一、分子标记及其在林木遗传多样性研究中的应用（论文文献综述）
路东晔[1]（2020）在《臭柏叶绿体基因组、群体遗传多样性及谱系地理学研究》文中进行了进一步梳理臭柏（Juniperus sabina）为柏科（Cupressaceae）刺柏属（Juniperus）灌木,具有萌蘖力强,耐修剪和沙埋等特点,是防风固沙、水土保持和碳汇的优良树种。臭柏在欧洲南部、中亚以及中国等干旱半干旱区范围内呈间断分布格局,开展天然臭柏的遗传多样性和谱系地理学研究有助于追溯现有分布格局的历史成因,揭示臭柏的系统进化,阐明地质史变迁和气候变迁对臭柏分化的影响,提出科学有效的保护策略。本研究首先分析了臭柏叶绿体基因组结构特征,重建臭柏在柏科刺柏属内的系统发育地位;其次基于SSR标记引物对臭柏11个天然群体的遗传多样性、遗传结构、遗传分化以及瓶颈效应进行分析;然后基于4个cpDNA片段（matK+petB-petD+trnL-trnF+trnS-trnG）、1个核糖体ITS片段和1个单拷贝核基因片段（ABI3）序列揭示各单倍型谱系之间的关系,估算各谱系分化时间,推测臭柏的冰期避难所,阐明臭柏间断分布地理格局的成因和动态进化历史,并探讨臭柏的进化历程与地质历史及气候变化事件的关系;最后基于最大熵模型MaxEnt预测臭柏不同时期的地理分布格局。根据群体间遗传分化程度、不同历史时期的地理分布格局、主要环境限制变量为臭柏提出保护策略。主要研究结果如下:（1）臭柏叶绿体基因组由大单拷贝区（91264bp）、小单拷贝区（35952 bp）和2个反向重复区（261 bp）构成。基因组全长127739 bp,包含119个基因,即82个蛋白编码基因、4个rRNA基因和33个tRNA基因;臭柏与其它刺柏属植物相比较,其基因组大小、基因组成及GC含量相近。系统发育分析表明臭柏与刺柏属内J.bermudiana亲缘关系相对较近,整个刺柏属植物分支为单系类群。（2）臭柏群体具有较高的遗传多样性,具有中部群体>东部群体>西部群体的趋势;群体遗传分化处于中等水平,11个臭柏群体可分为2组,其中NMYQ、NMNL、NMTK和SXHS群体独立为一支。群体的遗传变异主要来自于群体内个体间,群体间遗传变异较小。（3）11个天然群体共定义18个叶绿体单倍型、38个ITS单倍型和25个单拷贝核基因单倍型。ABI3序列表明臭柏群体存在谱系地理结构,且遗传距离和地理距离呈正相关。（4）cpDNA、ITS和ABI3三种分子水平的BEAST祖先分化时间均推测臭柏至少起源于第三纪中新世（Miocene）中期,cpDNA片段和ITS片段的中性检验表明臭柏群体没有经历明显扩张过程,而核基因ABI3片段中性检验和失配分析均不能拒绝群体扩张假说,在19.37 ka BP（末次盛冰期后）可能出现一定程度扩张。总的来说,臭柏可能在第三纪呈带状连续分布于北半球,受到青藏高原隆起、第四纪冰期以及人为活动的影响,栖息地破碎化以后生长范围缩减至以山地为中心等特殊环境的避难所,盛冰期后个别群体在避难所附近发生小范围扩张。直至现代多数臭柏群体由于气候干旱化加剧,多数分布于山下沟谷、时令性河道以及降水量较多的沙地。（5）自末次盛冰期以来,臭柏适生区面积呈现先减少后增加再减少的趋势,现代潜在分布面积达到最大。年平均降雨量（Bio12）、最湿月份降水量（Bio13）、海拔（Elev）和年均温变化范围（Bio7）为限制臭柏分布的主要环境变量,与温度相比水分对臭柏的分布格局影响更大。（6）根据不同时期的地理分布格局及群体单倍型分布特点,推断阿尔泰山、伊犁河谷、祁连山、贺兰山、阴山和浑善达克沙地存在独立避难所。毛乌素沙地分布的现有臭柏群体可能是由黄土高原原始植被残留演化而来。（7）为了合理有效的保育天然臭柏种质资源,根据臭柏群体间遗传分化程度、不同历史时期的地理分布格局、主要环境限制变量,将臭柏群体划分为2个进化单元,3个亚区,应分别采取相应的种质资源保护策略。
吴昊[2]（2020）在《榧树遗传图谱构建及苗期生长性状相关QTL定位研究》文中研究表明“全基因”模型认为,包括林木在内的生物复杂表型受到少数直接与表型变异相联的“核心”基因控制,而大量的“边缘基因”通过受调节的基因网络发挥作用。这个模型基本类似于QTL的“全基因”模型。研究QTL的作用以遗传图谱构建为前提。榧树是浙江重要的经济树种香榧培育砧木的产种树,不仅生命周期长,且童期也长,其生长影响香榧的生长。本文以71个天然居群榧树及其自由授粉子代建立的半同胞家系为研究群体,构建了基于AFLP标记的榧树遗传图谱,并定位了苗期生长相关的QTL。研究结果可为榧树复杂性状调控基因的定位和功能解析及后续榧树系统作图打下一定的基础,深化榧树及木本植物的基础理论研究。主要研究结果如下:1.建立了基于荧光检测的毛细管电泳榧树AFLP分析体系,并用筛选出的6对引物从研究群体中获得了2816个遗传位点,其中多态位点2383个,多态位点比率为84.62%。2.基于AFLP标记分析结果,利用Linkage Map View v 2.1.2构建了两张榧树遗传图谱。榧树遗传图谱A由157个AFLP标记划分的10个连锁群（LOD=6）组成,该图谱覆盖榧树基因组1307.6 c M,各个连锁群上的标记数为3-66,平均图距8.33 c M。另一张榧树遗传图谱B则由10个连锁群（LOD=6）120个位点组成,覆盖度为784.3c M,各连锁群的位点数为3-29,平均图距为6.54 c M。3.就榧树苗期生长性状相关数量性状位点（QTL）定位,在遗传图谱A中定位了1个与1年生苗高相关的QTL,2个与2年生地径相关的QTL。在遗传图谱B中定位了2个与1年生苗高相关的QTL,8个与2年生地径相关的QTL。影响苗高生长的QTL在第2年作用有所减弱,而影响地径生长的QTL在第1年作用弱,随着苗木生长其作用逐渐显现。发现作图标记数量的增减,不仅影响图谱的构建,且影响QTL的发现。4.榧树幼苗生长头2年仅地径在半同胞间存在显着差异。半同胞子代的遗传变异主要来自家系内（70%）。亲子代群体遗传差异极显着。
董明亮[3]（2020）在《华北落叶松高密度遗传连锁图谱构建及重要性状QTL分析》文中研究指明华北落叶松（Larix principis-rupprechtii Mayr）是我国华北地区重要的造林树种,兼具经济和生态价值。华北落叶松的育种目标是培育出生长快、材性好、抗性强的新品种。但由于其生长周期较长、遗传背景复杂、多数经济性状为数量性状,依靠传统育种方法进行新品种选育,通常效率很低。利用DNA分子标记进行遗传连锁图谱构建和QTL定位,并在此基础上开展分子标记辅助选择,可以缩短育种周期,提高育种效率。然而,由于华北落叶松缺乏基因组数据和高质量分子标记,到目前为止,尚未有关于该树种的遗传图谱构建和QTL定位的报道。本研究利用华北落叶松转录组测序数据开发多态性EST-SSR标记,并通过开展群体遗传多样性分析来验证这些标记的实用性;利用部分新开发标记对华北落叶松F1作图群体进行杂种鉴定后,采用SLAF-seq技术进行大规模SNP标记开发并构建首张华北落叶松高密度遗传图谱;利用连续两年的表型测定数据,对8个生长和针叶性状进行QTL分析。以上研究对增加华北落叶松高质量分子标记数量,解析重要数量性状遗传结构,促进分子水平上的遗传改良具有重要的理论和实践意义。主要研究结果如下:（1）基于转录组测序开发了一批落叶松属内通用的多态性EST-SSR标记。利用1300条Unigene序列成功设计SSR引物1065对,从中随机抽取的240对引物经筛选后获得多态性引物52对,再选取扩增最理想的20对多态性引物对66个华北落叶松无性系进行基因分型,共检测到77个等位位点,每个标记位点的等位基因数为2～7。此外,所有的20对引物在落叶松属其他3个物种中均能扩增出清晰而稳定的条带,有效扩增率高达100%。（2）利用新开发的EST-SSR标记分析了华北落叶松种子园66个无性系的遗传多样性。20个位点的平均等位基因数为3.85,平均多态信息含量为0.424,显示了该种子园具有中等水平的遗传多样性。66个无性系之间的遗传距离为0.012～0.585,平均值为0.317,相对较宽的遗传距离变化范围表明了66个无性系具有多样化的遗传背景。聚类分析和主坐标分析可以将66个无性系划分为3个类群,但由于这些无性系的信息资料不完整和记录混乱,无法确定分群结果是否与无性系的地理来源相关。（3）通过华北落叶松2个优良无性系的杂交试验构建了由145个子代单株组成的F1作图群体,杂种真实性鉴定后利用SLAF-seq技术在全基因组范围内大规模挖掘了SNP标记。SLAF-seq共产生1501.22 M双末端reads,大约300.20 Gb的原始数据。序列比对和聚类后,共获得6,323,943个SLAF位点。以每个SLAF位点上拷贝数最高的序列为参考序列进行SNP标记挖掘,在检测到324,352个SNP标记中,有122,785个呈现多态性,多态性比率为37.86%。最终获得6931个在亲本中平均测序深度大于10-fold、在F1群体中完整度高于75%、且符合孟德尔分离比率的有效SNP标记。（4）构建了首张华北落叶松高密度遗传连锁图谱。该图谱上的6099个SNP标记分属于12个连锁群,连锁群数目与落叶松及松科的其他大多数树种的单倍体染色体数目相同。图谱总长度为2415.58 c M,覆盖了华北落叶松基因组总长度的99.6%,标记间平均遗传距离为0.40 c M。最终上图的SNP标记在亲本和子代中的平均测序深度分别为65.84-和17.73-fold,在F1群体中的平均完整度高于99%。（5）根据遗传图谱信息,利用复合区间作图法对连续两年测定的8个生长和针叶性状进行了QTL定位。当LOD阈值为2.5时,共检测到36个QTLs,其中控制针叶面积的QTL有7个,控制苗高、地径和针叶宽的QTL各有5个,控制针叶长和针叶厚的QTL各有4个,控制针叶长宽比和气孔线数的QTL各有3个。这些QTLs分布在除LG7和LG10之外的10个连锁群上,每个QTL可以解释表型变异的4.2%～18.2%。两个测试年份共检测到6个QTL聚集区域,其中位于LG8连锁群上136.365～161.717 c M区域和LG9连锁群上43.453～65.422 c M区域包含较多数目控制不同性状的QTLs,且每个QTL对表型变异的贡献率均较高,将是后续研究重点关注区域。本研究基于转录组测序和SLAF-seq技术,在全基因组水平上大批量开发了高质量SSR和SNP分子标记,构建了华北落叶松第一张高密度遗传连锁图谱,并首次开展了华北落叶松生长和针叶性状的QTL分析,获得了一些控制重要表型性状的QTLs,为加速华北落叶松的遗传改良提供有力的分子工具和信息支持。
洪文娟[4]（2020）在《石榴种质资源SSR分子标记遗传多样性分析及指纹图谱构建》文中研究表明石榴（Punica granatum L.）为千屈菜科（Lythraceae）石榴属（Punica）落叶灌木或小乔木,具有很高的观赏、药用和保健价值,产生了巨大的经济、生态和社会效益。石榴分布范围广,栽培时间长,在长期的自然选择和人为活动下产生了丰富多样的品种和类型,但由于石榴遗传背景复杂、亲缘关系模糊,难以通过形态特征进行准确的品种鉴定,限制了石榴的品种选育和产业发展。因此,加强石榴遗传多样性分析、指纹图谱构建等研究,对于保障石榴品种鉴定、选育、保存和产业健康发展具有重要意义。本研究借助已发表的石榴全基因组序列信息,分析了石榴基因组SSRs序列特征,并开发合成了大量引物,在此基础上对枣庄市石榴国家林木种质资源库中收集的石榴种质进行了遗传多样性分析和指纹图谱构建,并依据指纹图谱信息对部分自由授粉子代进行了父本鉴定。主要研究结果如下:（1）筛选了适合石榴种质资源遗传分析的SSR引物库。基于石榴基因组序列开发SSR引物719对,并利用8份样品对其多态性及有效性进行了分析,从中挑选出了22对峰型好、多态性较高且稳定性较好的SSR引物。（2）明确了所收集石榴种质资源的遗传多样性信息。多态性分析结果显示,179份石榴种质样品经22对引物扩增后共检测到76个等位标记位点,其中多态性位点58个,多态性百分率为76.3%。平均Na为3.455,平均Ne为2.271,平均Ho为0.369,平均He为0.540,Shannon信息指数平均值为0.898,多态性信息含量（PIC）值介于0.3260.690之间,平均值为0.462。（3）阐释了石榴种质资源的种群遗传结构特征。通过遗传距离分析可知,179份种质之间的遗传距离在0.0130.831之间,平均值为0.404,说明石榴样品遗传多样性较为丰富。聚类分析显示,179份种质划分为3类且可以被22对引物完全区分开。种群结构分析表明,179份种质划分为4个种群。AMOVA分析表明,变异主要发生于种群内部。（4）构建了石榴种质资源指纹图谱。基于毛细管电泳谱带特征,以22对SSR引物,利用毛细管电泳数据为179份石榴种质构建了特异的指纹代码,建立了相关数据的二维码数据库,为未来种质保存及进一步开发利用提供了依据。（5）利用指纹图谱信息从2个自由授粉半同胞子代中鉴定出7株杂种植株。根据等位标记配置对比,从148份石榴实生子代中初步鉴定出1份‘秋艳’的自然杂种和6份‘会理青皮软籽’的自然杂种,自然杂交率分别为3.3%和5.1%。进而根据指纹图谱信息为其中4份鉴定出最似父本。本研究利用开发出的SSR分子标记对部分国内外石榴种质进行遗传多样性分析和指纹图谱构建,为进一步开展种质评价、育种群体构建和新品种选育奠定了基础。
倪召欣[5]（2020）在《侧柏半同胞家系种质资源评价与筛选》文中研究说明侧柏起源于中国,是我国重要的荒山造林绿化树种,具有极为丰富的种质资源。本研究对侧柏优树种子质量进行测定,建立侧柏种子园对侧柏种源进行生长指标测定,生理生化指标测定,并利用SSR分子标记进行侧柏半同胞家系遗传多样性分析,对不同侧柏半同胞家系进行亲缘关系聚类分析,为侧柏半同胞家系保存、评价和利用提供理论基础。主要研究结果如下:（1）侧柏种子质量评价15个侧柏优树种子品质差异均达到显着水平,其中优树种子千粒重排名最高的为T-10#,重量为22.91g,最低的为66#,重量为13.63g,各优树种子平均重量为19.058g,最大值与最小值相差9.28g;优树种子发芽率排名最高的为162#,发芽率为64.98%,最低的为49#,发芽率为2.91%,各优树种子平均发芽率为25.552%,最大值与最小值相差39.428%;优树种子发芽势排名最高的为162#,发芽势为24.27%,最低的为170#,107#,49#,发芽势均为0%,各优树种子平均发芽势为10.19%,最大值与最小值相差24.27%。（2）侧柏半同胞家系苗期生长评价15个侧柏半同胞家系生长指标,差异均达到显着水平,其中苗高排名最高的为162#,苗高为45.86cm,最低的为66#,苗为25.7cm,各侧柏半同胞家系平均苗高为36.71cm,最大值与最小值相差20.16cm;地径排名最高的为167#,地径为0.57cm,最低的为66#,地径为0.356cm,各侧柏半同胞家系平均地径为0.44cm,最大值与最小值相差0.214cm;枝叶数排名最高的为162#,分枝叶数为158.20片,最低的为34#,分枝叶数为91.6片,各侧柏半同胞家系平均分枝叶数为128.95片,最大值与最小值相差66.6片。苗高速生期集中在6月中旬到8月中旬;地径速生期集中在7月上旬到8月中旬;分枝叶数加速展叶早于苗高和地径,在5月上旬到5月中旬就已加速展叶。随后生长逐渐放缓。侧柏半同胞家系生长指标与优树种子千粒重、发芽率、发芽势呈现正相关。（3）侧柏半同胞家系生理生化评价侧柏半同胞家系NR活性、可溶性糖含量、叶绿素含量、POD活性均呈现显着差异水平。NR活性排名最高的为167#,含量为16.41μg·g-1h-1,最低的为93#,含量为11.83μg·g-1h-1,各侧柏半同胞家系平均NR活性为14.20μg·g-1h-1,最大值与最小值相差4.58μg·g-1h-1;可溶性糖含量排名最高的为198#,含量为956.25μg·g-1,最低的为66#,含量为409.38μg·g-1,各侧柏半同胞家系平均可溶性糖含量为631.81μg·g-1,最大值与最小值相差631.81μg·g-1;叶绿素含量排名最高的为162#,含量为7.08mg·g-1,最低的为34#,含量为1.94mg·g-1,各侧柏半同胞家系平均叶绿素含量为4.216 mg·g-1,最大值与最小值相差5.14 mg·g-1;POD活性排名最高的为167#,含量为56.8μg·g-1.min-1,最低的为T-10#,含量为5.34μg·g-1.min-1,各侧柏半同胞家系平均POD含量为30.02μg·g-1.min-1,最大值与最小值相差51.46μg·g-1.min-1。（4）侧柏优树种子特性、侧柏半同胞家系生长及生理生化相关性分析各地侧柏优树种子指标测定与苗木生长指标呈现正相关性。在生理生化指标与生长指标相关系测定中,NR活性与地径呈现显着正相关;可溶性糖含量与苗高、地径呈现显着性正相关;叶绿素含量与苗高、地径、分枝叶数呈现显着正相关;POD活性与地径呈现极显着正相关。（5）基于SSR分子标记的侧柏半同胞家系遗传多样性分析18对引物扩增的平均在135277条之间,平均扩增出的片段大小为233.5556,各种源多态条带差异较大。不同侧柏种源的遗传多样性差异显着,观测到的等位基因（Na）变幅为317;有效的等位基因数（Ne）变幅为1.00762.7083;Nei’s基因多样度（H）变幅为0.00750.6308;Shannon信息指数（I）变幅为0.02491.3125。15个侧柏半同胞家系平均Na=6.1111、Ne=1.514,H=0.2761、I=0.5646。侧柏半同胞家系种级水平观测的等位基因数为Na=3.8331,有效等位基因数Ne=0.5173,Nei’s基因多样度H=0.2038,Shannon信息指数I=0.3868,四个参数在种级水平上显着低于种源水平。遗传分化程度Fst=0.1297,说明群体间分化程度呈中等。Fis统计量平均值为-0.057,表示群体杂合过量。遗传分化系数计算得到种级水平的基因流Nm=1.6775,说明侧柏15个种源区间存在适度的基因交流。（6）侧柏半同胞家系选择通过对1年生侧柏优树种子千粒重、发芽率、发芽势,以及侧柏半同胞家系的苗高、地径、分枝叶数、NR活性、叶绿素含量、POD活性共计10个指标进行综合性评价,共选择出优良速生侧柏半同胞家系6个,分别为162#（枣庄市峄城区吴山村）,167#（滕州市柴胡店镇）,140#（枣庄市山亭区石佛寺）,198#（枣庄市山亭区北峪）,49#（枣庄市山亭区大苗山）。
龚桂芳[6]（2020）在《马尾松产脂性状EST-SSR引物开发及关联分析》文中提出马尾松（Pinus massoniana Lamb.）属于松科（Pinaceae）松属（Pinus L.）双维管束松亚属（Subgen.Pinus）常绿乔木。马尾松是我国分布最广泛的针叶树种之一,也是我国重要的荒山造林树种和我国南方林业产业的当家树种。马尾松脂材兼用是我国最主要的产脂树种,马尾松松脂占全国产脂量的70%以上。由于市场对松脂的需求量较大,但目前可推广的高产脂马尾松品系较少,不能满足市场对松脂的需求量,因此对马尾松产脂性状的遗传改良非常重要。传统的改良方式主要是通过选择优良单株和杂交实现的,但这种改良方式所需的周期较长。而通过基因组关联分析等方法开发出与马尾松产脂性状显着相关的分子标记,进行分子标记辅助选择,可以缩短育种周期,提高育种效率,加快高产脂良种选育的进程。本研究通过对马尾松无性系的3种组织进行转录组测序,分析转录组序列中SSR的重复单元类型、频率及分布特点,根据产脂差异序列筛选并设计合成EST-SSR引物,并对所开发的259对引物进行验证,将筛选出具有多态性的EST-SSR引物对马尾松无性系进行分型检测,结合产脂量表型数据进行关联分析,旨在寻找与马尾松产脂性状显着相关的分子标记,为马尾松分子标记辅助选择提供依据,缩短马尾松产脂性状改良周期,加快良种选育进程。本研究的主要结果如下:1.基于转录组测序开发马尾松EST-SSR引物。通过对马尾松高产脂无性系和普通产脂无性系的针叶、顶芽和韧皮部共6个组织进行转录组测序,对转录组测序结果中获得的124 345条Unigene序列进行分析,发现14 461个SSR位点分布在12 077条Unigene中,则SSR的发生频率为9.71%。SSR序列长度为1024 bp的重复序列最多。SSR重复基元类型最多的是单核苷酸重复序列,其次是二、三核苷酸重复序列,单核苷酸重复序列占SSR序列总数的58.18%,二核苷酸和三核苷酸重复序列的百分比分别为20.32%和19.7%,其优势重复基元分别为A/T、AT/AT和AGC/CTG。对高产脂和普通产脂马尾松的表达差异序列进行分析,共获得含SSR序列的表达差异基因3873条,其中在针叶、顶芽和韧皮部共有的差异基因281条。根据差异基因进行筛选共设计合成引物259对。2.候选基因EST-SSR引物的多态性检测。通过对设计合成的259对EST-SSR引物的有效性和多态性进行PCR检测,结果共有147对引物能扩增出清晰的条带,则引物的扩增有效率为56.76%,有65对引物有多态性,多态率为25.10%。说明基于马尾松产脂性状差异序列设计是EST-SSR引物是有效可行的。3.对马尾松产脂性状进行候选基因关联分析时,先使用admixture软件对马尾松群体进行结构分析,根据聚类结果进行交叉验证得到最优分群数,结果得到K=1,则该群体没有明显的分群,最佳分群数为1,说明该群体结构较简单。使用EMMAX、GAPIT、TASSEL-GLM、TASSEL-MLM共3种软件的4种分析模型分别对马尾松的产脂力（CZL）、日平均产脂量（QRC）和期望日平均产脂脂量（RC）进行关联分析,结果共检测到8个显着相关（P<0.05）的标记,表型变异解释率在0.01%1.61%之间。EMMAX和GAPIT模型进行关联分析获得与马尾松产脂力、日平均产脂量、期望日产脂量显着相关的标记分别为1个、4个、3个和2个、3个、2个。在GLM模型进行关联分析得到与马尾松产脂力显着相关的标记6个、与日平均产脂量显着相关的标记7个、与期望日产脂量显着相关的标记7个;利用MLM模型进行关联分析得到与马尾松产脂力显着相关的标记3个、与日平均产脂量显着相关的标记3个、与期望日产脂量显着相关的标记4个;其中在这两种模型均检测到的与产脂力显着相关标记有3个,与日均产量显着相关的标记3个、与期望日产脂量显着相关的标记4个。
项伟波[7]（2020）在《日本落叶松生长和木材化学组分的QTL定位及遗传基础解析》文中认为日本落叶松[Larix kaempferi（Lamb.）Carr.]是松科落叶松属落叶乔木,具有适应性强,早期速生、成林快,材质坚硬、抗腐蚀等特点,是我国重要的造林和用材树种,具有巨大的生长潜力和经济价值。其生长和材性性状形成的遗传基础尚不清晰,限制了遗传改良的进程。因此,本研究以自由授粉群体为研究对象,利用简化基因组测序（GBS）技术开发日本落叶松SNP标记,联合EST-SSR标记进行连锁-连锁不平衡作图,构建日本落叶松高密度遗传连锁图谱;通过连锁-连锁不平衡分析、遗传和表观遗传效应联合分析、功能作图等方法进行生长与材性性状的QTL定位,解析相关性状形成的遗传结构和关键基因。本研究不仅有助于揭示日本落叶松生长和材性性状形成的遗传调控机制,而且为日本落叶松分子标记辅助选择育种、新品种选育和种质资源创制提供理论基础。主要研究结果和结论如下:1、日本落叶松基因组单核苷酸突变具有数量多、分布广以及在基因内存在高影响突变等特点。共鉴定出60799116个变异位点,分布在全基因组的24343条Scaffold上,平均每299 bp存在一个变异位点。主要为二等位位点（90.03%）,Ts/Tv均值为1.5,且G C突变成AT的比例显着高于其它类型突变。变异位点主要发生在基因间区（83.40%）、内含子（11.80%）和编码区上下游区域（4.12%）。91.6%的基因具有突变位点,平均每个基因包含10个SNP,其中5999个基因（13%）含有高影响变异位点,平均每个基因存在2.82个高影响变异位点,涉及终止密码子、启动子和剪切变异,以终止密码子获得突变为主。2、构建了日本落叶松高密度遗传连锁图谱。该图谱由12条连锁群组成,包含6022个SNP标记和75个SSR标记。其总图距为13840.46 c M,平均图距为2.36 c M,图谱覆盖率为99.78%。LD衰减分析发现在0.50～29.99 c M区域内,LD迅速衰减至0.3,但部分连锁群之间的标记仍保留较高的LD系数,推测日本落叶松具有较为悠久的群体进化历史,部分基因组区域近期受到进化因素的影响。3、日本落叶松生长和木材化学组分主要受微效多基因控制,且具有一因多效现象。连锁-连锁不平衡QTL定位共检测到87对标记与性状的显着关联对,包括与生长相关的10对（最高贡献率7.67%）和与木材化学组分相关的77对（最高贡献率9.54%）。所有性状关联位点都具有显着加性效应（效应值-2.51～1.75）,且81对（93%）具有显着显性效应,其作用强度为-2.38～4.84。87对关联对中共包含64个QTL位点,连锁-连锁不平衡作图表明这些位点均处于连锁平衡状态,具有稳定的育种潜力。4、日本落叶松生长和木材化学组分均受到表观遗传作用的影响,能够部分解释遗传力缺失现象。利用联合模型定位方法,共检测到113个QTL位点,其中4个（4%）位点兼具传统遗传效应和表观遗传效应,可解释表型变异的5.48%～12.56%。109个（96%）关联位点只具有传统遗传效应,可解释表型变异的0.004%～5.61%。相比只有传统遗传效应的位点,具备表观遗传效应的关联位点可解释表型变异更高。因此,表观遗传效应是导致遗传力缺失的重要因素。5、日本落叶松生长性状具有生长轨迹异质性,受到永久QTL（Permanent QTLs）、后期QTL（Late QTLs）和逆向QTL（Inverse QTLs）等三种类型动态QTL的遗传控制。功能作图共检测到31个控制生长性状动态过程的显着（P<0.05）QTL位点,其中12个位点与树高相关,18个位点与胸径相关,1个位点同时控制树高和胸径生长轨迹。异时性参数分析发现,当QTL与时间不存在互作时,速生期的持续时间是决定不同基因型个体是否具有生长优势的关键;而当QTL与时间存在互作时,最大生长速率的发生时间是决定个体是否具有生长优势的关键,并对生长轨迹模式造成显着影响。6、QTL位点功能分析共鉴定出68个关键候选基因,包括影响生长性状的14个基因和影响木材化学组分的54个基因。基因功能注释结合表达定量分析结果表明,影响生长的基因主要有IAA羧基甲基转移酶、腺苷甲基转移酶、微管EB1C蛋白、HVA22抗逆蛋白、叶绿素a/b结合蛋白、葡萄糖醛酸转移酶、葡聚糖内切1,3-β-葡糖苷酶等,通过参与甲基化修饰、激素代谢、抗逆、同化作用和细胞壁形成等生物学过程发挥功能;影响木材化学组分的基因主要包括木质纤维素合成相关的羟基肉桂酸转移酶（HCT）、类纤维素合酶（CSLA）、聚半乳糖醛酸酶、MYB转录因子,以及在木材形成中可能参与RNA转录调控的THO/TREX复合体家族、锌指结构蛋白、真核生物转录起始因子、b HLH、b ZIP转录因子和蛋白质磷酸化相关的F-box/kelch重复蛋白。综上所述,本研究初步揭示了日本落叶松生长和材性性状形成的复杂遗传结构,基于连锁-连锁不平衡和功能作图分析,检测到生长和木材化学组分相关QTL候选位点具有表观遗传效应,获得的关键候选基因将为数量性状形成的分子机制研究提供重要基础,促进日本落叶松分子育种进程,为工业用材林的培育奠定良好的理论支持。
贾翠蓉[8]（2020）在《GBS文库限制性内切酶优化及其在巨桉气候适应性分析中的应用》文中提出全球气候变化加剧是全人类共同面临的重大挑战,而物种对气候变化的响应与适应直接影响陆地生态系统结构和功能的稳定性。生物长期以来随着生境条件不断变化而产生的适应性,对种质资源的长期保存以及育种策略的制定具有重大意义。全球变暖已经对全世界的生态系统和生物多样性产生了深远的影响,在全球气候变化加剧以及自然种群适应性机理仍尚未清晰的背景下,开展群体适应性研究已成为群体遗传学和进化生物学研究的重要内容。桉树种质资源丰富、遗传多样性较高以及较强的适应性,是开展适应性研究的理想树种。随着二代测序技术的快速发展,GBS技术以经济、简便、不依赖参考基因组等优点越来越多地应用于适应性研究,但不同物种的SNP开发效率与所选的限制酶紧密相关。本研究首先利用已有的ddGBS方案开展不同桉树的文库构建及SNP标记开发,并基于这些位点进行系统进化树构建,验证ddGBS技术在桉树中的适用性及其可靠性;然后利用巨桉（E.grandis）优化原有GBS建库限制性内切酶,并进一步应用于其他林木的GBS文库构建中;最终基于优化后的ddGBS对巨桉天然群体进行适应性分析,为深入理解桉树适应性机制提供分子依据。主要得到结论如下:（1）ddGBS技术高效发掘高质量SNP位点,可广泛用于桉树SNP开发,为桉树进化研究提供理论支持。通过对14个桉树树种进行ddGBS建库测序分析,开发高质量SNP位点,开展位点注释及核苷酸多样性分析,并且通过IQ-TREE软件采用最大似然法（ML）构建系统进化树。测序共获得30.49 Gb的数据,每个样品的平均数据量为1.09 Gb;共获得42 222个高质量SNP位点,其中14个桉树树种的特有SNP位点数为428～2 107不等,功能注释分析发现12 237个SNPs位于外显子区域。系统进化树结果显示,14个桉树树种聚类结果与Hill和Johnson的桉属双蒴盖亚属及伞房属的分类结果一致,可靠性较高。（2）本研究新酶组合ddGBS方案优化成功。在Poland等GBS方案（Msp Ⅰ-Pst Ⅰ组合酶）的基础上,筛选并优化出新的酶切组合（Msp Ⅰ-Mse Ⅰ）方案,通过对6个巨桉样品的对比试验,发现新酶组合方案在电子酶切的片段数、凝胶电泳酶切效率、SNP标记开发数以及标记在巨桉基因组上的分布密度均优于之前的方案,新酶方案在桉树中酶切效率和标记开发效率显着提高。表明了本研究ddGBS方法的优化成功,新的酶切组合将在林木群体遗传多样性、系统发育和分子标记辅助育种研究中具有广阔的应用前景。将优化后的方案应用于其他9个经济树种/药用树种:土沉香（Aquilaria sinensis）、木麻黄（Casuarina equisetifolia）、柚木（Tectona grandis）、青岗（Quercus dentata）、坡垒（Hopea hainanensis）、黑木相思（Acacia melanoxylon）、猴耳环（Archidendron clypearia）、米老排（Mytilaria laosensis）和交趾黄檀（Dalbergia cochinchinensis）构建ddGBS文库,并进行标记开发和多态性分析。结果显示:9个树种的测序数据覆盖倍数范围为0.39～9.29不等,开发标记数目为9 583～131 701,除青岗和黑木相思覆盖倍数不足0.5倍外,其它7个树种都接近1倍或以上覆盖度,猴耳环开发SNP标记数最多为62 114个（测序数据覆盖倍数约0.91倍）,表明新方案在9个树种中的适应性较好,能高效发掘高质量SNP。此外,多态性分析表明巨桉在新方案表现出更高的核苷酸多态性,对9个树种也开展了SNP多态性分析。（3）基于优化后的ddGBS体系成功应用于巨桉群体SNP开发、分型及适应性分析,挖掘了多个与降水及温度关联的适应性候选功能基因。利用优化后新方案（Msp Ⅰ-Mse Ⅰ酶组合）对16个巨桉天然群体（137株样品）开发SNP位点,并开展遗传多样性、环境适应性和选择清除分析。共发掘出高质量SNP标记87282个,样品平均数据量约为2.1 Gb。巨桉群体整体上具有较高的遗传多样性（He均值为0.191、群体平均π值为0.206以及PPL%平均为70.576%）,但遗传分化水平较低(FST平均值为0.054),且北方种源（5个）分化系数稍高于南方群体（0.064>0.046）。群体进化树分析结果显示,巨桉划分为两个群体。气候因子的Ward聚类结果也聚为南北两类,表明气候因子亦驱动了群体的分化。利用11个低相关气候环境因子的适应性分析显示:利用OA检测到390个FST异常值位点。GEA分析采取MLM、GLM和Farm CPU三个模型进行环境因子关联分析,发现GLM模型效果最优,取GEA与OA结果的交集53个位点作为适应性显着关联位点,其中有16个位点与至少2个环境因子显着关联。位于23个基因区域的53个位点经功能注释分析发现其中21个有明确功能信息,其中分别有9、7和6条基因与气温因子、降水因子和海拔显着关联。如同时与海拔和气温因子关联的位点,位于基因Eucgr.D02167（bio2/alt）和Eucgr.K03195（bio2/bio6/alt）上,注释功能分别为硝酸盐转运蛋白（NRT1.5）和蛋白激酶超家族蛋白,而植物蛋白激酶介导对高盐、干旱、低温、高温以及高渗透胁迫的应答,广泛参与植物的逆境响应过程,表明巨桉可能有适应未来气候急剧变化的潜力。本研究优化了ddGBS体系并应用于巨桉适应性研究,挖掘了巨桉群体环境适应性候选功能基因,初步解析群体适应性的遗传基础。研究结果为预测森林树种应对未来的气候变化提供依据,也为后期林木遗传改良提供坚实遗传基础。
靳藏馥[9]（2020）在《杜仲遗传连锁图谱重构及重要性状QTLs定位》文中提出杜仲（Eucommia ulmoides）是重要的药用和胶用经济树种,具有极高的开发利用价值,其良种培育工作对杜仲产业的发展具有重要影响。传统育种方式所需周期时间长,效率很低;且木本植物生长期长,生物个体大,遗传背景复杂,制约着杜仲遗传改良的研究进程。分子育种学通过分子标记筛选或基因工程等可直接获得增益较大的个体或优良品种和无性系,极大地提高了选择效率和育种精度。本研究以杜仲‘秦仲1号’和‘小叶’杂交F1代群体（152株个体）为材料,利用二代转录组测序技术开发SSR引物,对本实验室原有遗传连锁图谱进行重构,得到杜仲高密度遗传连锁图谱;统计分析F1代群体连续十年生长、物候、次生代谢物含量等重要性状的表型多样性和变异规律,通过多树龄多性状QTLs定位和候选基因搜索,锁定生长发育过程中持续稳定表达的QTLs/基因;构建杜仲分子标记辅助选择体系,并结合表型数据对F1代作图群体152个单株进行优树选择和鉴定,确定早期选择适宜树龄,为在分子水平开展杜仲遗传改良奠定基础,对加快杜仲定向改良和育种进程具有重要指导意义。主要研究结果如下:1. 利用杜仲‘秦仲3号’转录组数据开发了一批SSR标记引物,并且预测了萜类（杜仲胶）生物合成相关候选基因。共开发出1,870对有效SSR引物和351对适用于F1作图群体（‘小叶’ב秦仲1号’）的稳定性高、多态性良好的SSR引物;通过转录组基因功能注释,鉴定出65个萜类生物合成途径候选基因;通过幼叶幼果比较转录组分析,筛选出29个与萜类生物合成相关的差异表达基因。2. 构建了一张高密度杜仲遗传连锁图谱。结合转录组筛选351对和文献查阅14对SSR引物,共应用365对SSR引物对152株F1代个体和2个亲本进行PCR扩增,获得456个多态性标记。其中偏分离标记为22个,占总标记数目的4.80%。利用上述SSR标记在Joinmap 4.0中对原有遗传连锁图谱进行重构,获得高密度杜仲遗传连锁图谱。该图谱共包含869个标记,分布在19个连锁群上,总图距为1,913.29 c M;每个连锁群的标记数目为15～151不等;每个连锁群的图距为59.13 c M～172.21 c M不等;标记间的平均图距为2.20 c M。预估的杜仲基因组长度为2,015.05c M,图谱的覆盖率为94.95%。3. 对杜仲F1杂交子代群体（152株个体）连续五年6a（2015）～10a（2019）的表型性状进行统计分析。所有性状在作图群体中分离明显,表现为连续分布且基本符合正态分布。同一性状不同树龄间相关性分析表明,11个性状（树高、胸径、地径、叶脉数、叶柄长、绿原酸含量、芦丁含量、杜仲胶含量、叶长、叶宽和叶面积）在连续五年间表现出（极）显着的相关性,其余11个性状（冠幅、叶长宽比、单叶重、枝长、枝径、分枝数、分枝角、叶片数、产叶量、萌芽期、展叶期）在超过3个树龄间没有表现出相关性。不同性状之间均表现一定程度的正相关,但分枝角与枝长、枝径、分枝数、叶片数、产叶量之间表现出显着的负相关,叶片中杜仲胶含量与绿原酸含量、芦丁含量之间表现出显着负相关。4. 观察并分析杜仲F1杂交子代群体（152株个体）连续十年1a（2010）～10a（2019）的表型性状的生长规律。各个性状生长量大体表现为随时间（树龄）缓慢增长。杜仲苗期（2a）叶片展开面积较大、颜色较深且叶片肥厚,有助于提高杜仲幼苗的光合作用,为苗期生长储存更多的有机物和能量。杜仲树龄较低时1a（2010）～5a（2014）处于一个相对有利于次生代谢物（绿原酸、芦丁、杜仲胶）积累的生理阶段,而随着植株树龄增加,体内调控生长的代谢途径和产物愈加丰富,对次生代谢物的合成和积累产生影响。萌芽期和展叶期易受外界环境因素（温度）的影响,不同树龄间变异较大。枝长、枝径、叶片数和产叶量在8a（2017）时生长量大幅提升,且8a时杜仲开始挂果,证明植株进入成熟阶段。5. 杜仲重要性状QTLs定位。杜仲F1代群体连续十年22个性状共鉴定出432个Q TLs。检测到QTLs的LO D值范围为3.01～37.52,其中超过全基因组LOD临界值的有155个,占总数的35.9%。Kruskal-Wallis分析表明与性状显着相关的QTLs有204个,占总数的47.2%。每个QTL的表型贡献率为9.0%～85.8%。除分枝数和叶面积外,其余性状在不同树龄间鉴定到的QTLs均包含重叠区间,但没有连续十年检测到相同位置的QTLs。不同性状鉴定的QTLs同样存在重叠区间。多树龄多性状鉴定的重复QTLs推测为影响杜仲生长发育的关键因子。6. QTL区间候选基因预测。参考转录组测序结果,得到43条位于QTLs区间内的序列,其中19条位于QTL区间LOD值峰值处,推测参与目标性状生长调控的潜力较大。通过BLASTX比对和基因注释,共有28条序列（候选基因）得到27条注释信息,其余15条序列功能尚不清楚。候选基因功能注释分为五类:细胞结构组分（3）、细胞内功能（8）、植物组织形成（4）、信号转导和防御反应（8）和代谢相关（4）。有2条序列注释为萜类生物合成相关基因。7. 分子标记辅助选择育种。筛选出4个检测效率高的分子标记（EQ457-200a、em1me6-170、UBC886-2200和em4me7-550）,可用于杜仲分子标记辅助选择。结合分子标记辅助选择和表型数据,最终决选出高胶型、高药型、高经济型、高生长型和综合型优良单株分别有12、7、9、9和5株。综合分析得出杜仲早期性状选择的适宜树龄为5a。
贺快快[10]（2020）在《北京油松人工林遗传结构及其与山西自然种群比较研究》文中研究说明树木种内不同地理种群林分的适应性与正常生长具有一定的生态限制,不当的跨生态区调拨种子可导致林分稳定性与生产力降低。外来种质对引入地自然生境与栽培措施的适应性进化对其可持续利用价值有重要影响。20世纪50-80年代北京地区开展了大规模人工造林,油松（Pinus tabuliformis Carr.）是主要的造林树种之一,其种源主要来自油松中心分布区的山西省。这些油松人工林不同林分间在生长与适应性上表现出明显差异,不同种群之间的差异与种源或生境是否有关,人工林种群遗传结构如何,其与北京皇家园林的古油松种群和山西种源地种群之间存在怎样的差异和相似性,引种地是否会改变种群的遗传结构等,揭示与阐明这些问题,对认识外来种源的进化与驯化效应和北京地区油松人工林的培育与经营管理有积极意义。本研究以北京上世纪营造的8个油松人工林种群和3个皇家园林古油松种群为样本材料,利用7对多态性高且扩增稳定的核基因组EST-SSR引物标记和群体遗传软件解析了各种群的遗传结构特点与差异,并基于课题组关于山西五大山系地理种群遗传结构的研究做对比分析,研究结果显示:（1）8个北京油松人工林种群在遗传结构上均表现出偏离遗传平衡的特点,5个种群表现为杂合子过剩,3个种群杂合子不足,显示种群受适合度选择效应影响;油松人工林各种群的期望杂合度普遍大于北京古油松各种群,表现出更高的遗传多样性;油松人工林种群遗传变异主要来自于种群内,且比山西五山系种群和北京古油松种群有更高的种群间遗传变异;（2）各等位标记频率在不同类别油松种群中呈现出一定的差异,一些等位标记在北京油松人工林和古油松种群中的频率很高,而在山西五山系油松种群中频率较低,一些在北京人工林中频率较高,在古油松群体中频率则较低;（3）16个油松种群被分为3大类,其中古油松GS1,GS2和GS3位于第一大类（I类）的同一亚类,其他北京人工林（除JLS）同聚类在第一大类（Ⅰ类）,山西的五山系种群均处于第二大类（Ⅱ类）,显示了不同来源油松种群内相似性与类别间的差异性;（4）通过油松核基因组7对EST-SSR标记虽未能准确推断出与文献记载相一致的北京油松人工林种源,但可以确定不同种群之间的相对亲缘关系;引种地对种群的选择效应与人工林培育过程的驯化效应可导致种群遗传结构发生改变,利用基因编码区的EST-SSR标记做种群溯源存在具有一定的局限性。研究结果为北京地区油松人工林的评价、培育和种质种源管理提供相应信息,对其他树种的人工林溯源亦有一定参考价值。
二、分子标记及其在林木遗传多样性研究中的应用（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、分子标记及其在林木遗传多样性研究中的应用（论文提纲范文）
（1）臭柏叶绿体基因组、群体遗传多样性及谱系地理学研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 1 引言 |
| 1.1 遗传多样性及评价方法概述 |
| 1.1.1 遗传多样性概念 |
| 1.1.2 遗传多样性的研究方法 |
| 1.2 谱系地理与植物系统进化 |
| 1.2.1 谱系地理学概述 |
| 1.2.2 青藏高原隆起及第四纪冰期对中国西北干旱区的影响 |
| 1.2.3 植物系统进化与谱系地理学中常用的分子标记 |
| 1.2.4 谱系地理学研究中的生态位模型 |
| 1.3 柏科刺柏属物种及臭柏国内外研究进展 |
| 1.3.1 柏科刺柏属简介及研究现状 |
| 1.3.2 臭柏简介及研究现状 |
| 1.4 研究目的、意义和内容 |
| 1.4.1 研究目的与意义 |
| 1.4.2 研究内容 |
| 1.5 技术路线 |
| 2 臭柏叶绿体基因组结构与系统进化 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 实验材料 |
| 2.1.2 实验方法 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 臭柏叶绿体基因组结构及特征 |
| 2.2.2 臭柏叶绿体基因组密码子偏好性 |
| 2.2.3 臭柏叶绿体基因组重复序列 |
| 2.2.4 刺柏属植物种间叶绿体基因组比较 |
| 2.2.5 系统进化分析 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 臭柏叶绿体基因组变异 |
| 2.3.2 遗传标记的开发 |
| 2.3.3 臭柏系统进化关系 |
| 2.4 小结 |
| 3 基于SSR标记的臭柏群体遗传多样性和遗传结构 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 实验材料 |
| 3.1.2 实验方法 |
| 3.1.3 数据分析 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 引物开发、筛选及种间通用性检测 |
| 3.2.2 无效等位基因检测、哈迪-温伯格平衡及中性检验 |
| 3.2.3 臭柏群体的遗传多样性 |
| 3.2.4 臭柏群体的遗传分化 |
| 3.2.5 臭柏主坐标分析和聚类分析 |
| 3.2.6 臭柏群体的遗传结构 |
| 3.2.7 群体BOTTLENECK瓶颈效应分析 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 臭柏群体遗传多样性 |
| 3.3.2 臭柏群体遗传结构和遗传分化 |
| 3.3.3 SSR引物开发及在近缘种间的通用性 |
| 3.4 小结 |
| 4 臭柏谱系地理学研究-基于cpDNA、ITS和SCNG的分子生物学证据 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 实验材料 |
| 4.1.2 实验方法 |
| 4.1.3 数据分析 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 臭柏cpDNA单倍型的序列特征及多态性 |
| 4.2.2 臭柏ITS单倍型的序列特征及多态性 |
| 4.2.3 臭柏ABI3单倍型的序列特征及多态性 |
| 4.2.4 臭柏群体遗传结构与遗传分化 |
| 4.2.5 系统发育树的构建 |
| 4.2.6 单倍型各分支分化时间估算 |
| 4.2.7 臭柏群体的动态历史事件 |
| 4.3 讨论 |
| 4.3.1 群体遗传多样性及不同遗传标记水平结果对比 |
| 4.3.2 遗传结构和谱系分化 |
| 4.3.3 冰期避难所及扩张历史推断 |
| 4.4 小结 |
| 5 臭柏不同时期地理分布格局 |
| 5.1 臭柏资源数据收集 |
| 5.2 实验方法 |
| 5.2.1 生物气候变量获取 |
| 5.2.2 分布点数据处理及环境变量筛选 |
| 5.2.3 MaxEnt模型运行及臭柏适生区划分 |
| 5.3 结果与分析 |
| 5.3.1 臭柏现代潜在分布区预测 |
| 5.3.2 过去和未来潜在分布区 |
| 5.4 讨论 |
| 5.4.1 环境因子对现代地理分布的制约 |
| 5.4.2 不同时期臭柏潜在适宜分布区变化 |
| 5.5 小结 |
| 6 基于遗传多样性特征和谱系地理特征的臭柏保护策略 |
| 6.1 天然臭柏群体现状 |
| 6.2 臭柏群体遗传特征 |
| 6.3 保护策略的提出 |
| 6.3.1 建立保护单元 |
| 6.3.2 原地保护 |
| 6.3.3 迁地保护 |
| 6.3.4 加强保护区管理 |
| 6.3.5 加大宣传力度 |
| 6.4 小结 |
| 7 结论与创新点 |
| 7.1 结论 |
| 7.2 创新点 |
| 8 展望 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 作者简介 |
（2）榧树遗传图谱构建及苗期生长性状相关QTL定位研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 1 文献综述 |
| 1.1 榧树研究 |
| 1.1.1 榧树简介 |
| 1.1.2 榧树的生殖生物学 |
| 1.1.3 榧树基于分子标记的研究 |
| 1.2 复杂性状及其调控机理的研究 |
| 1.2.1 数量性状 |
| 1.2.2 林木遗传图谱的构建 |
| 1.2.2.1 遗传图谱 |
| 1.2.2.2 分子标记 |
| 1.2.3 QTL定位 |
| 1.2.3.1 QTL分析原理 |
| 1.2.3.2 QTL统计分析方法 |
| 2 研究意义、内容与技术路线 |
| 2.1 研究意义 |
| 2.2 研究内容 |
| 2.3 技术路线 |
| 3 材料与方法 |
| 3.1 试验材料 |
| 3.1.1 作图群体 |
| 3.1.2 试验试剂 |
| 3.1.3 试验设备与仪器 |
| 3.2 方法 |
| 3.2.1 榧树基因组DNA的提取及检测 |
| 3.2.2 AFLP分析 |
| 3.2.2.1 基因组DNA的酶切与人工接头连接 |
| 3.2.2.2 PCR预扩增与选择性扩增体系 |
| 3.2.3 AFLP标记数据处理 |
| 3.2.4 榧树多样性分析 |
| 3.2.5 遗传图谱构建 |
| 3.2.5.1 基因频率和重组率的计算 |
| 3.2.5.2 连锁群划分及标记排序 |
| 3.2.6 QTL的检测与定位 |
| 4 结果与分析 |
| 4.1 作图群体 |
| 4.2 AFLP分析 |
| 4.2.1 DNA提取及检测 |
| 4.2.2 AFLP体系的优化 |
| 4.2.2.1 DNA酶切与连接 |
| 4.2.2.2 PCR预扩增 |
| 4.2.2.3 选择性扩增 |
| 4.2.2.4 扩增产物荧光毛细管电泳检测 |
| 4.2.2.5 引物筛选 |
| 4.2.3 样品分析 |
| 4.2.4 榧树标记间的比较 |
| 4.2.4.1 AFLP不同检测方法间的比较 |
| 4.2.4.2 不同分子标记间的比较 |
| 4.3 榧树多样性分析 |
| 4.3.1 母本居群遗传多样性分析 |
| 4.3.2 半同胞子代群体多样性分析 |
| 4.3.2.1 半同胞子代生长量方差分析 |
| 4.3.2.2 半同胞子代遗传多样性分析 |
| 4.3.3 亲子代群体遗传多样性分析 |
| 4.4 榧树遗传连锁图谱的构建 |
| 4.5 榧树苗期生长性状相关的QTL分析 |
| 4.5.1 生长性状数据的正态分布检验 |
| 4.5.2 QTL的检测与定位 |
| 5 讨论 |
| 6 结论 |
| 参考文献 |
| 个人简介 |
| 致谢 |
（3）华北落叶松高密度遗传连锁图谱构建及重要性状QTL分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 引言 |
| 1 文献综述 |
| 1.1 落叶松育种研究进展 |
| 1.1.1 落叶松传统育种的研究进展 |
| 1.1.2 基因克隆与转基因技术在落叶松育种中的研究进展 |
| 1.2 分子标记技术及其在落叶松中的应用 |
| 1.2.1 DNA分子标记 |
| 1.2.2 分子标记在落叶松中的应用 |
| 1.3 林木遗传连锁图谱构建途径 |
| 1.3.1 作图群体的建立 |
| 1.3.2 分子标记选择 |
| 1.3.3 分离标记的连锁分析 |
| 1.3.4 林木遗传图谱构建研究进展 |
| 1.4 林木数量性状基因定位 |
| 1.4.1 QTL定位的原理和方法 |
| 1.4.2 林木QTL定位研究进展 |
| 1.5 本研究的目的和意义 |
| 1.6 本研究的主要内容 |
| 2 华北落叶松EST-SSR标记开发及其多态性评价 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 试验材料 |
| 2.1.2 Illumina测序和转录组组装 |
| 2.1.3 SSR挖掘和引物设计 |
| 2.1.4 DNA制备和检测 |
| 2.1.5 PCR扩增及SSR标记检测 |
| 2.1.6 数据分析 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 华北落叶松转录组测序数据的组装 |
| 2.2.2 EST-SSR位点识别及分布特征 |
| 2.2.3 EST-SSR标记的开发、验证及通用性分析 |
| 2.2.4 华北落叶松无性系间的遗传关系 |
| 2.3 小结 |
| 3 华北落叶松高密度遗传连锁图谱构建 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 华北落叶松F1作图群体的构建 |
| 3.1.2 作图群体DNA提取和检测 |
| 3.1.3 SLAF文库构建和高通量测序 |
| 3.1.4 SLAF测序数据分析和SNP位点识别 |
| 3.1.5 遗传连锁图谱构建 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 华北落叶松基因组DNA提取 |
| 3.2.2 SLAF测序数据分析 |
| 3.2.3 SNP标记挖掘 |
| 3.2.4 遗传连锁图谱构建 |
| 3.2.5 遗传图谱质量评价 |
| 3.3 小结 |
| 4 华北落叶松苗期生长和针叶性状的QTL定位 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 试验材料 |
| 4.1.2 表型性状的测定 |
| 4.1.3 遗传图谱构建 |
| 4.1.4 QTL分析 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 作图群体数量性状的变异分析 |
| 4.2.2 表型性状间的相关性分析 |
| 4.2.3 生长和针叶性状的QTL定位 |
| 4.2.4 QTL在连锁群上的成簇聚集 |
| 4.3 小结 |
| 5 讨论 |
| 5.1 华北落叶松转录组测序和SSR位点特征 |
| 5.2 EST-SSR标记的开发及其通用性 |
| 5.3 种子园无性系的遗传多样性 |
| 5.4 SLAF-seq与分子标记开发 |
| 5.5 遗传连锁图谱构建及其应用 |
| 5.6 基因分型技术比较 |
| 5.7 华北落叶松F1作图群体表型性状的遗传变异 |
| 5.8 表型性状的QTL分析 |
| 6 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 个人简介 |
| 导师简介 |
| 获得成果目录清单 |
| 致谢 |
（4）石榴种质资源SSR分子标记遗传多样性分析及指纹图谱构建（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 1 前言 |
| 1.1 植物遗传多样性的研究进展 |
| 1.1.1 植物遗传多样性的研究意义 |
| 1.1.2 植物遗传多样性的检测方法 |
| 1.1.3 植物DNA分子标记遗传多样性的研究进展 |
| 1.2 石榴遗传多样性的研究进展 |
| 1.2.1 形态学水平 |
| 1.2.2 细胞学水平 |
| 1.2.3 生化水平 |
| 1.2.4 分子水平 |
| 1.3 石榴SSR标记的开发及石榴指纹图谱的研究进展 |
| 1.3.1 石榴SSR标记的开发 |
| 1.3.2 石榴指纹图谱的研究进展 |
| 1.4 研究问题的提出与主要研究内容 |
| 2 基于石榴基因组序列的SSR位点筛选及引物开发 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 试验材料 |
| 2.1.2 研究方法 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 石榴基因组SSR位点的查找及其组成分析 |
| 2.2.2 石榴基因组微卫星长度分布及变异 |
| 2.2.3 石榴基因组SSR引物的筛选结果 |
| 2.3 小结 |
| 3 石榴种质资源遗传多样性分析 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 试验材料 |
| 3.1.2 SSR引物 |
| 3.1.3 DNA提取与检测 |
| 3.1.4 PCR扩增与毛细管电泳检测 |
| 3.1.5 遗传多样性分析 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 SSR多态性分析 |
| 3.2.2 遗传距离和聚类分析 |
| 3.2.3 种群结构分析 |
| 3.3 小结 |
| 4 石榴种质资源指纹图谱构建及自由授粉子代父本鉴定 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 试验材料 |
| 4.1.2 试验方法 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 指纹图谱构建 |
| 4.2.2 石榴自然杂种筛选 |
| 4.2.3 石榴自然杂种父本鉴定 |
| 4.3 小结 |
| 5 讨论与展望 |
| 5.1 讨论 |
| 5.1.1 基于石榴基因组序列的SSR位点筛选及引物开发 |
| 5.1.2 石榴种质资源遗传多样性分析 |
| 5.1.3 石榴种质资源指纹图谱构建及自由授粉子代父本鉴定 |
| 5.2 展望 |
| 6 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 个人简介 |
| 第一导师简介 |
| 第二导师简介 |
| 致谢 |
（5）侧柏半同胞家系种质资源评价与筛选（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 1 前言 |
| 1.1 侧柏简介 |
| 1.2 生长测定在林木种质资源评价中的应用 |
| 1.2.1 林木生长指标测定 |
| 1.2.2 侧柏种质资源评价生长测定研究进展 |
| 1.3 生理生化测定与林木种质资源评价 |
| 1.3.1 林木生理生化研究进展 |
| 1.3.2 侧柏种质资源生理生化评价研究进展 |
| 1.4 基于分子标记的林木遗传多样性评价研究进展 |
| 1.4.1 主要分子标记类型及其特点 |
| 1.4.2 SSR分子标记技术在侧柏上的应用 |
| 1.5 本研究的内容及意义 |
| 1.6 技术路线 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 试验地概况 |
| 2.2 主要仪器 |
| 2.3 试验材料 |
| 2.3.1 优树种子测定 |
| 2.3.2 生长指标测定 |
| 2.3.3 生理生化指标测定 |
| 2.3.4 SSR分子标记测定 |
| 2.4 数据分析 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 侧柏优树种子质量测定 |
| 3.1.1 侧柏优树种子千粒重 |
| 3.1.2 侧柏优树种子发芽率及发芽势 |
| 3.1.3 侧柏优树种子质量F检验 |
| 3.1.4 侧柏优树种子质量Duncan检验 |
| 3.1.5 侧柏优树种子发芽率及发芽势进程测定 |
| 3.2 侧柏半同胞家系生长评价 |
| 3.2.1 侧柏半同胞家系苗期生长Logistic模型的建立 |
| 3.2.2 侧柏半同胞家系生长指标F检验 |
| 3.2.3 侧柏半同胞家系苗期生长Duncan检验 |
| 3.3 侧柏半同胞家系生理生化评价 |
| 3.3.1 侧柏半同胞家系生理生化指标F检验 |
| 3.3.2 侧柏半同胞家系生理生化Duncan检验 |
| 3.4 侧柏各项指标相关性分析 |
| 3.5 侧柏半同胞优良家系选择 |
| 3.5.1 侧柏半同胞优良家系聚类分析 |
| 3.5.2 侧柏半同胞优良家系选择 |
| 3.6 侧柏半同胞家系SSR扩增结果分析 |
| 3.6.1 亲本群体的SSR遗传多样性及遗传结构分析 |
| 3.6.2 遗传分化和基因流分析 |
| 3.6.3 基于Nei遗传距离的聚类分析 |
| 3.6.4 群体遗传结构分析 |
| 4 讨论 |
| 4.1 侧柏优树种子质量与苗期生长相关性 |
| 4.2 侧柏半同胞家系苗期生长评价 |
| 4.3 侧柏半同胞家系生理生化评价 |
| 4.4 侧柏半同胞家系SSR遗传多样性分析 |
| 5 结论 |
| 5.1 侧柏优树种子评价 |
| 5.2 侧柏半同胞家系生长评价 |
| 5.3 侧柏半同胞家系生理生化评价 |
| 5.4 侧柏半同胞家系SSR分析 |
| 5.5 侧柏半同胞家优良家系选择 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
（6）马尾松产脂性状EST-SSR引物开发及关联分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第1章 绪论 |
| 1.1 研究背景 |
| 1.1.1 马尾松简介 |
| 1.1.2 松脂及针叶树种的产脂机理研究 |
| 1.1.3 马尾松高产脂遗传改良进展 |
| 1.2 分子标记在林木研究中的应用进展 |
| 1.2.1 林木分子标记研究进展 |
| 1.2.2 SSR分子标记研究进展 |
| 1.2.3 SSR标记在松树研究进展 |
| 1.3 关联分析研究进展 |
| 1.3.1 基因组关联分析的概念、优点及影响 |
| 1.3.2 候选基因关联分析 |
| 1.3.3 关联分析在农作物的研究 |
| 1.3.4 关联分析在林木上的应用 |
| 1.4 研究内容及技术路线 |
| 1.4.1 研究内容 |
| 1.4.2 研究技术路线 |
| 1.5 研究目的及意义 |
| 1.6 项目来源与经费支持 |
| 第2章 材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 采集地概况及马尾松转录组测序的材料 |
| 2.1.2 马尾松引物验证及关联群体的材料 |
| 2.2 主要仪器、试剂及配制方法 |
| 2.2.1 实验主要仪器 |
| 2.2.2 实验试剂及配制方法 |
| 2.3 实验方法 |
| 2.3.1 提取DNA的方法 |
| 2.3.2 马尾松SSR引物设计 |
| 2.3.3 PCR扩增及检测 |
| 2.3.4 聚丙烯酰胺凝胶电泳的方法 |
| 2.3.5 马尾松产脂性状调查 |
| 2.4 数据处理 |
| 2.4.1 SSR标记的设计及开发 |
| 2.4.2 关联分析的数据分析 |
| 2.4.3 关联位点的表型效应计算 |
| 第3章 结果与讨论 |
| 3.1 马尾松候选基因挖掘及SSR引物设计 |
| 3.1.1 马尾松转录组中SSR重复单元类型、频率及分布特点 |
| 3.1.2 马尾松转录组表达序列测序含SSR差异序列分析 |
| 3.1.3 SSR引物有效性分析及多态性检测 |
| 3.2 马尾松产脂性状关联分析 |
| 3.2.1 群体结构分析 |
| 3.2.2 马尾松产脂性状的测定 |
| 3.2.3 关联分析 |
| 3.2.4 关联位点的表型效应计算 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 基于候选基因策略的马尾松SSR标记开发 |
| 3.3.2 基因关联分析 |
| 第4章 结论与展望 |
| 4.1 结论 |
| 4.2 展望 |
| 参考文献 |
| 攻读硕士阶段发表论文 |
| 致谢 |
（7）日本落叶松生长和木材化学组分的QTL定位及遗传基础解析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 1 绪论 |
| 1.1 引言 |
| 1.1.1 研究背景 |
| 1.2 国内外研究现状及评述 |
| 1.2.1 SNP分子标记及GBS技术在SNP鉴定中的应用 |
| 1.2.2 遗传图谱在林木QTL定位研究中的应用 |
| 1.2.3 林木QTL定位分析研究进展 |
| 1.2.4 连锁-连锁不平衡分析及其在林木中的研究进展 |
| 1.2.5 林木数量性状非DNA序列遗传效应解析研究进展 |
| 1.2.6 功能作图及其在林木中的研究进展 |
| 1.2.7 落叶松遗传图谱及QTL定位研究进展 |
| 1.3 研究目标和主要研究内容 |
| 1.3.1 研究目标 |
| 1.3.2 主要研究内容 |
| 1.4 研究技术路线 |
| 2 日本落叶松基因组水平SNP发掘及其特征分析 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 试验材料 |
| 2.1.2 基因组总DNA提取 |
| 2.1.3 简化基因组测序 |
| 2.1.4 SNP位点的检测、筛选及验证 |
| 2.1.5 变异位点群体特征分析 |
| 2.1.6 变异位点全基因组注释及其分布特征 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 日本落叶松基因组水平SNP位点的发现及验证 |
| 2.2.2 日本落叶松基因组水平SNP标记的分类及特征分析 |
| 2.2.3 日本落叶松基因组水平SNP标记分布及功能注释 |
| 2.3 小结 |
| 3 日本落叶松高密度遗传图谱构建及连锁-连锁不平衡分析 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 试验材料 |
| 3.1.2 生长及材性性状测定和分析 |
| 3.1.3 半同胞作图群体分子标记开发和统计分析 |
| 3.1.4 连锁-连锁不平衡分析 |
| 3.1.5 QTL位点的功能解析 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 生长和材性性状表型变异及相关性分析 |
| 3.2.2 半同胞作图群体结构分析 |
| 3.2.3 SNP/SSR标记开发和多态性检测 |
| 3.2.4 高密度遗传图谱构建和LD分析 |
| 3.2.5 QTL定位和遗传效应分析 |
| 3.2.6 关键候选基因鉴定和表达分析 |
| 3.3 小结 |
| 4 日本落叶松生长和材性性状表观遗传效应解析 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 试验材料 |
| 4.1.2 关联群体生长及材性性状测定 |
| 4.1.3 关联群体分子标记开发和分析 |
| 4.1.4 单基因座遗传和表观遗传效应QTL定位 |
| 4.1.5 QTL位点的功能解析 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 QTL定位及遗传和表观遗传效应分析 |
| 4.2.2 关键候选基因鉴定和表达分析 |
| 4.3 小结 |
| 5 日本落叶松树高和胸径动态生长的功能作图及异时性参数分析 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 试验材料 |
| 5.1.2 作图群体生长性状测定 |
| 5.1.3 作图群体分子标记开发和分析 |
| 5.1.4 功能作图统计分析方法 |
| 5.1.5 QTL位点的功能解析 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 生长过程 |
| 5.2.2 QTL效应位点检测 |
| 5.2.3 DNA分子标记对生长过程及异时性参数影响 |
| 5.2.4 关键候选基因鉴定和表达分析 |
| 5.3 小结 |
| 6 结论与讨论 |
| 6.1 结论 |
| 6.2 讨论 |
| 6.2.1 日本落叶松基因组水平SNP发掘及其特征分析 |
| 6.2.1.1 简化基因组测序在群体变异检测中的功效解析 |
| 6.2.1.2 群体变异位点分类特征分析 |
| 6.2.1.3 全基因组变异位点分布特征解析 |
| 6.2.2 日本落叶松高密度遗传图谱构建及连锁-连锁不平衡分析 |
| 6.2.2.1 日本落叶松高密度遗传图谱构建 |
| 6.2.2.2 日本落叶松连锁-连锁不平衡作图 |
| 6.2.2.3 日本落叶松半同胞群体SNP单标记关联的遗传效应解析 |
| 6.2.3 日本落叶松生长和材性性状表观遗传效应解析 |
| 6.2.3.1 日本落叶松生长和材性性状的表观遗传效应解析 |
| 6.2.3.2 日本落叶松生长和材性性状形成的表观遗传基础分析 |
| 6.2.4 日本落叶松树高和胸径动态生长的功能作图及异时性参数分析 |
| 6.2.4.1 功能作图分析动态QTL对树高和胸径生长过程的影响 |
| 6.2.4.2 日本落叶松生长性状动态QTL功能的遗传基础分析 |
| 6.3 创新性 |
| 6.4 展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 在读期间的学术研究 |
| 致谢 |
（8）GBS文库限制性内切酶优化及其在巨桉气候适应性分析中的应用（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 1 绪论 |
| 1.1 引言 |
| 1.1.1 背景与目的意义 |
| 1.1.2 项目来源和经费支持 |
| 1.2 国内外研究现状及发展趋势 |
| 1.2.1 林木群体基因组研究进展 |
| 1.2.2 群体适应性研究进展 |
| 1.2.3 简化基因组测序的研究现状 |
| 1.3 主要研究内容 |
| 1.3.1 研究目标 |
| 1.3.2 研究内容 |
| 1.4 研究技术路线 |
| 2 基于ddGBS的桉树SNP挖掘和系统进化分析 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 试验材料 |
| 2.1.2 DNA提取与GBS文库构建及测序 |
| 2.1.3 SNP开发与注释 |
| 2.1.4 系统进化树的构建及核苷酸多样性分析 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 测序质量及SNP分布 |
| 2.2.2 进化树构建及核苷酸多样性分析 |
| 2.3 小结 |
| 3 ddGBS技术限制性内切酶优化及不同树种SNP标记开发 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 试验材料 |
| 3.1.2 GBS优化设计及建库 |
| 3.1.3 数据质控及SNP开发 |
| 3.1.4 遗传多样性分析 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 测序数据质控与SNP开发 |
| 3.2.2 遗传多样性分析 |
| 3.3 小结 |
| 4 基于ddGBS技术进行巨桉群体气候环境适应性分析 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 试验材料 |
| 4.1.2 GBS建库测序及SNP鉴定 |
| 4.1.3 遗传多样性和种群进化树分析 |
| 4.1.4 连锁不平衡(LD)分析及连续纯合子区域(ROH)分析 |
| 4.1.5 适应性位点筛选 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 SNP发掘与筛选 |
| 4.2.2 遗传多样性和系统发育分析 |
| 4.2.3 群体LD分析与ROH分析 |
| 4.2.4 受自然选择作用的位点 |
| 4.3 小结 |
| 5 结论与讨论 |
| 5.1 结论 |
| 5.1.1 基于ddGBS的桉树SNP挖掘和系统进化分析 |
| 5.1.2 ddGBS技术体系优化及不同树种SNP标记开发 |
| 5.1.3 基于ddGBS技术进行巨桉群体适应性分析 |
| 5.2 讨论 |
| 5.2.1 基于ddGBS的桉树SNP挖掘和系统进化分析 |
| 5.2.2 ddGBS技术体系优化及不同树种SNP标记开发 |
| 5.2.3 基于ddGBS技术进行巨桉群体适应性分析 |
| 5.3 展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 在读期间的学术研究 |
| 致谢 |
（9）杜仲遗传连锁图谱重构及重要性状QTLs定位（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 遗传连锁图谱研究进展 |
| 1.1.1 遗传连锁图谱构建原理 |
| 1.1.2 遗传连锁图谱构建方法 |
| 1.1.3 林木遗传连锁图谱研究进展 |
| 1.2 数量性状基因(QTL)定位研究进展 |
| 1.2.1 QTL定位原理 |
| 1.2.2 QTL定位方法 |
| 1.2.3 林木QTL研究进展 |
| 1.3 杜仲遗传育种研究进展 |
| 1.3.1 杜仲农艺学研究 |
| 1.3.2 杜仲遗传多样性研究 |
| 1.3.3 杜仲育种研究 |
| 1.3.4 杜仲分子生物学研究 |
| 1.4 本研究的目的、意义和主要内容 |
| 1.4.1 研究目的及意义 |
| 1.4.2 研究内容 |
| 1.5 技术路线 |
| 第二章 杜仲幼叶幼果转录组分析和SSR引物开发 |
| 2.1 材料和方法 |
| 2.1.1 试验材料、仪器和试剂 |
| 2.1.2 转录组测序及数据组装 |
| 2.1.3 测序数据组装及基因功能注释 |
| 2.1.4 萜类生物合成相关基因系统发育分析 |
| 2.1.5 差异表达基因鉴定及分析 |
| 2.1.6 实时荧光定量PCR(qRT-PCR)验证 |
| 2.1.7 转录组SSR引物开发 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 杜仲转录组组装和功能注释 |
| 2.2.2 萜类生物合成相关基因分析 |
| 2.2.3 差异表达基因分析 |
| 2.2.4 qRT-PCR验证 |
| 2.2.5 SSR引物开发 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 采样时间确认 |
| 2.3.2 萜类生物合成途径分析 |
| 2.3.3 其它基因挖掘 |
| 2.3.4 SSR基序偏好 |
| 2.3.5 SSR标记多态性 |
| 2.4 小结 |
| 第三章 杜仲遗传连锁图谱构建 |
| 3.1 材料和方法 |
| 3.1.1 试验材料、仪器和试剂 |
| 3.1.2 SSR检测分析 |
| 3.1.3 数据分析 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 SSR标记的分离分析 |
| 3.2.2 杜仲遗传连锁图谱构建 |
| 3.2.3 图谱比对 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 SSR标记偏分离分析 |
| 3.3.2 遗传连锁图谱构建 |
| 3.4 小结 |
| 第四章 杜仲重要性状QTLs定位 |
| 4.1 材料和方法 |
| 4.1.1 试验材料、仪器和试剂 |
| 4.1.2 表型性状的测定 |
| 4.1.3 性状相关性分析 |
| 4.1.4 QTL定位分析 |
| 4.1.5 候选基因预测 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 性状调查统计 |
| 4.2.2 性状相关性分析 |
| 4.2.3 QTL分析 |
| 4.2.4 候选基因分析 |
| 4.3 讨论 |
| 4.3.1 杜仲F1群体连续十年重要性状分析 |
| 4.3.2 QTL分析 |
| 4.3.3 基因预测 |
| 4.4 小结 |
| 第五章 杜仲F1代作图群体单株评价及分子标记辅助选择 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 试验材料和数据 |
| 5.1.2 优良单株初选 |
| 5.1.3 优良单株复选 |
| 5.1.4 分子标记辅助选择 |
| 5.1.5 优良单株决选 |
| 5.1.6 优树早期选择 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 优良单株初选结果 |
| 5.2.2 优良单株复选结果 |
| 5.2.3 分子标记辅助选择 |
| 5.2.4 优良单株决选 |
| 5.2.5 早期选择 |
| 5.3 讨论 |
| 5.3.1 杜仲选优标准 |
| 5.3.2 分子标记辅助选择 |
| 5.3.3 早期选择 |
| 5.4 小结 |
| 第六章 结论 |
| 6.1 结论 |
| 6.2 创新点 |
| 6.3 有待进一步研究的问题 |
| 参考文献 |
| 缩略词 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
（10）北京油松人工林遗传结构及其与山西自然种群比较研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 绪论 |
| 1 林木种群遗传结构研究进展 |
| 1.1 树木的地理种源变异 |
| 1.2 树木的驯化 |
| 1.3 林木遗传多样性研究进展 |
| 1.4 林木种群遗传变异的研究方法 |
| 1.5 研究对象的特性及遗传多样性研究进展 |
| 1.6 科学问题的提出 |
| 1.7 研究思路与主要研究任务 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 试验样地与材料 |
| 2.2 主要仪器和试剂耗材 |
| 2.3 油松基因组DNA的提取与浓度测定 |
| 2.4 引物筛选 |
| 2.5 SSR-PCR反应体系和程序 |
| 2.6 数据分析 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 SSR位点在16个种群中扩增的多态性分析 |
| 3.2 油松种群遗传多样性 |
| 3.3 各位点在油松种群中遗传分化 |
| 3.4 种群间遗传距离与聚类分析 |
| 4 讨论 |
| (1)北京油松人工林的遗传结构及其与古油松种群差异 |
| (2)北京油松人工林和山西五山系油松种群的遗传结构差异及其遗传关联 |
| (3)利用编码序列EST-SSR标记进行人工林亲缘关系鉴定的可能性与局限 |
| 5 结论 |
| 参考文献 |
| 个人简介 |
| 成果目录清单 |
| 导师简介 |
| 致谢 |
四、分子标记及其在林木遗传多样性研究中的应用（论文参考文献）
- [1]臭柏叶绿体基因组、群体遗传多样性及谱系地理学研究[D]. 路东晔. 内蒙古农业大学, 2020(06)
- [2]榧树遗传图谱构建及苗期生长性状相关QTL定位研究[D]. 吴昊. 浙江农林大学, 2020
- [3]华北落叶松高密度遗传连锁图谱构建及重要性状QTL分析[D]. 董明亮. 北京林业大学, 2020(01)
- [4]石榴种质资源SSR分子标记遗传多样性分析及指纹图谱构建[D]. 洪文娟. 北京林业大学, 2020
- [5]侧柏半同胞家系种质资源评价与筛选[D]. 倪召欣. 山东农业大学, 2020(12)
- [6]马尾松产脂性状EST-SSR引物开发及关联分析[D]. 龚桂芳. 广西师范大学, 2020
- [7]日本落叶松生长和木材化学组分的QTL定位及遗传基础解析[D]. 项伟波. 中国林业科学研究院, 2020
- [8]GBS文库限制性内切酶优化及其在巨桉气候适应性分析中的应用[D]. 贾翠蓉. 中国林业科学研究院, 2020
- [9]杜仲遗传连锁图谱重构及重要性状QTLs定位[D]. 靳藏馥. 西北农林科技大学, 2020(02)
- [10]北京油松人工林遗传结构及其与山西自然种群比较研究[D]. 贺快快. 北京林业大学, 2020