一、美国兔杯状病毒病的爆发流行（论文文献综述）
陈冠桦[1]（2021）在《广州市2018-2019年门诊5岁以下急性腹泻儿童星状病毒流行特征研究》文中认为研究背景腹泻病是多种病原体、多种致病危险因素共同引起的以排便次数增加和大便性状变化为特点的一组疾病。是发展中或贫穷国家地区儿童营养不良的重要原因及死亡的主要原因之一。中国疾控2014-2015统计数据显示,感染性腹泻发病率在62.4/10万至74.8/10万,发病人群中超过一半是5岁以下儿童,在腹泻各年龄分组中≤1岁以下儿童的年发病率和发病人数最高。其中5岁以下儿童腹泻主要病因是各种病原体的感染,主要是病毒、其次是细菌、寄生虫和真菌相对少见。病毒中包括轮状病毒、杯状病毒（诺如病毒）、星病毒、腺病毒等。人星状病毒（Human Astrovirus,AstV）是引起婴幼儿、年长者和免疫功能不全患者病毒性腹泻的重要病原体之一,其感染获得的适应性免疫在各基因型之间不存在交叉保护作用。HAstV感染多为散发,但也可在托儿所、养老院、收容所、医院、学校等场所引起感染暴发导致疾病流行。星状病毒（astrovirus,AstV）,是一种无包膜的、具有二十面体固体外壳的单股正链RNA病毒,因在电子显微镜下呈星形而得名,基因组全长6.4-7.3kb,包含3个开放读码阅读框架（open reading flame,ORF）。目前根据ORF2区编码衣壳蛋白序列的血清型将HAstV分为经典型HAstV,包括8种基因型（HAstV-1﹣HAstV-8）,其中经典型HAstV-1流行最广泛,以及新型HAstV,包括人星状病毒墨尔本株（HAstV-MLB）和人星状病毒弗吉尼亚株（HAstV-VA）。我国多个地区的研究结果显示5岁以下急性腹泻患儿的HAstV检出率在2.5%-6.7%。HAstV具有明显的季节性,多集中在低温季节。其感染引起婴幼儿急性病毒性胃肠炎主要临床特点有轻度水样腹泻、发烧、食欲减退、恶心感、呕吐和腹痛等,较少导致脱水及住院。但有儿童发育迟缓、儿童消瘦、免疫功能不全、复合感染和存在其他肠道基础疾病的患儿病情较重。研究目的为了解HAstV在2018年1月-2019年12月中国广州地区门诊5岁以下星状病毒感染导致急性腹泻患儿中的分子流行病学特征。研究方法1、收集广州市妇女儿童医疗中心儿童院区、妇婴院区、增城院区三所医院门诊2018年1月至2019年12月5岁以下急性腹泻组儿童679例和非腹泻组儿童391例粪便样本及其相关的临床信息。2、从收集到粪便样本中提取病毒核酸,提取到的RNA采用引物M269/M270对核酸样本中HAstV的ORF2区进行RT-PCR扩增得到大小为449bp的片段,将扩增得到产物进行电泳验证。3、获得的阳性标本重新扩增和产物纯化,特异性产物的纯化,连接及转染,进行克隆菌培养,提取质粒并进行鉴定,得到核苷酸序列。4、阳性核苷酸序列外送测序,从Gen Bank数据库获取对照所采用的参考病毒毒株基因序列。用Geneios10.1.3软件计算序列相似性计并进行相关性分析,将测序结果及参考序列使用Mega10.0软件进行序列对比分析及采用邻接法（Neighbor-joining method）构建绘制系统进化树图谱。结果1、门诊急性腹泻组679例中HAstV检测阳性33例,检出率为4.9%。非腹泻组391例中HAstV检测阳性9例,检出率为2.3%,两者间有统计学差异（X2=4.306,P=0.038）。2、急性腹泻组中HAstV检测阳性男性19例,阳性率5.1%（19/372）,女性14例,阳性率4.6%（14/307）。非腹泻组中男性阳性率1.5%（6/391）,女性阳性率0.8%（3/391）,均无显着统计学差异。3、急性腹泻组2岁以下星状病毒检出率为5.0%（24/481）,与非腹泻组2岁以下检出率1.2%（2/165）存在统计差异（X2=4.538,P=0.033）。急性腹泻组2岁以上检出率4.5%（9/198）与非腹泻组3.1%（7/226）无显着统计学差异。急性腹泻组HAstV阳性月龄均值为19月,95%置信区间为（18,20）。非腹泻均值31月,95%置信区间（29,33）,具有显着统计学差异（t=10.608,P<0.0001）。急性腹泻组中0-12月龄、12-24月龄、24-36月龄、36-48月龄、48-60月龄不同月龄/年组的HAstV检出率分别为3.5%、6.6%、5.8%、3.6%、3.4%、4.9%,经X2检验,不同月龄组检出率无显着统计学差异。4、急性腹泻组中1年间季节检出率无明显差异,其中春季检出率最高（6.0%,17/281）,夏秋季最低,均为（3.2%,5/154）,月份间检出率无显着统计学差异,1月最高（6.7%,9/134）,9月最低（1.7%,1/58）。5、急性腹泻组HAstV检测阳性与检测阴性患儿在发热、呕吐、脱水、腹痛、抽搐、心肌损害、酸中毒、贫血等临床症状方面表现、粪便形态方面如粪便中红细胞数目、粪便中白细胞数目、水样便、血样便、粘液样便、其他类型的粪便、合并症如乳糖不耐受、呼吸道感染,其他疾病如系统性红斑狼疮、过敏性紫癜、牛奶蛋白过敏等合并腹泻等经X2检验无显着统计学差异。6、系统进化分析结果显示:急性腹泻组患儿33例检测阳性中26株（检出率3.8%,26/679）HAstV-1型、5株HAstV-4型（检出率0.7%,5/679）及2株HAstV-5型（检出率0.3%,2/679）星状病毒。非腹泻患儿中6株（检出率1.5%,6/391）HAstV-1型、1株HAstV-4型（检出率0.3%,1/391）及2株HAstV-5型星状病毒（检出率0.5%,2/391）。其中急性腹泻与非腹泻儿童HAstV-1型检出率有统计学差异（X2=4.503,P=0.0338）,7、急性腹泻组中HAstV检测阳性中最小年龄为3月龄,均值为20月龄,0-12月龄占比27.3%（9/33）,12-24月龄占比45.5%（15/33）。检测阳性比例较高在春季的1月份27.3%（9/33）、2月份18.2%（6/33）和冬季的12月份21.2%（7/33）。8、序列同源性分析结果显示HAstV-1型检测阳性共6株为中国河北2015年分离株（Genbank登录号KY311972.1）（2株来自非腹泻组）和26株来自匈牙利2010年分离株（Genbank登录号HQ398856.2）（4株来自非腹泻组）,HAstV-4型与英国牛津分离毒株（Genbank登录号L38506）、德国德累斯顿分离毒株（Genbank登录号AY720891）同源性相近。HAstV-5型与匈牙利布达佩斯2012年分离株（Genbank登录号KF157967）同源性相近。结论1、星状病毒是广州地区5岁以下儿童急性腹泻的重要病原体之一,HAstV-1型是流行优势株,主要感染2岁以下儿童。2、星状病毒感染导致发病无性别差异,在广州地区主要发生在寒冷季节（10月份至次年2月份）及雨季（7月份）。3、星状病毒引起儿童急性腹泻表现为轻型急性胃肠炎,临床症状一般较轻,且较少出现合并症。4、广州检测出HAstV-1型主要是中国河北2015年分离株（Genbank登录号KY311972.1）和匈牙利2010年分离株（Genbank登录号HQ398856.2）。
刘志刚[2]（2020）在《患病江豚微生态变化及迁地背景下江豚保护性研究》文中研究表明长江江豚是生活在长江中下游及鄱阳湖、洞庭湖等沿江大型湖泊的淡水豚类物种。近年来,随着工农业经济的快速发展,长江生态遭受严重破坏,长江江豚的栖息地环境持续恶化,导致其种群数量快速下降,由20世纪90年代的2700头,下降至2017年的1014头。目前,长江江豚处于极度濒危状态。迁地保护是进行长江江豚保护的重要举措之一,在江豚保种和科学研究中发挥了重要作用。然而,疾病感染和饲养管理技术欠缺严重制约了迁地保护区江豚的健康生长和种群繁育。近年来,长江江豚疾病频发,而关于长江江豚病原学（细菌和病毒）方面的研究几乎处于空白,迁地保护区饲养管理不当又时常引起江豚死亡率高和繁殖效率低。因此,有必要对长江江豚感染性疾病和迁地保护区江豚的饲养管理开展系统性研究,初步了解长江江豚细菌性疾病和病毒性疾病的流行病原,掌握长江江豚主要致病菌的生物学特性;建立迁地保护区长江江豚饲养管理和疾病防治的技术规范。本研究开展了长江江豚细菌性疾病的病原学调查;长江江豚病料样本的病毒群落研究;长江江豚6种危害较大细菌的生物学特性研究;迁地保护区长江江豚的饲养管理与疾病防治研究,研究结果如下:1长江江豚细菌性疾病流行病学调查通过细菌的分离培养、染色镜检、理化鉴定、PCR鉴定等,对462份长江江豚呼吸孔、粪便、血液、内脏组织、皮肤病灶、腹腔积液、胸腔积液等样品进行了细菌的分离鉴定,同时使用16S r DNA高通量测序对患病长江江豚和健康长江江豚的肠道菌群进行了研究。结果从462份长江江豚样本中,获得655个细菌纯培养,分离鉴定成功31种细菌,分别为温和气单胞菌（Aeromonas sobria）、表皮葡萄球菌（Staphylococcus epidermidis）、巨大芽孢杆菌（Bacillus megaterium）、微球菌（Micrococcus）、坚强芽孢杆菌（Bacillus firmus）、短小芽孢杆菌（Bacillus pumilus）、变形杆菌（Proteus）、肺炎克雷伯菌（Klebsiella pneumoniae）、嗜麦芽窄杆菌（Stenotrophomonas maltophilia）、大肠杆菌（Escherichia coli）、产气荚膜梭菌（Clostridium perfringens）、乳酸杆菌（Lactobacillus）、链球菌（Streptococcus）、铜绿假单胞菌（Pseudomonas aeruginosa）、金黄色葡萄球菌（Staphylococcus aureus）、嗜水气单胞菌（Aeromonas hydrophila）、诺卡氏菌（Nocardia）、弧菌（Vibrio）、不动杆菌（Acinetobacter）、魔氏摩根菌（Morganella morganii）、肠球菌（Enterococcus）、幽门螺旋杆菌（Helicobacter pylori）、弯曲杆菌（Campylobacter）、黄杆菌（Flavobacterium）、蜡样芽孢杆菌（Bacillus cereus）、粪肠球菌（Enterococcus faecalis）、志贺样邻单胞菌（Plesiomonas shigelloides）、维氏气单胞菌（Aeromonas veronii）、杀鲑气单胞菌（Aeromonas salmonicida）、爱德华氏菌（Edwardsiella ictaluri）和丹毒丝菌（Erysipelothrix）,其中产气荚膜梭菌、弧菌、爱德华菌等11种细菌在长江江豚属首次发现,大肠杆菌、气单胞菌、铜绿假单胞菌、葡萄球菌在所有样品中检出率相对较高;肠道内容物高通量测序,共检测到菌属340种,其中15种为潜在致病菌属,分别为埃希氏菌属、乳杆菌属、链球菌属、绿脓杆菌属、假单胞菌属、黄杆菌属、气单胞菌属、诺卡氏菌属、弧菌属、巴氏杆菌属、葡萄球菌属、魔氏摩根菌、肠球菌、幽门螺旋杆菌、弯曲杆菌。2长江江豚主要致病菌生物学特性研究利用微生物学、分子生物学、兽医药理学和兽医病理学方法对分离自长江江豚的6种主要致病菌（嗜水气单胞菌、维氏气单胞菌、杀鲑气单胞菌、魔氏摩根菌、金黄色葡萄球菌和大肠杆菌）进行了生物学特性研究。结果显示,分离菌株按照常规方法进行培养,均可良好生长,与其他动物源细菌无明显差异;生化研究和16s r RNA序列测定结果与各菌最初鉴定结果表型一致;细菌耐药性研究结果显示,6种菌均存在一定程度的耐药性,以大肠杆菌的耐药性最强,金黄色葡萄球菌的最弱,气单胞菌属不同菌之间耐药性存在一定差异;BALB/c小鼠致病性试验证实,6种菌对小白鼠均有致病性,以维氏气单胞菌和杀鲑气单胞菌的致病力最强,金黄色葡萄球菌的致病力最弱,感染小白鼠剖解病理变化存在一定差异,但主要以肺脏瘀血、出血和肝脏瘀血、变性和坏死为主。3长江江豚病毒性疾病研究初探通过病毒宏基因组学研究方法,对收集自2017-2019年野外患病死亡的长江江豚组织病料（心脏、肝脏、脾脏、肾脏、皮肤等）进行了病毒群落研究和分析。结果共获得10600个重叠序列（contigs）,检测到病毒65个,其中,基于参考序列鉴定出病毒25种,Denovo序列鉴定病毒42种。科水平上,两种方法鉴定出的优势病毒为肌尾噬菌体科（Myoviridae）、疱疹病毒科（Herpesviridae）、逆转录病毒科（Retroviridae）、长尾噬菌体科（Siphoviridae）、线头病毒科（Nimaviridae）、阿克曼病毒科（Ackermannviridae）、痘病毒科（Poxviridae）、丝状噬菌体科（Inoviridae）、短尾噬菌体科（Podoviridae）、砂粒病毒科（Arenaviridae）、有尾噬菌体目未分类病毒科（Caudovirales unclassified）。除疱疹病毒外,噬菌体病毒、逆转录病毒、线头病毒、痘病毒和砂粒病毒等均为首次在长江江豚上发现。4迁地保护区长江江豚的饲养管理与疾病防治研究通过临床大量实践和数据分析,分别对迁地保护区大水域、围网环境下和疗养池中生长的长江江豚的饲养管理和疾病防治技术进行了研究,结果,总结制定出迁地保护区大水域、围网环境下和疗养池中长江江豚饲养管理的技术规范,计算统计出长江江豚血常规和血液生化的正常阈值,发现了长江江豚各生理生化指标与江豚疾病诊断间的相关性,建立了长江江豚健康体检的技术规范和健康评价标准,基本形成了长江江豚常见疾病诊断与治疗的方法技术体系,其中通过静脉滴注对患病长江江豚进行治疗的技术在国内处于领先水平。综上所述本研究首次系统阐明了长江江豚细菌性疾病的流行特点;初步探明了长江江豚病料样本病毒群落的结构和组成,并首次发现了大量的长江江豚源病毒;揭示了6种常见致病菌的生物学特性,提供了细菌性疾病药物治疗和疫苗研发的参考信息;建立了迁地保护区长江江豚饲养管理和疾病诊疗的技术规范。饲养管理和疾病防控是迁地保护区长江江豚管理的两个重要方面,也是当前长江江豚保种面临的主要问题,知己（不断提高长江江豚的饲养管理和疾病防治水平等）和知彼（掌握长江江豚传染性疾病的流行特点、病原的生物学特性、长江江豚生长特性和各个生长阶段的饲养管理要点等）,方能有效解决长江江豚在迁地保护过程中疾病防控盲目和饲养管理欠缺的现状,为长江江豚、中华白海豚等鲸类动物的健康成长和种群繁育提供理论支持。
潘虹[3]（2020）在《祥云县蝙蝠粪便中携带的病毒调查研究》文中研究指明目的蝙蝠种类繁多、分布广泛、活动范围大,主要分布于热带、亚热带地区。蝙蝠作为病毒―存储库‖,蝙蝠体内有多种新病毒未被发现。国内外既往研究表明,蝙蝠的脑、心、肝、脾、肺、肾、尿液、血液均检测出病毒。随着人类活动范围扩大,蝙蝠与人类接触越来越密切、频繁,成为蝙蝠传播病毒到家畜与人类的一大诱因。云南省气候分布丰富,热带亚热带气候也包括其中,蝙蝠种类较多,有5科9个属共14种蝙蝠,全省均有分布,增加了蝙蝠与人类接触的机会和传播疾病的可能性。了解云南省蝙蝠粪便携带病毒的情况有利于开展相关的防控措施阻断疾病的传染源和传播途径,对新发传染病的预防、防控提出指导意见,具有深远的公共卫生意义。研究方法本研究用祥云县的480份蝙蝠直肠标本通过核酸提取、逆转录制备cDNA文库、PCR扩增的方法检测祥云县蝙蝠携带的RNA病毒和DNA病毒的情况。480份样本,5份合并为一份,合并后共96份样本,提取总RNA逆转录为c DNA文库以及提取总DNA,对样本进行PCR扩增。将阳性样本送出测序,测序结果用ATGC软件拼接,进行完全比对核酸序列用Clustal X软件,BioEdit软件自动识别比对序列后Clustal X（1.8）自动生成.aln格式文件,将序列裁剪为相同长度相同位置后,将编辑好的序列保存。用生物信息学方法对测序结果进行同源性分析、序列比对、构建进化树,从而进行流行病学分析和进化溯源分析。结果通过对96份样本的提核酸、PCR扩增相关基因,用了10种RNA病毒的引物其中包括细小核糖核酸样病毒的PICO基因扩增,肠道病毒的PanEV基因扩增,轮状病毒的NSP5、VP3、VP7基因扩增,以及蝙蝠体内常见病毒的筛查:尼帕病毒、布尼亚病毒、乙脑病毒、黄病毒、丝状病毒、环状病毒、甲病毒,其中细小核糖核酸样病毒有30份样本阳性,其他的引物扩增电泳结果均为阴性。已完成细小核糖核酸样病毒和腺病毒基因片段的测序及分析。对RNA病毒中细小核糖核酸样病毒PICO基因扩增,其中30个样本结果为阳性,测序结果为:细小核糖核酸样病毒属于未分类的小RNA病毒,国内外对细小核糖核酸样病毒的研究还太少,在进化树中,本次测序所得的细小核糖核酸样病毒基因片段与2014年中国北海贝类检测出的细小核糖核酸样病毒KX 883310/Beihai picornalike virus有较近的亲缘关系,处于同一进化枝,与2007年英国检测出的细小核糖核酸样病毒NC 009530/picornalike virus以及2011年南韩的NC025788/picornalike virus有较近亲缘关系。用了2种DNA病毒的引物,分别是乳头瘤状病毒、腺病毒。乳头瘤状病毒扩增结果为阴性。其中腺病毒有84份标本阳性,随机选取5份送去测序。腺病毒的测序结果为:与2010年发现的蝙蝠源哺乳动物腺病毒Bat adenovirus isolate 1285-YN-Mr（No.GU226966）核苷酸序列相似度为96%,该病毒属于双链DNA病毒腺病毒科未分类哺乳动物腺病毒属。本次测序的腺病毒阳性样本均在进化树蝙蝠腺病毒分支上,与云南蝙蝠、中国北方的蝙蝠腺病毒处于同一分支,说明还是具有一定的相似性,但是本次的5个病毒株在次级分支是独立成一支,说明与之前发现的蝙蝠腺病毒还是稍有不同,尤其是XYBF201710、XYBF201730、XYBF201740、XYBF201755在同一簇,而XYBF201784独立成一簇,表明XYBF201784与其他几株还是有不同,可能存在变异。结论本次实验首次在祥云县蝙蝠体内发现细小核糖核酸样病毒和腺病毒。
张帆帆[4]（2020）在《PEDV、PDCoV与SADS-CoV共感染IPEC-J2细胞的转录组学及基于TLR3、INSIG1介导的信号通路抗病毒研究》文中进行了进一步梳理病毒性腹泻一直是困扰生猪养殖的重要疾病之一,疾病主要引起一周龄以内的仔猪呕吐、水样腹泻和脱水死亡。猪流行性腹泻病毒（porcine epidemic diarrhea virus,PEDV）是致仔猪死亡的头号杀手,感染率高达60%,死亡率可达100%;猪德尔塔冠状病毒（porcine deltacoronavirus,PDCoV）为仅次PEDV的猪肠道致病原,其感染率高达30%,死亡率高达50%以上。猪急性腹泻综合征冠状病毒（swine acute diarrhea syndrome coronavirus,SADS-CoV）又名猪肠道阿尔法冠状病毒（porcine enteric alphacoronavirus,PEAV）/猪肠道α冠状病毒（Se A-CoV）,是2017年初新发现的一种新型致病性肠道冠状病毒,临床发病时间比PEDV稍晚2-3天,临床症状也相较于PEDV要轻。中国是生猪养殖大国,年出栏生猪达7亿头,然后却未见对于南方地区PEDV、PDCoV、SADS-CoV流行病学和基因的遗传变异的长期观察,且临床上存在大量PEDV和PDCoV混合感染的病例,其致病机制尚未明晰。为此本研究主要针对以下几个方面进行研究:1、南方地区PEDV、PDCoV和SADS-CoV的流行情况调查及S1基因的遗传变异情况从江西、浙江、福建、广东、湖南五省份采集了2012-2019年间3051份粪便、小肠组织及母乳样品,使用本实验建立的RT-PCR方法对样品中PEDV、PDCoV、SADS-CoV进行流行病学调查,结果表明:PEDV阳性率最高,阳性率为57.06%;其次为PDCoV,阳性率为27.14%;SADS-CoV的阳性率最低,仅为0.23%,且仅福建地区的样品中检测出了SADS-CoV阳性样品的存在。在2012-2019年间,PEDV的阳性率一直维持在较高水平,2013年PEDV的阳性率最高,达62.13%,而2019年的PEDV阳性率最低,为45.31%;PDCoV的阳性率在2018年最高,2012年最低;而SADS-CoV仅在2017年福建采集的68份样品有检出,总阳性率为0.23%。在混合感染的样品中,PEDV和PDCoV混合感染样品数最多,最高可占17.33%;而在PDCoV阳性样品中,PEDV和PDCoV混合感染率最高为70.97%,最低为2014年的样品,为30.57%。挑选11株不同年份PEDV阳性样品进行的S1基因进行核苷酸与氨基酸进化树分析,结果表明:所扩增的PEDV S1基因均属于G IIa分支,证明华中地区主要流行G IIa毒株;且具有A518S、G521D、L522H/Y、S524G、V528I、T550S、S563F、G594S、A605E、L612F、F617L、K630T、E633V和I635V的突变为位点。挑选的8株PDCoV氨基酸进化树分析发现:扩增的PDCoV毒株以及所有中国毒株（AN-2004除外）和泰国毒株（TT＿1115）在N52处均具有氨基酸缺失。扩增的SADS-CoV-CH-NDFJ-2018S1基因与Gen Bank中41株参考株的核苷酸同源性均在97.2%-100%之间,氨基酸同源性在98%-100%;其中与SADS-CoV-CH-FJWT-2018（MH615810）毒株的同源性最低,与SADS-CoV＿GDLX/2019（MK651076）同源性最高。2、PEDV、PDCoV与SADS-CoV感染IPEC-J2细胞的生物学特性研究以IPEC-J2细胞为感染模型,使用PEDV、PDCoV、SADS-CoV单一/共感染IPEC-J2细胞,通过数据统计发现,PEDV单一感染IPEC-J2病毒拷贝数比PEDV+PDCoV及PEDV+SADS-CoV共感染中PEDV的拷贝数显着增加,说明共感染抑制/影响PEDV病毒的增殖。在PEDV+PDCoV共感染中PEDV的病毒拷贝数比PEDV+SADS-CoV共感染中PEDV的拷贝数显着降低,说明在共感染中PDCoV比SADS-CoV对PEDV增殖的影响要更为强烈。而PDCoV与PEDV或SADS-CoV共同感染时PDCoV的病毒拷贝数显着高于PDCoV单一感染时拷贝数,类似的现象在SADS-CoV病毒单一及与PEDV或PDCoV共感染中观察到。通过细胞免疫荧光还发现,不同病毒可以感染同一细胞,不存在排斥现象。3、PEDV、PDCoV、SADS-CoV单一感染和共感染转录组学比较研究通过转录组学分析PEDV、PDCoV、SADS-CoV单一感染和共感染IPEC-J2细胞后宿主基因差异性表达情况,进一步揭示PEDV、PDCoV、SADS-CoV单一感染和共感染的病毒致病机制和宿主的抗病毒机制的差异。在与PEDV的共感染与单一感染对比中,PEDV+SADS-CoV共感染在前期比PEDV+PDCoV共感染会引起细胞更加强烈的免疫反应,而PEDV+PDCoV共感染在后期诱导的炎症免疫反应强于PEDV+SADS-CoV;对表达差异基因进行生物信息分析发现,PEDV+SADS-CoV差异基因主要富集在细胞进中的氨基化合物的生物合成进程（amide biosynthetic process）、ATP生物合成进程（ATP biosynthetic process）和ATP代谢进程（ATP metabolic process）均显着升高,而在PEDV+PDCoV差异基因主要富集在固有免疫应答（innate immune response）、固有系统应答（immune system process）和免疫应答（immune response）中。在与PDCoV的共感染与单一感染对比中,PDCoV+SADS-CoV和PDCoV+PEDV共感染均随着感染时长的增加,差异基因数均不断上升;对表达差异基因进行生物信息分析发现,PDCoV+SADS-CoV比PDCoV+PEDV引起的细胞信号通路的变化更为显着,且聚类的通路有所差异。在24h时,PDCoV+SADS-CoV差异基因富集中固有免疫应答（innate immune response）、细胞因子应答（response to cytokine）、肿瘤坏死因子应答（response to tumor necrosis factor）等最显着,而PDCoV+PEDV差异基因富集中免疫系统进程、免疫应答、固有免疫应答等最显着。在与SADS-CoV的共感染与单一感染对比中,SADS-CoV+PDCoV共感染均随着感染时长的增加,差异基因数不断上升,而SADS-CoV+PEDV共感染组在48h时差异基因数有所下降。对表达差异基因进行生物信息分析发现,通过对不同时间点,对比SADS-CoV单一感染组与SADS-CoV和PDCoV共感染组GO富集分析:在6 h和24 h时,均无显着差异性通路富集;在48h时,有281个差异基因显着富集到细胞组分,仅微管细胞骨架（microtubule cytoskeleton）、细胞核（nucleus）、微管形成中心（microtubule organizing center）和中心体（centrosome）通路差异显着。对比SADS-CoV单一感染组与SADS-CoV和PEDV共感染组GO富集分析:在6 h时,有38个富集通路显着差异,其中病毒免疫应答相关通路差异显着,涉及的相关差异基因为RSAD2、MX1、DDX58、MX2、STAT1、OAS1、STAT2、CD40、IRF1、CCL5、ISG20等;在24 h和48 h没有发现显着差异富集通路。我们首次对通过转录组学分析PEDV、PDCoV、SADS-CoV单一感染和共感染IPEC-J2细胞后宿主基因差异性表达情况,研究结果为深入了解单一感染和共感染对宿主免疫应答机制的改变提供基础。4、TLR3通路对PEDV、PDCoV、SADS-CoV的影响TLR3是一种病原的模式识别受体,识别病毒感染产生的双链RNA结构后,通过诱导I型干扰素和促炎性细胞因子的生成,抑制病毒的复制。在进行转录组富集分析发现TLR3通路在单一感染和共感染组均出现显着上调。本实验在病毒感染前后使用poly（I:C）刺激IPEC-J2细胞发现,病毒感染前12h刺激对病毒复制的抑制效果更为显着;而使用BX795抑制TLR3通路的激活,可以促进病毒的复制。为了进一步确定是由于病毒感染激活TLR3引起宿主的免疫应答反应,使用pCAGGS-TLR3过表达质粒和pCDNA3.1-U6-TLR3干扰质粒分别转染IPEC-J2细胞,发现TLR3的过表达抑制了病毒的复制,并且引起了更加强烈的干扰素的产生,反之则降低了TLR3通路的激活促进了病毒的复制。5、PEDV、SADS-CoV和PDCoV结构蛋白与INSIG1相互作用机制在病毒感染宿主细胞的过程中,除了利用病毒自身的蛋白在一定程度上抑制宿主的免疫应答,还能在病毒感染期间调节固醇的合成作为促进脂质筏中病毒复制和病毒出芽的策略。胰岛素诱导基因（Insulin-induced genes,INSIGs）是近年来新发现的调控细胞固醇类物质合成与代谢的主要因子,病毒依靠其细胞宿主为成功复制提供能量和组成元件。为了探究PEDV、PDCoV、SADS-CoV影响胆固醇代谢机制,本实验利用病毒蛋白的过表达重组质粒转染IPEC-J2细胞,研究INSIG1与PEDV、PDCoV、SADS-CoV之间的相互关系。通过实验发现,INSIG1 mRNA水平和蛋白水平在PDCoV感染后期出现显着下调,而PEDV、SADS-CoV则出现显着上调,这促使我们对其感染机制的不同做出更深入研究。在本实验中,INSIG1过表达可以降低腹泻相关病毒的病毒拷贝数;INSIG1敲低可以显着促进病毒的表达。通过共感染的研究发现,与PDCoV的可以在一定程度上促进PEDV和SADS-CoV的增殖。因此,PEDV、PDCoV、SADS-CoV产生的蛋白可能会对INSIG1基因产生抑制作用。过表达三种病毒的结构蛋白和非结构蛋白的研究发现,病毒S蛋白可以显着抑制INSIG1的表达,而其他非结构基因ORF3、NS3、NS6、NS7、NS7a、NS7b可在一定程度上引起INSIG1的上调,存在一定的中和调节作用。这与病毒感染前期,INSIG1出现一定程度的上调有一定关系。为了进一步了解在感染的后期PEDV、SADS-CoV和PDCoV感染的IPEC-J2细胞INSIG1出现显着差异的原因,使用不同浓度的葡糖糖培养基培养三种病毒发现,INSIG1基因的表达水平的变化,依赖于葡糖糖浓度的影响。通过测定胆固醇代谢相关的INSIG1、AMFR、SCAP、SREBF1、INSIG2、DHCR24、LSS、MSMO1、OSBPL8变化水平发现,PDCoV感染组胆固醇合成相关的INSIG1、AMFR、SCAP、SREBF1出现显着下调,氧化固醇结合蛋白样蛋白8（Oxysterol Binding Protein Like Protein,OSBPL8）则显着上调。该研究为PEDV、PDCoV和SADS-CoV的相互作用及病毒和胆固醇代谢建立了新的联系,为将来研究PEDV、PDCoV和SADS-CoV共感染机制提供新的依据。
林琳[5]（2019）在《GⅡ.4型人诺如病毒在人肠道类组织中的增殖及转录组研究》文中指出人诺如病毒（Human Norovirus,HuNoV）是急性胃肠炎的主要病原体。自1972年首次被发现以来,HuNoV已在全球范围内引起广泛流行。尽管HuNoV的流行病学研究取得了巨大成功,然而关于HuNoV的致病机制及宿主抗病毒免疫反应的研究目前仍进展缓慢,究其原因就是因为缺乏体外细胞培养体系或合适的动物模型,因此构建新型的适宜于HuNoV增殖的体外培养体系将为研究HuNoV的致病机制及病毒与宿主互作的研究提供重要研究平台。三维细胞培养体系能够改变以往的细胞平面生长的局限性,能够让细胞立体生长与分化,最大程度上模拟出机体内组织结构及微环境。目前常见的细胞三维培养方法有气液界面培养法、基于支架的发酵罐旋转培养法、类组织培养法等。类组织培养依托机体组织在体分离的原代细胞、通过人工调控培养基及添加因子的种类培养出能够体外重构出机体组织结构,这一研究平台让目前不能体外培养的HuNoV、C组鼻病毒等重要致病性病原体的体外培养成为可能。因此本文首先通过搭建人肠道类组织的体外培养体系,进而研究不同基因型的HuNoV在人肠道类组织中的增殖能力,最后通过转录组学确定GⅡ.4型HuNoV感染人肠道类组织后宿主基因转录水平上的变化,分析GⅡ.4型HuNoV与人肠道类组织互作的主要通路和调控分子;具体研究内容如下:第一部分:人肠道类组织体外培养系统的建立通过临床获取手术后的新鲜成人空肠组织标本,分离出肠隐窝,接种于基质胶（Matrigel）中,优化调节不同信号通路外源可控因子（Wnt-3A、R-Spondin、Noggin、EGF等）的浓度,实现体外成人人肠道类组织的增殖与传代培养,形态学和免疫荧光鉴定肠隐窝干细胞的增殖和肠道类组织的形成及分化后的细胞类型。结果显示肠道类组织内的细胞与人体内肠道组织的结构形态十分类似,可见类组织细胞有极性;透射电镜显示肠道类组织的顶端绒毛朝向腔体,细胞与细胞之间存在完整的紧密连接,同时还可以观察到典型的杯状细胞的囊泡小体聚集在细胞核上方,以及内分泌细胞中富含激素的小泡聚集在细胞核下方;人肠道类组织经处理为单层细胞后加入分化培养液,撤掉可导致肠道干细胞不分化的Wnt-3A和等因子,在免疫荧光显微镜下可见分化后的单层细胞中有被PE染色的杯状细胞分散显示。随着时间的推移,细胞类型逐渐增多,逐渐分化出杯状细胞、肠细胞等各种肠道细胞类型。第二部分:GⅡ.4型HuNoV在人肠道类组织中增殖及转录组研究分别选取GⅡ.4、GⅡ.3、GⅡ.17型HuNoV阳性的儿童和成人急性胃肠炎患者标本接种人人肠道类组织单层细胞,采用实时荧光定量PCR技术检测病毒增殖情况。结果显示GⅡ.4型HuNoV在人肠道类组织中有稳定的扩增,且随着时间的推移扩增倍数逐渐增加,在接种后72小时达到高峰;儿童患者来源的GⅡ.4型HuNoV在肠道类组织单层细胞中扩增倍数约19倍（220,871拷贝/孔）显着高于成人患者来源的GⅡ.4型HuNoV（6.09倍）;儿童患者来源的GⅡ.3型和GⅡ.17型HuNoV在人肠道类组织单层细胞中增殖效率分别为2.55倍和11.52倍,明显低于GⅡ.4型HuNoV;在胆汁替代物甘氨鹅脱氧胆酸（GCDCA）存在的条件下,GⅡ.17型HuNoV扩增倍数可提高到11.53倍。选取了两例不同空肠组织提供者的标本培养的人肠道类组织,分别感染同一儿童患者的GⅡ.4型HuNoV 阳性标本,利用已建立的Real-time qPCR方法检测病毒感染情况,并利用高通量测序技术对GⅡ.4型HuNoV感染前、后不同时间段（感染前0h及感染后1 h和72 h）的小肠类组织进行了转录组研究,筛选获得显着性差异表达基因。以0h作为对照组,共计5376个基因发生差异转录,其中49%基因表达上调,多数与免疫相关,如干扰素（interferon,IFN）和干扰素诱导基因（RIG-I,MDA5,IRF4,IFN Ⅲ和IFNR）等。差异表达下调的基因占51%,主要涉及到生长和代谢相关的基因,如胰岛素样生长因子,泛素结合酶等。GO生物功能富集分析表明GⅡ.4型HuNoV感染后对人肠道类组织中肠细胞的功能产生了明显的影响。根据KEGG数据库检索,本研究筛选到的差异表达基因富集到45个以上信号通路,主要为细胞凋亡、细胞周期、细胞结构、脂肪酸代谢及病毒感染后机体免疫应答相关的信号通路。尤其是Ⅲ型IFN基因,IFN-λ（IFN-λ 1/-2/-3）转录水平均发生了明显地上调,而Ⅰ和Ⅱ型IFN转录水平未发生明显改变,这一结果提示Ⅲ型IFN（IFN-λ）在HuNoV感染机体的早期可能发挥重要作用。此外,除了肿瘤坏死因子编码基因（TNF）表达稍微上调以外,其它与宿主凋亡相关基因在HuNoV感染后发生了下调,其中p53信号通路中的相关基因（CCNE1/2、CDK1/2、TP73、RRM2、APAF1、PPM1D 及 PMAIP1）在病毒感染后发生了微量或明显地下调。同时,细胞线粒体凋亡信号通路中可以介导细胞程序性死亡的一个重要调控因子-凋亡肽酶激活因子1（Apaf-1）的基因表达明显下调。另外,宿主抗凋亡成员Bcl-2基因的表达水平也发生了微量上调。这提示HuNoV感染宿主后通过下调凋亡相关基因和上调抗凋亡基因来抑制抑制宿主细胞凋亡发生,进而促进HuNoV的复制和增殖。本论文成功构建了人肠道类组织体外培养体系,实现了 GⅡ.4型HuNoV在人肠道类组织中的增殖;确定了 GⅡ.4型HuNoV感染人肠道类组织后的转录组情况,发现GⅡ.4型HuNoV通过调控宿主细胞代谢、抑制宿主细胞凋亡发生来促进GⅡ.4型HuNoV增殖,其中宿主细胞IFN-λ在抗HuNoV感染中起重要作用。本文研究结果将为深入阐明HuNoV感染致病及宿主抗HuNoV的天然免疫应答机制提供研究基础和科学参考。
王超[6]（2019）在《人偏肺病毒和WU多瘤病毒的分离培养及流行病学、基因组学研究》文中指出急性呼吸道感染是全球范围内最常见的人类传染性疾病之一,发病率高、传播快、流行范围广,已成为5岁以下儿童死亡的第二大病因。病毒是导致呼吸道感染的主要病原体,常见的呼吸道病毒包括流感病毒、呼吸道合胞病毒、副流感病毒、鼻病毒、人偏肺病毒、人冠状病毒、人博卡病毒和腺病毒等。人偏肺病毒（HMPV）是2001年鉴定出的副粘病毒科肺病毒亚科新成员,各年龄人群均可感染,但婴幼儿、老年人和免疫抑制人群感染率更高,目前尚无有效疫苗和治疗方案。WU多瘤病毒（WUPyV）是2007年通过二代测序技术在肺炎患儿鼻咽抽吸物中发现的人多瘤病毒,呼吸道样本中检出率较高,由于缺乏细胞培养模型所以感染机制不明。本研究利用传代细胞和呼吸道上皮细胞三维模型（HAE 3D model）分离培养HMPV和WUPyV,并进行流行病学和基因组学研究,为HMPV和WUPyV的病毒感染机制研究、药物评价和疾病控制工作奠定了基础。本研究主要结果如下:一、北京呼吸道感染住院儿童中HMPV和WUPyV感染的分子流行病学调查1.收集2017年4月至2018年3月共1276份呼吸道感染住院患儿鼻咽抽吸物样本,核酸检测HMPV和WUPyV感染阳性率分别为4.08%（52/1276）和5.96%（76/1276）。2.HMPV感染多发于冬春季,在3月达到峰值,≤4岁患儿占90.38%（47/52）,36.54%（19/52）存在混合感染,多为双重感染（73.68%,14/19）,主要诊断为肺炎（55.77%,29/52）和支气管炎（44.23%,23/52）。WUPyV感染无季节性,≤4岁患儿占92.11%（70/76）,60.53%（46/76）存在混合感染、双重感染和三重感染多见,主要诊断为支气管炎（68.42%,52/76）和肺炎（30.26%）。两种病毒临床症状均表现为发热,咳嗽。3.HMPV样本核酸拷贝数在7 copies/μl-9.61×104 copies/μl,病毒载量与患儿临床特征（P>0.05）和是否混合感染（P=0.398）均无统计学差异。WUPyV样本核酸拷贝数在3 copies/μl-1.36×108 copies/μl,病毒载量与患儿临床特征（P>0.05）和是否混合感染（P=0.251）均无统计学差异。4.N基因进化分析显示北京地区HMPV A2b、B1、B2亚型共同流行,以B1亚型为主（50.00%,26/52）,感染患儿临床特征和病毒载量与亚型无关。VP2基因进化分析表明WUPyV流行株大多为Ⅰ型基因簇（96.05%,73/76）。二、HMPV和WUPyV全基因组序列扩增及基因组基本特征分析1.通过二代测序和Sanger测序获得了北京地区6条HMPV和2条WUPyV全基因组序列。6条HMPV全基因组中有5条为A2b亚型,与我国gz01株遗传距离最近。此外,首次获得1条我国B1亚型全基因组序列。2条WUPyV全基因组均为Ⅰ型基因簇,与我国其他地区的全基因组属同一分支。2.核苷酸及氨基酸同源性分析发现HMPV G基因变异最大,N基因最保守,WUPyV各蛋白编码区同源性均较高,VP2基因最保守。进化树分析显示HMPV N基因和M2-2基因与全基因组序列的进化树拓扑结构差异较大,可能是因为缺乏特征性核苷酸位点。两种病毒Simplot分析均未发现重组。三、HMPV和WUPyV的分离培养鉴定1.核酸和免疫荧光检测证明利用LLC-MK2、Vero-E6细胞和HAE 3D培养模型从临床样本成功分离HMPV毒株。HMPV在HAE 3D培养模型和传代细胞上增殖情况相似。2.核酸检测表明HAE 3D培养模型从临床样本成功分离WUPyV毒株,分离到的WUPyV毒株在5种传代细胞上未见显着增殖。3.电镜结果显示HMPV为不规则的球型颗粒,有包膜、刺突,直径在150-600nm之间,WUPyV病毒形态为无包膜的规则球型颗粒,直径约在45-50nm之间。结论:1.HMPV和WUPyV是呼吸道感染住院患儿的常见病毒,均以4岁以下儿童易感。HMPV流行季为冬春季,WUPyV流行无季节性。HMPV和WUPyV常与其他呼吸道病毒混合感染。两种病毒的病毒载量与患儿临床特征及是否为混合感染无关。HMPV B1亚型和WUPyV Ⅰ型基因簇为北京地区主要流行株,HMPV基因亚型与临床特征和病毒载量无关。2.获得了北京地区6条HMPV全基因组序列和2条WUPyV全基因组序列。HMPV基因组变异较大,WUPyV基因组十分保守。HMPV亚型鉴定应同时检测P、M、F、SH、G和L中两个或两个以上基因。3.成功从传代细胞和HAE 3D培养模型上获得HMPV临床分离株,并通过HAE 3D培养模型上首次获得WUPyV临床分离株。
赵雨馨[7]（2019）在《沈阳地区宠物犬猫主要传染病流行特点及犬细小病毒的遗传进化分析》文中研究表明近年来,随着国民经济和城市化进程的迅速发展,宠物犬猫的饲养量不断增长,宠物的生活质量和健康情况也受到了更高的关注,但有关宠物流行病的相关研究却相对滞后。本研究通过调查沈阳地区宠物医院常见的传染病和寄生虫病的发病量,统计分析发现真菌病、细菌病、寄生虫病和病毒病的月平均发病量和月平均气温呈显着相关（P<0.001）,并有两个月的时滞效应。并且利用这四种类型疾病2013至2017年的月平均发病量数据进行时间序列分析,建立了ARIMA模型。本研究中的流行病学统计分析表明,沈阳地区宠物医院接诊量最高的传染病为犬细小病毒病。犬细小病毒传播范围广、感染性强,对我国宠物犬、军犬警犬及野生动物和经济动物都造成严重的危害。本研究采用分子生物学方法从遗传进化方面对沈阳地区犬细小病毒进行了研究和探讨。9份沈阳地区犬细小病毒的唾液、血液和粪便样本收集于2017～2018年,通过提取的VP2基因和NS1基因进行PCR克隆测序,得到沈阳地区犬细小病毒的基因序列,分析其氨基酸位点突变情况,进行同源性比对及系统发育树构建。结果表明通过测序得到的五条序列全部为CPV-2c型;亲缘关系与亚型和地区有关,与北京地区、吉林地区分离到的毒株序列较近,而与意大利、日本国家的序列相对较远。VP2序列中有10个核苷酸突变（nt14、16、520、817、819、1016、1042、1109、1278及1490）导致9个氨基酸的突变（aa5、6、174、273、339、348、370、426、497）。测得的6条NS1序列与7条标准毒株序列进行比对,发现其中有27个核苷酸突变（nt67、178、196、206、210、336、433、555、616、726、905、969、1017、1059、1207、1267、1463、1488、1558、1625、1664、1715、1728、1736、1792、1891、1953）导致12个氨基酸的突变（aa23、60、66、69、145、206、302、403、423、460、520、555）。沈阳地区的犬细小病毒和其他地区相比,进化速率没有显着差异,共发现12个位点存在正选择。这些突变可能是导致病毒变异的原因,新发现的突变位点也为以后的研究提供了参考。
伊淑帅[8]（2019）在《东北地区宠物猫肠道病毒组学分析及腹泻相关病毒的分子检测与进化研究》文中研究指明猫作为全球范围内饲养量仅次于犬的第二大类宠物,经常与人类分享相同的居住环境,并且与人类、家畜及家禽等接触频繁,由猫传播的病毒性传染病也呈现出高发的趋势,逐渐引起人们的重视。近年来,随着病毒宏基因组学的不断发展,国内外已经逐渐开展了关于野生动物、家畜、家禽等携带病毒群落的研究,不仅丰富了已知病毒的基因遗传多样性,也大大拓展了人们对未知病毒的了解。但是,对宠物携带病毒组的研究起步较晚,发展不够迅速。目前,我国尚无针对宠物猫病毒组学研究的相关报道。因此,有必要对我国宠物猫携带的病毒群落进行系统的调查,了解宠物猫携带的病毒种类,掌握病毒的变异与进化情况。而彻底调查宠物猫病毒生态学对于潜在的猫源病毒性传染病的预警具有重要意义。本研究于2016年至2018年间,共采集宠物猫粪便样品578份,样品覆盖辽宁省、吉林省与黑龙江省的11个市（县）。基于病毒宏基因组学技术对宠物猫肠道病毒群落的组成进行了分析,比较了临床健康猫与腹泻猫肠道病毒群落的差异;针对有意义的肉食动物原细小病毒（Carnivores protoparvovirus 1）、猫博卡病毒（Feline bocaparvovirus,FBoV）、猫星状病毒（Feline astrovirus,FeAstV）与猫嵴病毒（Feline kobuvirus,FeKoV）,建立了特异性检测方法,对上述病毒的流行情况进行了调查;通过扩增病毒的主要基因与完整基因组,对病毒遗传进化特点、流行特征、基因组特征进行了系统的分析;此外,首次对猫源犬博卡病毒（Canine bocaparvovirus,CBoV）与环形病毒（Gyrovirus,GyV）进行了检测与基因组分析。主要研究结果如下:（1）经病毒宏基因组学测序与分析,共获得13,130,914个重叠序列（contigs）,其中41.25%注释到病毒序列。注释到的病毒序列进一步分为25个病毒科、47个病毒属。其中,脊椎动物病毒注释到14个病毒科25个病毒属,原生生物病毒注释到1个病毒科2个病毒属,细菌噬菌体注释到4个病毒科13个病毒属,植物病毒注释到3个病毒科3个病毒属,昆虫病毒注释到3个病毒科4个病毒属;发现FBoV、FeKoV、FeAstV、CBoV、GyV等新发病毒。通过比较临床健康猫与腹泻猫肠道的病毒群落,认为星状病毒科、小RNA病毒科、腺病毒科、冠状病毒科与呼肠孤病毒科可能是引起猫腹泻的主要病原。（2）建立了鉴别猫细小病毒（Feline parvovirus,FPV）与犬细小病毒（Canine parvovirus,CPV）的PCR-RFLP方法,并对578份粪便样品进行了检测。结果显示,肉食动物原细小病毒核酸阳性率为34.08%（197/578）,腹泻猫阳性率（46.77%,116/248）显着高于临床健康猫（24.55%,81/330）,年龄、多猫家庭与核酸阳性率显着相关,为危险因素;FPV为我国猫群中主要流行的肉食动物原细小病毒,首次在我国东北地区猫群中检测到CPV-2a与CPV-2b。VP2基因遗传进化分析显示,我国流行的FPV毒株形成了新的遗传进化分支,是病毒进化的阳性选择,应引起高度重视;CPV毒株267、324与440位氨基酸的变异可能与CPV宿主特异性有关。（3）建立了鉴别FBoV1、FBoV2与FBoV3的多重PCR方法,并对578份粪便样品进行了检测。结果显示,猫博卡病毒核酸阳性率为22.32%（129/578）,腹泻猫阳性率（32.66%,81/248）显着高于临床健康猫（14.55%,48/330）;我国猫群中存在FBoV1、FBoV2与FBoV3的流行,FBoV1为优势流行病毒种。首次证明FBoV2与FBoV3在我国猫群中的流行,我国流行的FBoV3属于新的FBoV3基因型。首次分离到1株FBoV1,可在细胞上稳定传代。（4）建立了猫星状病毒Taq Man荧光定量PCR方法,病原学调查结果显示,FeAstV核酸阳性率为18.17%（105/578）,腹泻猫阳性率（32.26%,80/248）显着高于临床健康猫（7.58%,25/330）,季节与核酸阳性率显着相关,为危险因素;首次证明我国猫群中存在FeAstV-1与FeAstV-2的流行,FeAstV-1为优势流行毒株。FeAstV-2在逐年增多,存在扩大流行的趋势。基因分析表明FeAstV-1与FeAstV-2属于不同的星状病毒种,我国流行的FeAstV-1与FeAstV-2存在独特的流行趋势。（5）建立了猫嵴病毒Taq Man荧光定量PCR方法,病原学调查结果显示,FeKoV核酸阳性率为12.98%（75/578）,腹泻猫阳性率（22.98%,57/248）显着高于临床健康猫（5.45%,18/330）。首次证明FeKoV在我国东北地区猫群中的流行,基因分析显示我国流行的FeKoV形成了新的遗传进化分支。（6）在578份猫粪便样品中检测出10份CBoV阳性样品,12份GyV阳性样品;分析发现,10份犬博卡病毒阳性样品均属于CBoV1的新基因型;12份环形病毒阳性样品中,4份为CAV阳性,3份为HGyV/AGV2阳性,3份为GyV3阳性,2份为GyV6阳性。本研究首次在猫体内发现CBoV1、HGyV/AGV2、GyV3与GyV6,表明猫可能作为犬博卡病毒与多种环形病毒的宿主。综上所述,本研究应用病毒宏基因组学方法对我国东北地区宠物猫肠道病毒群落组成进行了调查,不仅丰富了宠物猫病毒数据库,而且系统获得了我国宠物猫携带病毒组的情况,发现了大量的新发病毒,为潜在猫源病毒性传染病的预警工作提供了基础资料。建立了检测肉食动物原细小病毒、猫博卡病毒、猫星状病毒与猫嵴病毒的特异性检测方法,并对这些病毒在我国东北地区的流行情况进行了系统调查。首次在我国猫群中发现猫博卡病毒2、猫博卡病毒3、猫星状病毒1与猫星状病毒2;国内外首次在猫肠道中发现犬博卡病毒,环形病毒属的HGyV/AGV2、GyV3与GyV6,为全面掌握新发猫肠道病毒的分布情况提供了重要的基础数据。通过系统的基因遗传进化分析,为猫新发肠道病毒的分子流行病学研究提供了本底资料。
孟菲[9]（2019）在《广西蝙蝠和大兴安岭蜱虫的宏病毒组学研究》文中指出蝙蝠种类多、分布广,是多种人兽共患病的自然宿主,如严重急性呼吸综合征病毒（Severe acute respiratory syndromes virus）、中东呼吸综合征病毒（Middle-east respiratory syndromes vius）、尼帕病毒（Nipah virus）、狂犬病毒（Rabies virus）及埃博拉病毒（Ebola virus）等。广西因独特的地理位置具有十分丰富蝙蝠资源,但该地区蝙蝠的种类、分布及携带的病毒多样性等还不完全清楚。本研究利用形态学和分子生物学方法,对在桂林、柳州、河池等地区的18个县、区采集到的617只蝙蝠样品进行分类和鉴定。结果鉴定出12种蝙蝠,分别为大蹄蝠（Hipposideros armiger）、中蹄蝠(Hipposidero larvatus灰蹄蝠（Hipposideros cineraceus）、果树蹄蝠（Hipposiderospomona）、普氏蹄蝠（Hipposideros partti）、皮氏菊头蝠（Rhinolophus pearsoni）、托氏菊头蝠（Rhinolophus thomasi）、大耳菊头蝠（Rhinolophus macrotis）、小菊头蝠（Rhinolophus pusillus）、普通长翼蝠（Minipopterus schreibersii）、小黄蝠（Scotophilus kuhlii）和南长翼蝠（Miniopterus pusillus）,其中小黄蝠共有133只（21.5%）,果树蹄蝠132只（21.4%）,中蹄蝠129只（20.9%）,其他蝙蝠数量在1-51只之间不等。应用高通量测序技术（High-throughput sequencing,HTS）对这些蝙蝠的肠道组织开展宏病毒组学研究。结果共得到89825条reads注释到病毒序列,其中有37426条（41.7%）reads与噬菌体相关,49828条（55.47%）与真核生物病毒相关,另外还有2571条（2.8%）reads未注释到已知病毒序列。与真核生物相关的病毒序列,主要涉及副黏病毒科（Paramyxoviridae）、弹状病毒科（Rhabdoviridae）、丝状病毒科（Filoviridae）、冠状病毒科（Cornaviridae）、细小病毒科（Parvoviridae）、双顺反子病毒科（Dicistroiridae）、软腐病毒科（Iflaviridae）、小核糖核酸病毒科（Picornaviridae）、星状病毒科（Astroviridae）、杆状病毒科（Baculoviridae）和嗜肝病毒科（Hepadnaviridae）等30多个病毒科。其中脊椎动物病毒有51种,主要有蝙蝠冠状病毒（Bat coronavirus）、蝙蝠星状病毒（Bat astrovirus）、蝙蝠嗜肝病毒（Bat hepatitis B virus）、甲型肝炎病毒（Hepatitis A virus）和人双埃柯病毒（Human parechovirus）等。昆虫病毒有18种,主要为茶尺蠖病毒（Ectropis obiqua virus）和直尺蠖病毒（Perina nuda virus）。植物病毒主要为斐济病毒属（Fijvirus）的斐济病毒（Fijivirus）。噬菌体主要是一些肠道细菌的噬菌体,涉及基尾噬菌体科（Myoviridae）、短尾噬菌体科（Podoviridae）、长尾噬菌体科（Siphoviridae）、丝状噬菌体科（Inoviridae）、微小噬菌体科（Microviridae）和光滑噬菌体科（Leviviridae）。将这些脊椎动物病毒相关的reads进行组装后,得到485条Contigs,比对发现共有342条（75%）Contigs能够比对到NCBI数据库中已知的病毒序列。基于这些序列信息,进行分析后发现,广西蝙蝠中的蝙蝠星状病毒与已知的蝙蝠星状病毒的差异较大,可能是新的蝙蝠星状病毒;广西的蝙蝠冠状病毒与Bat coronavirus（BtCoV/512/2005）核苷酸相似性为98%,亲缘关系较近;广西蝙蝠中的杯状病毒和嗜肝病毒与已知病毒相似性较高,可能是已知病毒的变异株;广西蝙蝠中的蝙蝠博卡病毒与已知蝙蝠博卡病毒相似性较低,可能是蝙蝠博卡病毒中新的病毒株。利用PCR方法,对广西蝙蝠携带的微小RNA病毒目（Piconrnfaviriales）中的相关病毒进行验证。结果显示广西蝙蝠主要携带七种微小RNA病毒,分别为:甲型肝炎病毒（Hepatovirus A virus）、南蝠微小RNA病毒（Ia io picornavirus）、Shanbavirus、蝙蝠双埃柯病毒（Bat parechovirus）、直尺蠖小RNA样病毒（Perina nuda picorna-like virus）、茶尺蠖小 RNA样病毒（Ectropis oblique picorna-like virus）和虱P病毒（Himetobi P virrus）。并在中蹄蝠中首次分离到一株蝙蝠源甲型肝炎病毒。对扩增得到的序列进行遗传进化分析,结果显示广西蝙蝠的Hepatovirus A virus属于Hepatovirirus H种,Bat picornavirus 可能是Sfapelovirus 病毒属中新的 Bat sapelovirus,Bat parechovirus 可能是Pasivirus病毒属中新的Bat pasivirus,Shanbavirus与已知的Shanbavirus相似性较低,可能是一株新的Bat shanbavirus。本研究初步了解了广西地区蝙蝠的种类和分布,以及携带的病毒多样性,为进一步填补国内蝙蝠携带病毒的拼图,做好广西的蝙蝠病毒病疫情预警提供参考。蜱虫与多种重要的人兽共患病有关。为了解我国黑龙江省大兴安岭林区的蜱虫种类及相关的蜱传病毒,本研究利用分子生物学方法,对大兴安岭地区的4个代表性采样点采集的蜱虫进行了分类鉴定,利用新一代测序技术（Next generation sequencing,NGS）和聚合酶链反应（Polymerase chain reaction,PCR）对所采集的蜱虫开展了宏病毒组学调查。结果显示大兴安岭林区共鉴定出五种婢虫,分别为:全沟硬碑（Ixodes persulcatus）、草原革蜱（Dermacentor nuttalli）、森林革蜱（Dermacentor silvarum）、长角血蜱（Haemaphysalis longicornis）和嗜群血蜱（Haemaphysalis concinna）。高通量测序共得到3568561条高质量的reads,经过滤比对后,共有6577条（2.16%）注释到病毒序列。遗传进化分析表明这些病毒与正内罗毕病毒（Orthonairovirus）、白蛉病毒（Phlebovirus）、鹿蜱单股负链样病毒（deer tick Mononegavirales-like virus）和荆门碑虫病毒（Jingmen tick virus）密切相关,但是这些病毒对人和动物健康是否相关还需进一步的研究。本研究的结果为研究大兴安岭地区的蜱虫和蜱传病毒提供参考,为今后通过媒介控制来防控蜱传病毒提供依据。结论:1、在广西共采集到617只蝙蝠,鉴定出蹄蝠科,菊头蝠科和蝙蝠科中的12种蝙蝠。初步了解广西地区的蝙蝠种类和分布。2、通过蝙蝠肠道组织的宏病毒组学研究,发现广西的蝙蝠携带有星状病毒、冠状病毒、杯状病毒、嗜肝病毒和博卡病毒等脊椎动物病毒,还有大量的昆虫病毒、植物病毒以及噬菌体。初步了解广西蝙蝠携带的病毒谱。3、对广西地区蝙蝠携带的微小RNA病毒的研究显示,其主要携带7种相关病毒,其中小黄蝠携带6种微小RNA病毒,是未来蝙蝠源微小RNA病毒的重点监测对象。对这7种微小RNA病毒的进化分析结果显示,这些病毒多为已知病毒属中的新病毒。另外,在广西的中蹄蝠中首次分离到—株蝙蝠源甲型肝炎病毒。4、在黑龙江大兴安岭地区共采集到1881只蜱虫,鉴定出全沟硬蜱、草原革蜱、森林革蜱、长角血蜱和嗜群血蜱5种硬蜱。初步了解了大兴安岭地区蜱虫种类及分布。5、通过高通量测序共得到6577条注释到病毒的序列,涉及11个脊椎动物病毒科,还有大量未分类的病毒。初步了解大兴安岭蜱虫携带的病毒谱。6、对高通量测序检测出的丰度较高的四种蜱传病毒:正内罗毕病毒（Orthonairovirus）、白铃病毒（Phlebovirus）、鹿碑单股负链样病毒（deer tick Mononegavirales-like virus）和荆门碑虫病毒（Jingmen tick virus）进行了全基因扩增和遗传进化分析,结果显示这四种病毒为新的蜱传病毒。
刘洋[10]（2019）在《轮状病毒和诺如病毒重组抗原的表达、纯化及免疫原性鉴定》文中研究说明轮状病毒是引起婴幼儿腹泻的主要病原体,诺如病毒除能引起婴幼儿腹泻,也能导致成人感染,引发胃肠炎,两种病毒主要感染小肠上皮细胞,从而造成细胞损伤,引起腹泻、呕吐等临床症状,带来大量直接或间接经济损失甚至导致全球大量儿童死亡病例的产生。疫苗接种是防控轮状病毒和诺如病毒感染的主要手段,轮状病毒疫苗已经在临床应用多年,可以明显减轻轮状病毒感染及引起的症状;由于难以实现诺如病毒体外分离培养,目前还没有诺如病毒疫苗上市使用,在研的诺如病毒疫苗主要是基因工程疫苗,因此我们立足于基因工程疫苗,将两种病毒的主要抗原表位嵌合在一起,构建表达载体进行表达、纯化及免疫原性研究,拟为将来有可能的联合疫苗研发做好前期工作。[目的]本论文研究目的是表达G1型（ZTR-68）株和G9（ZTR-18）型轮状病毒的VP7基因的核心抗原表位以及GⅡ.4型诺如病毒VP1基因的核心抗原表位,使其展示在乙肝核心抗原颗粒表面。为建立一种基于乙型肝炎核心抗原为载体的携带轮状病毒和诺如病毒核心抗原的联合亚单位疫苗提供理论基础。[方法]构建以HBV核心抗原表位为载体的G1型和G9型轮状病毒的串联重组抗原的质粒,GⅡ.4型诺如病毒VP1基因的重组抗原的质粒,G1型和G9型及GⅡ.4型诺如病毒VP1基因的重组抗原的质粒,不同氨基酸区段中间以连接肽GGGGS相连,之后经IPTG诱导,在大肠杆菌中表达重组蛋白,并纯化包含上述抗原表位的重组蛋白,进行多种免疫相关实验的鉴定,并免疫小鼠检测其免疫原性。[结果]成功构建了 G1型和G9型轮状病毒的串联重组抗原质粒,GⅡ.4型诺如病毒VP1基因的重组抗原的质粒,G1型轮状病毒和G9型轮状病毒及GⅡ.4型诺如病毒的串联重组抗原的质粒,经转化至E.coli DH5α感受态细菌中,经IPTG诱导高效表达出包含上述抗原表位的重组蛋白,实验表明该蛋白被特异病毒抗体识别,取重组蛋白抗原免疫后的小鼠血清鉴定表明重组蛋白可以激发高水平的特异抗体应答。[结论]G1型和G9型轮状病毒的串联重组抗原质粒,GⅡ.4型诺如病毒VP1基因的重组抗原的质粒,G1型轮状病毒和G9型轮状病毒及GⅡ.4型诺如病毒的串联重组抗原的质粒可诱导高水平的、持续存在的特异抗体应答。
二、美国兔杯状病毒病的爆发流行（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、美国兔杯状病毒病的爆发流行（论文提纲范文）
（1）广州市2018-2019年门诊5岁以下急性腹泻儿童星状病毒流行特征研究（论文提纲范文）
| 中英文对照词汇表 |
| 中文摘要 |
| ABSTRACT |
| 前言 |
| 材料和方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 人星状病毒感染的研究进展 |
| 参考文献 |
| 在读期间发表的文章 |
| 致谢 |
（2）患病江豚微生态变化及迁地背景下江豚保护性研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略语表(Abbreviation) |
| 第一部分 文献综述 |
| 1 长江江豚概况 |
| 1.1 江豚分类 |
| 1.2 江豚的地理分布 |
| 1.3 长江江豚的生活习性及特征 |
| 1.4 长江江豚现状 |
| 1.5 长江江豚保护生物学研究进展 |
| 2 长江江豚迁地保护概述 |
| 2.1 迁地保护 |
| 2.2 江豚迁地保护历史 |
| 2.3 长江江豚迁地保护现状 |
| 2.3.1 湖北石首天鹅洲江豚保护区天鹅洲故道江豚繁育群体 |
| 2.3.2 安徽铜陵淡水豚保护区夹江江豚繁育群体 |
| 2.3.3 安徽安庆西江迁地保护区江豚繁育群体 |
| 2.3.4 湖北何王庙/湖南集成垸迁地保护区江豚繁育群体 |
| 2.3.5 中国科学院水生生物研究所白鱀豚馆人工养殖种群 |
| 2.4 长江江豚迁地保护面临的问题 |
| 2.4.1 半自然水域长江江豚的繁殖生物学研究欠缺 |
| 2.4.2 长江江豚疫病防控体系不健全 |
| 2.4.3 人工调控和生态补偿机制不足 |
| 2.4.4 人为伤害和气候条件是潜在的致危因素 |
| 3 鲸豚类动物疾病研究进展 |
| 3.1 海洋鲸豚类动物细菌性疾病研究进展 |
| 3.2 海洋鲸豚类动物病毒性疾病研究进展 |
| 3.2.1 鲸豚源麻疹病毒 |
| 3.2.2 鲸类痘病毒 |
| 3.2.3 鲸类乳头状瘤病毒 |
| 3.2.4 疱疹病毒/类疱疹病毒 |
| 3.2.5 流感病毒 |
| 3.2.6 其他病毒 |
| 3.3 海洋鲸豚类动物真菌性疾病研究进展 |
| 3.4 海洋鲸豚类动物寄生虫性疾病研究进展 |
| 4 长江江豚疾病研究概况 |
| 4.1 长江江豚疾病研究现状 |
| 4.1.1 解剖学研究 |
| 4.1.2 血液生理学研究 |
| 4.1.3 饲养管理研究 |
| 4.1.4 疾病相关研究 |
| 4.2 有关长江江豚疾病防控的几点讨论 |
| 5 本研究的目的与意义 |
| 第二部分 试验部分 |
| 第一章 长江江豚细菌性疾病流行病学调查 |
| 1 研究背景 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 材料 |
| 2.1.1 试验材料 |
| 2.1.2 主要仪器设备 |
| 2.1.3 试验试剂 |
| 2.2 方法 |
| 2.2.1 样品采集 |
| 2.2.2 长江江豚源细菌的分离鉴定 |
| 2.2.3 长江江豚肠道菌群16SrDNA测定 |
| 3 结果 |
| 3.1 长江江豚细菌性样品采集结果 |
| 3.2 细菌分离鉴定结果 |
| 3.2.1 呼吸孔样本细菌分离鉴定结果 |
| 3.2.2 粪便样本细菌分离鉴定结果 |
| 3.2.3 内脏组织细菌分离鉴定结果 |
| 3.2.4 皮肤病灶细菌分离鉴定结果 |
| 3.2.5 腹腔积液细菌分离鉴定结果 |
| 3.2.6 胸腔积液细菌分离鉴定结果 |
| 3.2.7 血液样本细菌分离鉴定结果 |
| 3.3 细菌分离培养形态及染色镜检结果 |
| 3.4 细菌理化鉴定结果 |
| 3.5 细菌PCR鉴定结果 |
| 3.6 长江江豚肠道菌群16SrDNA测定结果 |
| 3.6.1 测序数据处理 |
| 3.6.2 OTU分析和物种注释 |
| 3.6.3 各样品细菌多样性及相关性分析 |
| 4 分析与讨论 |
| 4.1 长江江豚样品采集方法和处理方法的选择 |
| 4.2 水生哺乳动物细菌性疾病检测方法 |
| 4.3 长江江豚细菌性疾病流行情况 |
| 4.4 江豚呼吸道菌群与疾病的相关性 |
| 4.5 江豚胃肠道菌群与疾病的相关性 |
| 4.6 长江江豚的主要致病菌 |
| 5 总结 |
| 第二章 长江江豚主要致病菌生物学特性研究 |
| 1 研究背景 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 试验材料 |
| 2.1.1 细菌样本 |
| 2.1.2 试验动物 |
| 2.1.3 主要仪器设备 |
| 2.1.4 试验试剂 |
| 2.2 方法 |
| 2.2.1 细菌培养特性观察 |
| 2.2.2 细菌理化特性鉴定 |
| 2.2.3 PCR扩增和测序 |
| 2.2.4 基因序列分析 |
| 2.2.5 药物敏感性试验 |
| 2.2.6 细菌致病性试验 |
| 3 结果 |
| 3.1 嗜水气单胞菌YHA-AQ株生物学特性研究结果 |
| 3.1.1 嗜水气单胞菌YHA-AQ株细菌培养特性 |
| 3.1.2 嗜水气单胞菌YHA-AQ株理化特性鉴定结果 |
| 3.1.3 嗜水气单胞菌YHA-AQ株遗传进化关系 |
| 3.1.4 嗜水气单胞菌YHA-AQ株药物敏感性试验结果 |
| 3.1.5 嗜水气单胞菌YHA-AQ株小鼠致病力试验 |
| 3.2 维氏气单胞菌YVA-AQ株生物学特性研究结果 |
| 3.2.1 维氏气单胞菌YVA-AQ株细菌培养特性 |
| 3.2.2 维氏气单胞菌YVA-AQ株理化特性鉴定结果 |
| 3.2.3 维氏气单胞菌YVA-AQ株遗传进化关系 |
| 3.2.4 维氏气单胞菌YVA-AQ株药物敏感性试验结果 |
| 3.2.5 维氏气单胞菌YVA-AQ株小鼠致病力试验 |
| 3.3 杀鲑气单胞菌YSA-AQ株生物学特性研究结果 |
| 3.3.1 杀鲑气单胞菌YSA-AQ株细菌培养特性 |
| 3.3.2 杀鲑气单胞菌YSA-AQ株理化特性鉴定结果 |
| 3.3.3 杀鲑气单胞菌YSA-AQ株遗传进化关系 |
| 3.3.4 杀鲑气单胞菌YSA-AQ株药物敏感性试验结果 |
| 3.3.5 杀鲑气单胞菌YSA-AQ株小鼠致病力试验 |
| 3.4 魔氏摩根菌YMM-AQ株生物学特性研究结果 |
| 3.4.1 魔氏摩根菌YMM-AQ株细菌培养特性 |
| 3.4.2 魔氏摩根菌YMM-AQ株理化特性鉴定结果 |
| 3.4.3 魔氏摩根菌YMM-AQ株遗传进化关系 |
| 3.4.4 魔氏摩根菌YMM-AQ株药物敏感性试验结果 |
| 3.4.5 魔氏摩根菌YMM-AQ株小鼠致病力试验 |
| 3.5 大肠杆菌YE-AQ株生物学特性研究结果 |
| 3.5.1 大肠杆菌YE-AQ株细菌培养特性 |
| 3.5.2 大肠杆菌YE-AQ株理化特性鉴定结果 |
| 3.5.3 大肠杆菌YE-AQ株遗传进化关系 |
| 3.5.4 大肠杆菌YE-AQ株药物敏感性试验结果 |
| 3.5.5 大肠杆菌YE-AQ株小鼠致病力试验 |
| 3.6 金黄色葡萄球菌YSS-AQ株生物学特性研究结果 |
| 3.6.1 金黄色葡萄球菌YSS-AQ株细菌培养特性 |
| 3.6.2 金黄色葡萄球菌YSS-AQ株理化特性鉴定结果 |
| 3.6.3 金黄色葡萄球菌YSS-AQ株遗传进化关系 |
| 3.6.4 金黄色葡萄球菌YSS-AQ株药物敏感性试验结果 |
| 3.6.5 金黄色葡萄球菌YSS-AQ株小鼠致病力试验 |
| 4 讨论 |
| 4.1 长江江豚常见致病菌的培养特性 |
| 4.2 长江江豚源细菌的鉴定方法 |
| 4.3 长江江豚源细菌的耐药性 |
| 4.4 长江江豚源细菌的致病性 |
| 5 结论 |
| 第三章 长江江豚病毒性疾病研究初探 |
| 1 研究背景 |
| 1.1 病毒性疾病对人和动物的危害 |
| 1.2 长江江豚病毒性疾病研究现状 |
| 1.3 未知病毒检测方法研究进展 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 材料 |
| 2.1.1 病料样本 |
| 2.1.2 试验仪器 |
| 2.1.3 试验试剂耗材 |
| 2.2 方法 |
| 2.2.1 试验流程 |
| 2.2.2 测序数据质控 |
| 3 结果 |
| 3.1 测序数据质控 |
| 3.2 去除宿主污染 |
| 3.3 病毒组成分析 |
| 3.4 数据组装 |
| 3.5 病毒序列鉴定 |
| 3.5.1 基于参考序列的鉴定 |
| 3.5.2 Denovo病毒序列鉴定 |
| 3.5.3 基于参考序列鉴定与Denovo序列鉴定的比较 |
| 3.6 病毒丰度 |
| 3.7 基因预测 |
| 3.8 功能分析 |
| 4 分析与讨论 |
| 4.1 高通量测序技术与未知病毒检测 |
| 4.2 长江江豚病毒宏基因组学样本的处理 |
| 4.3 检测相关病毒分析 |
| 5 总结 |
| 第四章 长江江豚的饲养管理与疾病防治研究 |
| 1 研究背景 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 研究对象 |
| 2.2 研究方法 |
| 2.2.1 长江江豚的饲养管理 |
| 2.2.2 长江江豚血液学研究 |
| 2.2.3 长江江豚健康体检方法的建立 |
| 2.2.4 长江江豚疾病诊断与治疗方法研究 |
| 2.2.5 长江江豚典型病例诊治分析 |
| 3 结果 |
| 3.1 长江江豚的饲养管理 |
| 3.1.1 围网环境下长江江豚的饲养管理 |
| 3.1.2 迁地保护区大面积水域长江江豚的饲养管理 |
| 3.1.3 疗养池长江江豚的饲养管理 |
| 3.2 长江江豚血液学研究 |
| 3.2.1 长江江豚血常规和血液生化指标测定方法的建立 |
| 3.2.2 长江江豚正常生理生化指标参考范围的确定 |
| 3.2.3 长江江豚生理生化指标与其疾病的相关性 |
| 3.2.4 长江江豚健康体检技术规范 |
| 3.2.5 长江江豚疾病诊断与治疗方法研究 |
| 3.2.6 长江江豚典型病例诊治分析 |
| 4 分析与讨论 |
| 5 结论 |
| 全文结论 |
| 参考文献 |
| 附录 博士期间发表论文 |
| 致谢 |
（3）祥云县蝙蝠粪便中携带的病毒调查研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 中英文缩略词 |
| 第一章 前言 |
| 第二章 蝙蝠粪便携带的RNA病毒调查研究 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 蝙蝠直肠粪便采集方法以及标本采集信息 |
| 2.1.2 主要试剂 |
| 2.1.3 试剂配制方法 |
| 2.1.4 实验室质控 |
| 2.1.5 序列分析软件 |
| 2.2 实验步骤、试验方法 |
| 2.2.1 提取总RNA |
| 2.2.2 逆转录 |
| 2.2.3 引物信息 |
| 2.2.4 RNA病毒的PCR实验体系和反应条件 |
| 2.2.5 PCR产物电泳 |
| 2.2.6 PCR电泳阳性片段测序以及序列分析 |
| 2.2.7 参考毒株序列号 |
| 2.3 结果 |
| 2.3.1 祥云清华洞蝙蝠样本采集情况 |
| 2.3.2 祥云清华洞蝙蝠携带的RNA病毒流行情况 |
| 2.3.3 病毒基因片段的测序及分析 |
| 2.4 讨论 |
| 第三章 蝙蝠粪便携带的DNA病毒调查研究 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 蝙蝠直肠粪便采集方法以及标本采集信息 |
| 3.1.2 主要试剂 |
| 3.1.3 试剂配制方法 |
| 3.1.4 实验室质控 |
| 3.1.5 序列分析软件 |
| 3.2 实验步骤、试验方法 |
| 3.2.1 DNA的提取 |
| 3.2.2 引物 |
| 3.2.3 DNA病毒的PCR实验体系和反应条件 |
| 3.2.4 PCR产物电泳 |
| 3.2.5 PCR电泳阳性片段测序以及序列分析 |
| 3.2.6 参考毒株序列号 |
| 3.3 结果 |
| 3.3.1 祥云清华洞蝙蝠样本采集情况 |
| 3.3.2 祥云清华洞蝙蝠携带的DNA病毒流行情况 |
| 3.3.3 病毒基因片段的测序及分析 |
| 3.4 讨论 |
| 第四章 结论 |
| 参考文献 |
| 文献综述 蝙蝠粪便携带冠状病毒、肠道病毒、轮状病毒的研究进展 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间发表的学术论文与研究成果 |
（4）PEDV、PDCoV与SADS-CoV共感染IPEC-J2细胞的转录组学及基于TLR3、INSIG1介导的信号通路抗病毒研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略词表 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 猪流行性腹泻病毒、猪德尔塔冠状病毒和猪急性腹泻综合征冠状病毒研究进展 |
| 1.1.1 猪流行性腹泻病毒(PEDV) |
| 1.1.2 猪德尔塔冠状病毒(PDCoV) |
| 1.1.3 猪急性腹泻综合征冠状病毒(SADS-CoV) |
| 1.2 猪腹泻病毒的诊断与防治 |
| 1.2.1 猪腹泻病毒的诊断 |
| 1.2.2 猪腹泻病毒的防治 |
| 1.3 共感染病原的相互作用与致病机制 |
| 1.3.1 PEDV、PDCoV、SAD-CoV共感染研究现状 |
| 1.3.2 病毒共感染的致病机制 |
| 1.3.3 冠状病毒的抗天然免疫研究进展 |
| 1.4 IPEC-J2细胞系 |
| 1.5 本研究目的及意义 |
| 第二章 江西及周边地区PEDV、PDCoV、SADS-CoV三种主要猪肠道致病性病毒的流行病学调查及基于S1基因遗传进化分析 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 病料与主要仪器和试剂 |
| 2.1.2 引物设计 |
| 2.1.3 病毒核酸的提取 |
| 2.1.4 PEDV、PDCoV、SADS-CoV三种病毒的检测及S1 基因的扩增及测序 |
| 2.1.5 PEDV、PDCoV、SADS-CoV S1 基因的序列测定及分析 |
| 2.1.6 PEDV、PDCoV、SADS-CoV S1 基因序列进化树构建和同源性分析 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 PEDV、PDCoV、SAD-CoV三种腹泻病毒电泳结果 |
| 2.2.2 PEDV、PDCoV、SADS-CoV单一感染和混合感染情况 |
| 2.2.3 PEDV、PDCoV、SADS-CoV S1 基因的扩增、克隆、测序结果 |
| 2.2.4 PEDVS1基因的进化树分析 |
| 2.2.5 PDCoV S1 基因进化树分析 |
| 2.2.6 SADS-CoV S1 基因的进化树分析 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 PEDV、PDCoV、SADS-CoV流行情况及共感染情况 |
| 2.3.2 PEDV、PDCoV、SADS-CoV S1 基因的遗传变异分析 |
| 第三章 PEDV、PDCoV与 SADS-CoV感染IPEC-J2 细胞的生物学特性研究 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 病毒、细胞、载体与样品 |
| 3.1.2 主要试剂 |
| 3.1.3 主要仪器 |
| 3.1.4 试剂和溶液的配制 |
| 3.1.5 引物设计与合成 |
| 3.1.6 SADS-CoV S1 蛋白单克隆抗体的制备 |
| 3.1.7 细胞的复苏与培养 |
| 3.1.8 病毒的增殖与TCID50的测定 |
| 3.1.9 PEDV、PDCoV和 SADS-CoV单一/共感染IPEC-J2 细胞的生长曲线 |
| 3.1.10 PEDV、PDCoV和 SADS-CoV单一/共感染IPEC-J2 细胞的免疫荧光 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 SADS-CoV S1 蛋白单克隆抗体的制备 |
| 3.2.2 PEDV、PDCoV 和 SADS-CoV 单一/共感染 IPEC-J2 细胞的一步生长曲线 |
| 3.2.3 PEDV、PDCoV和 SADS-CoV单一/共感染IPEC-J2 细胞的免疫荧光 |
| 3.3 讨论 |
| 第四章 PEDV、PDCoV和 SADS-CoV共感染IPEC-J2 细胞转录组分析 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 病毒与细胞 |
| 4.1.2 主要试剂 |
| 4.1.3 主要仪器 |
| 4.1.4 引物的设计与合成 |
| 4.1.5 PEDV、PDCoV和 SADS-CoV单一感染和混合感染实验及样品制备 |
| 4.1.6 细胞总RNA的提取、纯度和完整性分析 |
| 4.1.7 文库的构建与测序 |
| 4.1.8 转录组测序数据的处理与分析 |
| 4.1.9 荧光定量RT-PCR验证差异表达基因 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 细胞总RNA纯度和完整性分析 |
| 4.2.2 转录组测序数据的处理与分析 |
| 4.2.3 荧光定量RT-PCR验证差异表达基因 |
| 4.3 讨论 |
| 4.3.1 细胞的免疫应答 |
| 4.3.2 细胞周期相关因子 |
| 4.3.3 胆固醇代谢 |
| 4.4 小结 |
| 第五章 poly(I:C)抑制猪腹泻冠状病毒感染的机制 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 细胞与病毒 |
| 5.1.2 主要试剂 |
| 5.1.3 主要仪器 |
| 5.1.4 引物设计与合成 |
| 5.1.5 shRNA的设计与合成 |
| 5.1.6 干扰重组载体的构建 |
| 5.1.7 过表达重组载体的构建 |
| 5.1.8 poly(I:C)对病毒复制的影响 |
| 5.1.9 TLR3通路抑制剂对病毒复制的影响 |
| 5.1.10 TLR3 的激活和抑制对PEDV、PDCoV、SADS-CoV的影响 |
| 5.1.11 统计学分析 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 pCAGGS-TLR3和pcDNA3.1-U6-TLR重组载体的构建 |
| 5.2.2 pcDNA3.1-U6-TLR3和pCAGGS-TLR3 抑制和过表达效果验证 |
| 5.2.3 Poly(I:C)对PEDV、PDCoV、SADS-CoV的抑制 |
| 5.2.4 Ploy(I:C)处理对TLR3 通路信号分子的表达情况 |
| 5.2.5 不同药物浓度Resveratrol、BX795 对细胞活度的测定 |
| 5.2.6 TLR3 的激活和抑制对PEDV、PDCoV、SADS-CoV的影响 |
| 5.2.7 pcDNA3.1-U6-TLR3和p CAGGS-TLR3 对病毒的影响 |
| 5.3 讨论 |
| 第六章 PEDV、SADS-CoV和 PDCoV结构蛋白与INSIG1 相互作用机制 |
| 6.1 材料与方法 |
| 6.1.1 病毒、细胞与质粒 |
| 6.1.2 主要试剂 |
| 6.1.3 主要仪器 |
| 6.1.4 引物设计与合成 |
| 6.1.5 INSIG1 过表达和sh RNA的设计与合成 |
| 6.1.6 干扰重组载体的构建 |
| 6.1.7 过表达重组载体的构建 |
| 6.1.8 PEDV、PDCoV、SADS-CoV单一感染/共感染对胆固醇代谢的影响 |
| 6.1.9 NSIG1 过表达和sh RNA重组质粒效果鉴定 |
| 6.1.10 INSIG1 过表达和sh RNA重组质粒转染IPEC-J2 细胞对病毒复制的影响 |
| 6.1.11 PEDV、PDCoV、SADS-CoV重组过表达质粒转染IPEC-J2 细胞 |
| 6.1.12 不同葡萄糖浓度对INSIG1的影响 |
| 6.1.13 统计学分析 |
| 6.2 结果与分析 |
| 6.2.1 过表达载体的构建 |
| 6.2.2 INSIG1重组质粒的构建 |
| 6.2.3 PEDV、PDCoV、SADS-CoV单一感染/共感染对胆固醇代谢的影响 |
| 6.2.4 INSIG1 过表达和sh RNA重组质粒效果鉴定 |
| 6.2.5 INSIG1 过表达和sh RNA重组质粒转染IPEC-J2 细胞对病毒复制的影响 |
| 6.2.6 PEDV、PDCoV、SADS-CoV结构和非机构基因对INSIG1 表达的影响 |
| 6.2.7 葡萄糖浓度对病毒影响INSIG1的关系 |
| 6.3 讨论 |
| 全文小结 |
| 参考文献 |
| 附录 Ⅰ 溶液、试剂配制及试剂盒操作步骤 |
| 附录 Ⅱ 附图与附表 |
| 攻读博士学位期间发表论文及获奖情况 |
| 致谢 |
（5）GⅡ.4型人诺如病毒在人肠道类组织中的增殖及转录组研究（论文提纲范文）
| 中英文缩略词 |
| 摘要 |
| Abstract |
| 前言 |
| 1. 人诺如病毒概述 |
| 1.1 HuNoV分子结构及流行病学特征 |
| 1.2 HuNoV的复制突变与重组 |
| 1.3 HuNoV的流行病学特征 |
| 1.4 HuNoV的传播与临床特征 |
| 2. HuNoV的体外培养 |
| 2.1 肠道三维类组织培养 |
| 2.2 人体肠道基本结构 |
| 2.3 肠道类组织培养体系的原理 |
| 2.4 肠道干细胞自我更新的信号通路 |
| 3. 诺如病毒与宿主互作的基础研究 |
| 3.1 诺如病毒感染与宿主抗病毒天然免疫应答 |
| 3.2 诺如病毒蛋白功能研究 |
| 4. 本文关注的科学问题 |
| 第一部分 人小肠类组织体外培养系统的建立 |
| 引言 |
| 材料与方法 |
| 1 实验试剂 |
| 2 实验方法 |
| 实验结果 |
| 一、人肠道组织的获得 |
| 二、肠道类组织的形成 |
| 三、肠道类组织的电镜鉴定 |
| 四、肠道类组织的细胞类型鉴定 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 第二部分 GⅡ.4型HuNoV在人肠道类组织中增殖及转录组研究 |
| 引言 |
| 材料与方法 |
| 1 实验材料 |
| 2 实验方法 |
| 实验结果 |
| 1 胆汁替代物GCDCA对GⅡ.4型HuNoV在人肠道类组织单层细胞中增殖的影响 |
| 2 不同GⅡ.4型HuNoV变异株在人肠道类组织单层细胞中增殖能力比较 |
| 3 GⅡ.4型HuNoV毒株不同时间点感染同一人肠道类组织单层细胞 |
| 4 GⅡ.17型HuNoV在不同供体人肠道类组织单层细胞中的增殖程度 |
| 5 GCDCA对GⅡ.17型HuNoV在人肠道类组织单层细胞中增殖效果比较 |
| 6 GⅡ.3型HuNoV在人肠道类组织单层细胞中的增殖结果 |
| 7 GCDCA对GⅡ.3型HuNoV在人肠道类组织单层细胞中增殖效果比较 |
| 8 GⅡ.3型和GⅡ.17型HuNoV在人肠道类组织单层细胞中加入GCDCA后增殖程度的比较 |
| 9 GⅡ.4型HuNoV在人肠道类组织单层细胞中增殖的荧光检测 |
| 10 RNA质检 |
| 11 测序数据前期处理结果 |
| 12 测序数据过滤 |
| 13 参考基因组比对 |
| 14 基因表达量分析 |
| 15 测序饱和度分析 |
| 16 样品间的相关性分析 |
| 17 样品基因表达谱的总体变化 |
| 18 差异基因的GO分析 |
| 19 差异表达基因的KEGG信号通路分析 |
| 20 病毒感染与细胞免疫和死亡相关的差异基因表达 |
| 21 病毒感染后组织细胞基因表达模式的分析 |
| 22 差异表达基因转录因子TF编码能力预测 |
| 23 Real-time qPCR验证感染后基因转录水平 |
| 24 Real-time qPCR验证IFNs和ISGs基因转录水平 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 全文总结 |
| 本文仍需要进一步解决的科学问题 |
| 综述 应用人类肠道类组织开展病毒研究 |
| 1. 肠道类组织的命名与定义 |
| 2. 肠道类组织/类器官的培养 |
| 3. 肠道类组织/类器官是体外研究肠道的病毒感染的模型 |
| 4. 结论与展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
（6）人偏肺病毒和WU多瘤病毒的分离培养及流行病学、基因组学研究（论文提纲范文）
| 缩略词中英文对照表 |
| 摘要 |
| Abstract |
| 前言 |
| 第一章 HMPV和WUPyV流行病学研究 |
| 引言 |
| 1. 材料 |
| 2. 方法 |
| 3. 结果 |
| 4 讨论 |
| 小结 |
| 第二章 HMPV和WUPyV全基因组基本特征分析 |
| 引言 |
| 1. 材料 |
| 2. 方法 |
| 3. 结果 |
| 4. 讨论 |
| 小结 |
| 第三章 HMPV和WUPyV分离鉴定 |
| 引言 |
| 1. 材料 |
| 2. 方法 |
| 3. 结果 |
| 4. 讨论 |
| 小结 |
| 全文总结 |
| 参考文献 |
| 综述 人偏肺病毒检测方法研究进展 |
| 参考文献 |
| 个人简历 |
| 硕士期间发表文章 |
| 致谢 |
（7）沈阳地区宠物犬猫主要传染病流行特点及犬细小病毒的遗传进化分析（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 宠物猫狗的现状及宠物医院的发展 |
| 1.2 宠物猫狗主要流行病 |
| 1.2.1 犬细小病毒病 |
| 1.2.2 犬瘟热 |
| 1.2.3 犬瘟热病毒的实验室诊断 |
| 1.2.4 犬瘟热病毒分离鉴定 |
| 1.2.5 犬瘟热病毒分子生物学诊断方法 |
| 1.2.6 犬冠状病毒病 |
| 1.2.7 猫瘟 |
| 1.2.8 犬猫皮肤病及其他寄生虫病 |
| 1.3 ARIMA模型 |
| 1.4 犬细小病毒VP2基因和NS1基因 |
| 1.5 本研究的目的及意义 |
| 第二章 沈阳地区宠物猫狗流行病的季节性分析 |
| 2.1 材料和方法 |
| 2.1.1 数据搜集 |
| 2.1.2 病例定义 |
| 2.1.3 数据处理及统计方法 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 统计结果 |
| 2.2.2 四种类型的流行病ARIMA模型 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 宠物猫狗传染病季节性变化影响因素分析 |
| 2.3.2 辽宁地区犬细小病毒流行情况 |
| 2.4 小结 |
| 第三章 犬细小病毒遗传进化分析 |
| 3.1 材料和方法 |
| 3.1.1 临床样本 |
| 3.1.2 主要试剂 |
| 3.1.3 主要仪器 |
| 3.1.4 犬细小病毒DNA的提取 |
| 3.1.5 VP2、NS1基因扩增 |
| 3.1.6 VP2、NS1基因序列拼接 |
| 3.1.7 序列比对及病毒鉴定 |
| 3.1.8 VP2及NS1序列分析及系统发育树构建 |
| 3.1.9 分子进化分析 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 VP2、NS1基因扩增结果 |
| 3.2.2 VP2、NS1基因同源性分析 |
| 3.2.3 VP2、NS1基因系统发育树的构建 |
| 3.2.4 亚型分析和VP2、NS1基因突变位点分析 |
| 3.2.5 分子进化分析 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 我国CPV及各亚型流行情况 |
| 3.3.2 犬细小病毒的分子进化分析 |
| 3.4 小结 |
| 第四章 结论、创新点和展望 |
| 4.1 结论 |
| 4.2 创新点 |
| 4.3 展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读硕士期间发表的学术论文 |
（8）东北地区宠物猫肠道病毒组学分析及腹泻相关病毒的分子检测与进化研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 英文缩略词 |
| 前言 |
| 第一篇 文献综述 |
| 第一章 病毒宏基因组学研究进展 |
| 1.1 发现未知病毒的方法 |
| 1.2 病毒宏基因组学概述 |
| 1.3 病毒宏基因组学的研究策略 |
| 1.4 病毒宏基因组学的应用进展 |
| 1.5 小结 |
| 第二章 宠物猫肠道病毒组及主要病毒的研究进展 |
| 2.1 宠物猫对人类健康的潜在威胁 |
| 2.2 猫肠道病毒组研究进展 |
| 2.3 猫肠道中主要及新发病毒的研究进展 |
| 第三章 本研究的目的及意义 |
| 第四章 全文技术路线 |
| 第二篇 研究内容 |
| 第一章 东北地区宠物猫肠道病毒群落的宏基因组学分析 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 方法 |
| 1.3 结果 |
| 1.4 讨论 |
| 1.5 小结 |
| 第二章 肉食动物原细小病毒的分子流行情况调查与分析 |
| 2.1 材料 |
| 2.2 方法 |
| 2.3 结果 |
| 2.4 讨论 |
| 2.5 小结 |
| 第三章 新发猫博卡病毒的分子检测与鉴定 |
| 3.1 材料 |
| 3.2 方法 |
| 3.3 结果 |
| 3.4 讨论 |
| 3.5 小结 |
| 第四章 新发猫星状病毒的分子检测与鉴定 |
| 4.1 材料 |
| 4.2 方法 |
| 4.3 结果 |
| 4.4 讨论 |
| 4.5 小结 |
| 第五章 新发猫嵴病毒的分子检测与鉴定 |
| 5.1 材料 |
| 5.2 方法 |
| 5.3 结果 |
| 5.4 讨论 |
| 5.5 小结 |
| 第六章 猫源犬博卡病毒与环形病毒的检测与基因组分析 |
| 6.1 材料 |
| 6.2 方法 |
| 6.3 结果 |
| 6.4 讨论 |
| 6.5 小结 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 作者简介 |
| 致谢 |
（9）广西蝙蝠和大兴安岭蜱虫的宏病毒组学研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 蝙蝠与蝙蝠病毒 |
| 1.1 蝙蝠的多样性 |
| 1.2 蝙蝠的免疫 |
| 1.3 蝙蝠作为特殊的病毒存储器 |
| 1.4 蝙蝠携带病毒的多样性 |
| 1.4.1 RNA病毒 |
| 1.4.2 DNA病毒 |
| 1.4.3 逆转录病毒科病毒 |
| 1.4.4 嗜肝病毒科病毒 |
| 1.5 蝙蝠与病毒的相互作用 |
| 1.6 蝙蝠病毒传播的生态学 |
| 1.7 本研究的目的和意义 |
| 第二章 蜱传病毒 |
| 2.1 DNA病毒 |
| 2.1.1 非洲猪瘟病毒 |
| 2.1.2 结节性皮肤病病毒 |
| 2.1.3 鼠疱疹病毒 |
| 2.2 RNA病毒 |
| 2.2.1 布尼亚病毒目 |
| 2.2.2 单股负链目 |
| 2.2.3 正粘病毒科 |
| 2.2.4 黄病毒科 |
| 2.2.5 呼肠孤病毒科 |
| 2.3 本研究的目的和意义 |
| 第三章 广西地区蝙蝠病毒组学研究 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 主要试剂和仪器 |
| 3.1.2 生物学软件 |
| 3.1.3 蝙蝠样品采集 |
| 3.1.4 蝙蝠种类鉴定 |
| 3.1.5 蝙蝠病毒组学样品的制备 |
| 3.1.6 检验和测序 |
| 3.1.7 高通量测序结果分析 |
| 3.1.8 序列分析 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 蝙蝠样品采集结果 |
| 3.2.2 蝙蝠宏基因组学测序结果及reads分析 |
| 3.2.3 组装后的contigs的BLAST分析 |
| 3.2.4 星状病毒相关的contigs分析 |
| 3.2.5 冠状病毒相关的contigs分析 |
| 3.2.6 杯状病毒相关的contigs分析 |
| 3.2.7 嗜肝病毒相关的contigs分析 |
| 3.2.8 细小病毒相关的contigs分析 |
| 3.3 讨论 |
| 3.4 小结 |
| 第四章 微小RNA病毒在广西蝙蝠中的流行及遗传多样性 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 主要试剂和仪器 |
| 4.1.2 生物学软件 |
| 4.1.3 全基因扩增 |
| 4.1.4 病毒检测 |
| 4.1.5 病毒分离培养及电镜观察 |
| 4.1.6 进化分析 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 广西蝙蝠中Picornaviruses的测序结果 |
| 4.2.2 蝙蝠甲型肝炎病毒的分离鉴定与进化分析 |
| 4.2.3 蝙蝠微小RNA病毒的检测及进化分析 |
| 4.2.4 蝙蝠双埃柯病毒的检测及进化分析 |
| 4.2.5 软腐病毒的检测及进化分析 |
| 4.2.6 几种病毒的流行情况 |
| 4.3 讨论 |
| 4.4 小结 |
| 第五章 大兴安岭蜱虫病毒宏基因组学研究 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 主要试剂和仪器 |
| 5.1.2 生物学软件 |
| 5.1.3 蜱虫样品采集及鉴定 |
| 5.1.4 蜱虫病毒组样品制备 |
| 5.1.5 高通量测序 |
| 5.1.6 病毒验证 |
| 5.1.7 进化分析 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 蜱虫的样品的采集与鉴定 |
| 5.2.2 蜱虫病毒组分析 |
| 5.2.3 Orthonairovirus的分析 |
| 5.2.4 Phlebovirus的分析 |
| 5.2.5 Mononegavirales-like virus的分析 |
| 5.2.6 Jingmen tick virus的分析 |
| 5.3 讨论 |
| 5.4 小结 |
| 第六章 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间发表论文情况 |
（10）轮状病毒和诺如病毒重组抗原的表达、纯化及免疫原性鉴定（论文提纲范文）
| 缩略词表 |
| 中文摘要 |
| ABSTRACT |
| 前言 |
| 第一部分 诺如病毒重组抗原的表达、纯化及免疫原性鉴定 |
| 1 实验材料 |
| 2 实验方法 |
| 3 实验结果与分析 |
| 4 讨论 |
| 5 小结 |
| 第二部分 轮状病毒重组抗原的表达、纯化及免疫原性鉴定 |
| 1 实验材料 |
| 2 实验方法 |
| 3 实验结果与分析 |
| 4 讨论 |
| 5 小结 |
| 第三部分 轮状病毒和诺如病毒重组抗原的表达、纯化及免疫原性鉴定 |
| 1 实验材料 |
| 2 实验方法 |
| 3 实验结果与分析 |
| 4 讨论 |
| 5 小结 |
| 全文总结 |
| 参考文献 |
| 综述 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间获得的学术成果 |
| 致谢 |
四、美国兔杯状病毒病的爆发流行（论文参考文献）
- [1]广州市2018-2019年门诊5岁以下急性腹泻儿童星状病毒流行特征研究[D]. 陈冠桦. 广州医科大学, 2021(02)
- [2]患病江豚微生态变化及迁地背景下江豚保护性研究[D]. 刘志刚. 华中农业大学, 2020
- [3]祥云县蝙蝠粪便中携带的病毒调查研究[D]. 潘虹. 大理大学, 2020(05)
- [4]PEDV、PDCoV与SADS-CoV共感染IPEC-J2细胞的转录组学及基于TLR3、INSIG1介导的信号通路抗病毒研究[D]. 张帆帆. 江西农业大学, 2020
- [5]GⅡ.4型人诺如病毒在人肠道类组织中的增殖及转录组研究[D]. 林琳. 中国疾病预防控制中心, 2019(02)
- [6]人偏肺病毒和WU多瘤病毒的分离培养及流行病学、基因组学研究[D]. 王超. 中国疾病预防控制中心, 2019
- [7]沈阳地区宠物犬猫主要传染病流行特点及犬细小病毒的遗传进化分析[D]. 赵雨馨. 沈阳农业大学, 2019(03)
- [8]东北地区宠物猫肠道病毒组学分析及腹泻相关病毒的分子检测与进化研究[D]. 伊淑帅. 吉林农业大学, 2019(03)
- [9]广西蝙蝠和大兴安岭蜱虫的宏病毒组学研究[D]. 孟菲. 广西大学, 2019(12)
- [10]轮状病毒和诺如病毒重组抗原的表达、纯化及免疫原性鉴定[D]. 刘洋. 昆明医科大学, 2019(06)