
| 2.5.4 BSMV重组载体接种后Unigene10196 基因的表达水平检测 |
| 2.5.5 BSMV重组载体接种后CL8746.Contig1 基因的表达水平检测 |
| 2.5.6 BSMV重组载体接种后CL14010.Contig2 基因的表达水平检测 |
| 2.5.7 BSMV重组载体接种后Unigene16777 基因的表达水平检测 |
| 2.5.8 BSMV接种后CL176.Contig1 基因的表达水平检测 |
| 2.6 BSMV重组载体接种后植株的叶绿素含量测定结果 |
| 2.7 BSMV重组载体接种后植株的幼穗分化进程 |
| 3.结论与讨论 |
| 参考文献 |
| 第五章 春化基因VRN1和VER2 的克隆及表达特性分析 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 试验材料与处理 |
| 1.2 RNA的提取及反转录 |
| 1.3 VRN1和VER2基因在不同品种中的cDNA克隆 |
| 1.3.1 PCR反应体系、程序 |
| 1.3.2 PCR产物电泳检测 |
| 1.3.3 目的DNA片段纯化回收 |
| 1.3.4 目的DNA片段的连接与转化 |
| 1.4 荧光定量PCR验证 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 VRN1 基因在不同品种中的cDNA克隆 |
| 2.2 VER2 基因在不同品种中的cDNA克隆及序列分析 |
| 2.3 春化过程中VRN1基因在不同品种中的表达特性分析 |
| 2.3.1 VRN1基因在辽春10号中的表达特性 |
| 2.3.2 VRN1基因在新春2号中的表达特性 |
| 2.3.3 VRN1基因在郑麦9023中的表达特性 |
| 2.3.4 VRN1基因在豫麦49-198中的表达特性 |
| 2.3.5 VRN1基因在周18中的表达特性 |
| 2.3.6 VRN1基因在京841中的表达特性 |
| 2.3.7 VRN1基因在新冬22中的表达特性 |
| 2.3.8 VRN1基因在肥麦中的表达特性 |
| 2.4 春化过程中VER2基因在不同品种中的表达特性分析 |
| 2.4.1 VER2基因在辽春10号中的表达特性 |
| 2.4.2 VER2基因在新春2号中的表达特性 |
| 2.4.3 VER2基因在郑麦9023中的表达特性 |
| 2.4.4 VER2基因在豫麦49-198中的表达特性 |
| 2.4.5 VER2基因在周18中的表达特性 |
| 2.4.6 VER2基因在京841中的表达特性 |
| 2.4.7 VER2基因在新冬22中的表达特性 |
| 2.4.8 VER2基因在肥麦中的表达特性 |
| 2.5 辽春10 号、京841 春化和未春化处理后不同叶龄中VRN1和VER2 基因的动态表达分析 |
| 2.5.1 辽春10 号春化和未春化处理后不同叶龄中VRN1和VER2 基因的动态表达分析 |
| 2.5.2 京841 春化和未春化处理后不同叶龄中VRN1和VER2 基因的动态表达分析 |
| 3 结论与讨论 |
| 参考文献 |
| abstract |
| 博士研究生在读期间发表的文章 |
（4）基于千里光全长cDNA文库的表达序列标签（ESTs）与Hsp90-3生物信息学分析（论文提纲范文）
| 英汉缩略词表 |
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 第一部分 千里光全长cDNA文库的构建 |
| 前言 |
| 1 材料与方法 |
| 2 实验方法与步骤 |
| 3 结果 |
| 4 讨论 |
| 5 结论 |
| 第二部分 ESTs、单克隆cDNA序列的获得及生物信息学分析 |
| 前言 |
| 1 材料与方法 |
| 2 实验方法 |
| 3 结果 |
| 4 讨论 |
| 5 结论 |
| 第三部分 千里光热激蛋白90-3(Hsp90-3)的生物信息学与功能分析 |
| 前言 |
| 1 材料和方法 |
| 2 结果与分析 |
| 3 讨论 |
| 4 结论 |
| 参考文献 |
| 附件 |
| 综述：千里光及表达序列标签技术研究概况 |
| 1 千里光的研究概况 |
| 2 表达序列标签技术研究概况 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
（5）萝卜肉质根形成性状的分子生物学基础（论文提纲范文）
| 目录 |
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 缩略词表 |
| 前言 |
| 第一章 文献综述 |
| 1. 植物根系形成发育的研究进展 |
| 1.1 根的形态结构 |
| 1.2 根的发育 |
| 1.3 根系形成的分子遗传基础研究 |
| 2. 萝卜肉质根形成发育的研究进展 |
| 2.1 萝卜肉质根形成的形态学基础 |
| 2.2 影响萝卜肉质根形成发育的环境因素 |
| 2.3 萝卜肉质根形成发育的生理生化机制 |
| 2.4 萝卜肉质根形成发育相关蛋白的研究 |
| 2.5 萝卜肉质根形成膨大的差异表达基因研究 |
| 3. 本研究的目的和意义 |
| 第二章 萝卜肉质根形成膨大过程中蛋白质组学研究 |
| 摘要 |
| 1. 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 萝卜肉质根总蛋白质的提取 |
| 1.3 蛋白质的溶解与定量 |
| 1.4 双向电泳 |
| 1.5 考马斯亮蓝染色 |
| 1.6 图像采集与分析 |
| 1.7 质谱分析与数据库检索 |
| 1.8 编码差异蛋白基因的表达特征分析 |
| 2. 结果与分析 |
| 2.1 萝卜肉质根不同发育时期蛋白质双向电泳图谱分析 |
| 2.2 差异蛋白点的质谱鉴定 |
| 2.3 差异调节蛋白质(多肽)的功能分类 |
| 2.4 编码差异蛋白基因的表达特征分析 |
| 3. 讨论 |
| 3.1 差异蛋白质的质谱鉴定 |
| 3.2 差异蛋白质的功能分析 |
| 第三章 萝卜肉质根形成膨大的差异表达基因分析 |
| 摘要 |
| 1. 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 方法 |
| 2. 结果与分析 |
| 2.1 RNA提取分析 |
| 2.2 萝卜不同生育期肉质根的mRNA差异显示分析 |
| 2.3 差异片断的回收再扩增 |
| 2.4 差异表达基因片段的同源性分析 |
| 3. 讨论 |
| 第四章 萝卜肉质根cDNA文库构建及EST分析 |
| 摘要 |
| 1. 材料与方法 |
| 1.1 试验材料 |
| 1.2 总RNA的提取 |
| 1.3 全长cDNA文库的构建及EST的规模化测序 |
| 1.4 EST序列的生物信息学分析 |
| 2. 结果与分析 |
| 2.1 萝卜肉质根cDNA文库的构建 |
| 2.2 EST序列信息的获得及生物信息学分析 |
| 2.3 萝卜肉质根EST序列同源性比较分析及基因表达功能分类 |
| 2.4 重要基因的鉴定 |
| 3. 讨论 |
| 3.1 萝卜肉质根cDNA文库质量的评价 |
| 3.2 萝卜ESTs的生物信息学分析 |
| 3.3 重要基因的鉴定 |
| 第五章 萝卜肉质根形成性状的表达谱分析 |
| 摘要 |
| 1. 材料与方法 |
| 1.1 植物材料 |
| 1.2 植物RNA的提取、纯化及反转录 |
| 1.3 标签文库建立和标签测序 |
| 1.4 标签-基因定位 |
| 1.5 标签的差异表达分析 |
| 1.6 基因功能聚类分析 |
| 1.7 qRT-PCR进行差异基因表达模式验证 |
| 2. 结果与分析 |
| 2.1 Solexa标签文库的分析 |
| 2.2 差异表达显着的基因功能分类 |
| 2.3 qRT-PCR对测序结果的验证 |
| 3. 讨论 |
| 第六章 基于萝卜cDNA文库EST-SSR标记开发与特征分析 |
| 摘要 |
| 1. 材料和方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 基因组DNA的提取 |
| 1.3 EST-SSR位点搜索与引物设计 |
| 1.4 引物通用性检测 |
| 1.5 遗传多样性分析 |
| 2. 结果与分析 |
| 2.1 萝卜EST-SSR的特征分析 |
| 2.2 EST-SSR标记的开发及在遗传多样性上的应用 |
| 2.3 EST-SSR标记的通用性 |
| 3. 讨论 |
| 第七章 萝卜蔗糖磷酸合成酶基因克隆与表达特征分析 |
| 摘要 |
| 1. 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 基因组DNA和总RNA的提取 |
| 1.3 RsSPS1基因基因组DNA及cDNA特异扩增 |
| 1.4 RsSPS1基因克隆与分析 |
| 1.5 序列测定及分析 |
| 1.6 RsSPS1基因半定量RT-PCR表达分析 |
| 1.7 RsSPS1基因实时荧光定量表达研究 |
| 2. 结果与分析 |
| 2.1 RsSPS1基因DNA与cDNA扩增 |
| 2.2 RsSPS1基因的克隆及序列分析 |
| 2.3 生物信息学分析 |
| 2.4 系统进化分析 |
| 2.5 RsSPS1时空表达分析 |
| 3. 讨论 |
| 全文结论 |
| 创新之处 |
| 参考文献 |
| 攻读博士学位期间发表的论文 |
| 致谢 |
（6）西瓜与枯萎病菌互作的组织学和转录组学初步分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 研究目的和意义 |
| 1.2 寄主植物与枯萎病菌互作机理的研究进展 |
| 1.2.1 寄主植物与枯萎病菌互作的组织病理学研究 |
| 1.2.2 寄主植物与枯萎病菌互作的生理生化病理学研究 |
| 1.2.3 寄主植物与枯萎病菌互作的分子生物学研究 |
| 1.3 表达序列标签(EST)分析方法及在植物抗病研究中的应用 |
| 1.3.1 EST简介 |
| 1.3.2 EST序列分析 |
| 1.3.3 EST技术在植物抗病研究中的应用 |
| 1.4 基因芯片技术 |
| 1.4.1 基因芯片的种类 |
| 1.4.2 基因芯片数据分析 |
| 1.4.3 基因芯片技术的应用 |
| 1.5 研究内容和方法 |
| 第二章 枯萎病菌在西瓜根系侵染和定殖动态的组织学观察 |
| 2.1 前言 |
| 2.2 材料和方法 |
| 2.2.1 材料 |
| 2.2.2 方法 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 FON1-sGFP转化株的PCR和荧光检测 |
| 2.3.2 FON1-sGFP的致病力检测 |
| 2.3.3 FON1-sGFP转化子在西瓜感病寄主上侵染和定殖过程观察 |
| 2.3.4 FON1-sGFP转化子在抗病寄主中的激光共聚焦的显微镜观察 |
| 2.3.5 枯萎病菌在西瓜寄主上侵染位点 |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 绿色荧光蛋白稳定表达 |
| 2.4.2 亲和互作（感病）与非亲和互作（抗病）的差异 |
| 2.4.3 侵染结构 |
| 2.4.4 枯萎病菌在西瓜寄主上侵染位点 |
| 2.5 结论 |
| 第三章 西瓜与枯萎病菌非亲和互作的表达序列标签分析 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料和方法 |
| 3.2.1 抑制性差减（Suppression Subtractive Hybridization,SSH）cDNA文库的构建 |
| 3.2.2 EST序列的聚类与拼接 |
| 3.2.3 EST序列注释 |
| 3.2.4 EST序列功能分类 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 西瓜枯萎病抗感寄主发病进程 |
| 3.3.2 文库的基本特征 |
| 3.3.3 EST 注释与分类 |
| 3.3.4 参与西瓜与枯萎病非亲和互作过程的基因 |
| 3.3.5 参与西瓜与枯萎病菌非亲和互作的途径 |
| 3.4 讨论 |
| 3.5 结论 |
| 第四章 西瓜与枯萎病菌非亲和互作的基因表达谱分析 |
| 4.1 前言 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.2.1 植物材料与接种方法 |
| 4.2.2 RNA提取 |
| 4.2.3 定制Agilent 喷墨原位合成芯片 |
| 4.2.4 荧光定量PCR（Quantitative Real-Time RT-PCR） |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 鉴别寄主的抗病指数 |
| 4.3.2 差异表达的基因在不同时间点的分布 |
| 4.3.3 西瓜与枯萎病菌非亲合互作中差异表达基因的功能分类 |
| 4.3.4 西瓜与枯萎病菌非亲合互作中基因表达的时序性 |
| 4.3.5 部分基因芯片数据的QRT-PCR验证 |
| 4.3.6 参与西瓜与枯萎病菌非亲和互作的茉莉酸（JA）生物合成途径 |
| 4.3.7 参与西瓜与枯萎病菌非亲和互作的莽草酸-苯丙烷-木质素生物合成途径 |
| 4.4 讨论 |
| 4.4.1 基因表达的特性 |
| 4.4.2 转录因子 |
| 4.4.3 信号与调控基因 |
| 4.4.4 细胞壁修饰基因 |
| 4.4.5 活性氧（Reactive oxygen species）在寄主与病原菌互作中的作用 |
| 4.4.6 病程相关蛋白（PR-protein） |
| 4.4.7 茉莉酸（JA）在植物与真菌互作中作用 |
| 4.4.8 木质素与植物抗病性 |
| 4.5 结论 |
| 第五章 西瓜与枯萎病菌非亲和互作中相关基因克隆及表达分析 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 材料与方法 |
| 5.2.1 总RNA的提取与cDNA合成 |
| 5.2.2 基因的电子克隆 |
| 5.2.3 基因的RT-PCR验证 |
| 5.2.4 基因的序列分析方法 |
| 5.2.5 实时定量QRT-PCR表达分析 |
| 5.2.6 基因的DNA序列和SNP位点 |
| 5.3 结果与分析 |
| 5.3.1 ClPR5 基因的cDNA克隆、序列分析和表达分析 |
| 5.3.2 ClMYB基因的DNA克隆、序列和表达分析 |
| 5.4 讨论 |
| 5.4.1 类甜蛋白(thaumatin-like protein) |
| 5.4.2 MYB转录因子 |
| 5.5 结论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 作者简历 |
（7）表达序列标签的应用现状及分析方法研究（论文提纲范文）
| 1 EST特点及其应用 |
| 2 EST在苜蓿中的研究 |
| 3 EST获取及分析过程 |
| 3.1 EST的获取过程 |
| 3.2 EST分析过程 |
| 3.2.1 利用ESTs大规模分析基因表达水平 |
| 3.2.2 基因表达系列分析 (Serial Analysis of Gene Expression, SAGE) |
| 3.2.3 DNA微阵列或基因芯片的研究 |
| 4 ESTS与基因预测 |
| 4.1 测序方向的选择 |
| 4.2 序列前处理 |
| 4.3聚类方法及ESTs聚类的数据库分析比较 |
| 4.3.1 聚类可分为不严格的和严格的聚类 |
| 4.3.2 ESTs聚类的主要数据库 |
| 1) UniGene (http: |
| 2) TIGR Gene Indices (http: |
| 3) STACK: |
| 4.3.3 基于BLAST和FASTA的脚本 |
| 4.3.4 3个数据库的比较分析 |
| 1) UniGene: |
| 2) TIGR Gene Index: |
| 3) STACK: |
| 4.4 EST接拼 |
| 4.5 基因注释及功能分类 |
| 4.5.1 注释 |
| 4.5.2 基因功能分类 基因功能的分类可分为手工分类和计算机批量处理。 |
| 4.6 后续分析 |
| 5 EST的问题与展望 |
（8）表达序列标签（EST）分析及藻类EST文库的研究进展（论文提纲范文）
| 1 EST技术的功能 |
| 1.1 遗传图谱的构建 |
| 1.2 新基因的分离、鉴定 |
| 1.3 DNA微阵列和基因芯片的研究 |
| 1.4 利用ESTs分析基因表达水平 |
| 1.5 基于bdEST的电子克隆技术 |
| 2 藻类EST文库 |
| 2.1 微藻的EST研究 |
| 2.2 大型藻的EST研究 |
| 3 展望 |
（9）木本植物EST研究进展综述（论文提纲范文）
| 1 构建木本植物遗传图谱 |
| 2 定位与分离新基因 |
| 3 蛋白质组研究 |
| 4 比较基因组学研究 |
| 5 制备DNA芯片 |
| 6 存在的问题与展望 |
（10）皱纹盘鲍表达序列标签及免疫相关基因的克隆与表达研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 前言 |
| 1.2 基因克隆的主要方法 |
| 1.3 构建cDNA 文库的研究进展 |
| 1.4 贝类免疫防御体系研究进展 |
| 1.5 表达序列标签的分析方法及应用 |
| 1.6 微卫星技术研究进展 |
| 第二章 皱纹盘鲍肝肾cDNA 文库的构建及表达序列标签的分析 |
| 1 前言 |
| 2 材料和方法 |
| 3 结果 |
| 4 讨论 |
| 第三章 皱纹盘鲍神经肽 Y(NPY)受体基因的克隆和表达研究 |
| 1 前言 |
| 2 材料与方法 |
| 3 结果 |
| 3.1 全长cDNA 的获得 |
| 3.2 序列特征分析 |
| 3.3 氨基酸组成分析 |
| 3.4 跨膜区分析 |
| 3.5 序列比较和进化分析 |
| 3.6 差异表达研究 |
| 4 讨论 |
| 第四章 皱纹盘鲍半乳糖凝集素(Galectin)基因的克隆和表达研究 |
| 1 前言 |
| 2 材料与方法 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 全长cDNA 的获得 |
| 3.2 序列特征分析 |
| 3.3 预测的Galectin 蛋白特征分析 |
| 3.4 序列比较和进化分析 |
| 3.5 差异表达研究 |
| 4 讨论 |
| 第五章 皱纹盘鲍同种异体移植炎症因子-1 的克隆及表达分析 |
| 1 前言 |
| 2 材料与方法 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 全长cDNA 的获得 |
| 3.2 序列特征分析 |
| 3.3 氨基酸组成分析 |
| 3.4 疏水性预测 |
| 3.5 功能域及基序的查找 |
| 3.6 序列比较和进化分析 |
| 3.7 差异表达研究 |
| 4 讨论 |
| 第六章 皱纹盘鲍微卫星标记的筛选 |
| 1 前言 |
| 2 材料与方法 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 微卫星类型分析 |
| 3.2 初步筛选结果 |
| 3.3 遗传多样性分析 |
| 4 讨论 |
| 参考文献 |
| 攻读博士学位期间完成的论文 |
| 致谢 |
四、EXPRESSED SEQUENCE TAGS(EST)（论文参考文献）
- [1]老芒麦高密度遗传图谱构建及落粒相关基因QTL定位[D]. 张宗瑜. 兰州大学, 2020
- [2]长白山药用真菌鸡爪苓菌核cDNA文库构建及EST序列分析[D]. 蒋雨函. 延边大学, 2017(05)
- [3]小麦春化响应转录组及相关基因功能分析[D]. 冯雅岚. 河南农业大学, 2015(01)
- [4]基于千里光全长cDNA文库的表达序列标签（ESTs）与Hsp90-3生物信息学分析[D]. 平军娇. 遵义医学院, 2012(06)
- [5]萝卜肉质根形成性状的分子生物学基础[D]. 姜立娜. 南京农业大学, 2012(12)
- [6]西瓜与枯萎病菌互作的组织学和转录组学初步分析[D]. 吕桂云. 中国农业科学院, 2010(08)
- [7]表达序列标签的应用现状及分析方法研究[J]. 王晓娜,卢欣石. 草业科学, 2010(05)
- [8]表达序列标签（EST）分析及藻类EST文库的研究进展[J]. 陈卓,刘杰,钱万强,孙杰,沈继红,林学政,王能飞. 安徽农业科学, 2009(05)
- [9]木本植物EST研究进展综述[J]. 李永红,何德. 分子植物育种, 2008(03)
- [10]皱纹盘鲍表达序列标签及免疫相关基因的克隆与表达研究[D]. 郑明刚. 中国海洋大学, 2007(04)